הממשלה אישרה את הצעת שר המשפטים יריב לוין להקים ועדת בדיקה ממשלתית לפרשת הרוגלות המוכרת יותר כפרשת פגסוס. לפי ההצעה, הוועדה תקבל סמכויות חקירה ותוסמך לבדוק את התנהלות גורמי המשטרה, הפרקליטות ומערכות הפיקוח עליהן בכל הקשור לביצוע פעולות רכש, מעקב ואיסוף בכלים קיברנטיים אחר אזרחים ונושאי משרה". ראש הממשלה בנימין נתניהו לא נכח בדיון ולא הצביע.
טרם הדיון מסרה היועצת המשפטית לממשלה גלי בהרב מיארה את חוות דעתה לממשלה וכתבה כי ההצעה להסמיך את ועדת הבדיקה לעמוד גם על הליכים פליליים תלויים ועומדים, כמו תיקי נתניהו למשל, מקימה מניעה משפטית. "עיסוק בחומרים הנוגעים להליכים פליליים תלויים ועומדים עומד בסתירה לדין הפלילי ולעצמאותם של ההליכים הפליליים וטומן בחובו חשש מובנה להשפעה פסולה על הליכים אלה אף אם לא בכוונת מכוון ולשיבוש מהלכי המשפט על כל ההשלכות הכרוכות בכך", נכתב בחוות הדעת של היועמ"שית.
עוד נכתב כי "לכך מצטרף חשש כבד לניגוד עניינים של ראש הממשלה בשל השפעתה האפשרית של עבודת הוועדה על התיק הפלילי שמתנהל על כך". בנוסף, היועצת כתבה כי ההצעה "מעוררת קשיים משפטיים מהותיים בהיבטים נוספים - בהקשר זה תשומת הלב מופנית להתנגדות שירות הביטחון הכללי והמל"ל להקמת הוועדה ולחשש שהביעה משטרת ישראל מפני חשיפות שיטות ואמצעים המשמשים גופים אלה במאבקם בפשיעה החמורה ובהגנה על ביטחון המדינה". בהרב מיארה, שלא הגיעה לדיון ובמקומה התייצב המשנה גיל לימון, מציעה לקיים דיון בפורום מצומצם שבו גופי הביטחון ואכיפת החוק יוכלו להציג ולפרט לשרים הנוגעים בדבר את טעמי התנגדותם.
במהלך הדיון פרץ עימות בין השרים לבין המשנה ליועמש גיל לימון שהציג את ההתנגדויות המשפטיות להצעה. לימון נימק חלק מההתנגדות בחשיפת טכנולוגיות של השב"כ ושל המשטרה. שר המשפטים יריב לוין בתגובה עדכן כי נפגש עם ראש השב"כ וראש המוסד והטמיע את השינויים שביקשו בהחלטה. "נתתי משקל למה שאמרו לו רצו הם יכלו לבוא לדיון או לכתוב מכתב. הם יודעים להתנגד היטב כשהם רוצים", אמר.
לימון הציג את ההתנגדות להסמכת הוועדה לדון בתיקים פתוחים ותלויים. לוין: "אין דבר כזה, אם אנחנו יודעים שנעשה עוול בתיק פתוח שלא נתעסק בו?'. השרה גלית דיסטל אטבריאן הצטרפה: "אתה אומר שאם יש עיוות דין לא נתעסק בו?". שר האוצר בצלאל סמוטריץ הוסיף: "אל תדאגו, אנחנו נתעסק רק בפושעים אמיתיים לא במלאכים עם כנפיים טהורות". גם השרה מאי גולן הצטרפה למתקפה: "מה זה, השתלטו עלינו? הם חושבים שכולנו מטומטמים? חייבים לגדוע את התרבות של 'לתפוס בגרון".
לוין אמר לאחר האישור: "פרשת הרוגלות היא מהחמורות שנחשפו בשנים האחרונות. חשיפת האמת בעניין, ומניעת אירועים דומים של פגיעה אנושה בזכות אזרחי ישראל לפרטיות, היא חיונית וחשובה מאין כמותה. אני מצר על הסתייגות חלק מהגורמים המעורבים בפרשה החמורה לבדיקה מעמיקה של הנושא, חרף ניגוד העניינים החריף בו הם מצויים. אני סמוך ובטוח שחברי הוועדה, בראשות שופט מחוזי בדימוס, יעשו את עבודתם בחרדת הקודש הראויה לוועדה כה רגישה".
שרת ההסברה גלית דיסטל אטבריאן התייחסה לוועדת הבדיקה בכניסה לישיבת הממשלה: "האמת תיחשף והאמת היא שהימין היום דואג לזכויות האזרח בישראל. למעלה מאלף איש עברו את התוכנה הזו. זו פגיעה עמוקה בזכויות אדם וזה מציב את העניין שהשמאל נוטה להגן על הגמוניות שההתנהלות שלהן יאה למדינות דיקטטוריות ולא למדינות דמוקרטיות, והימין הוא שדואג לזכויות האזרח".
גם השב"כ התנגד להקמת הוועדה, מחשש שהיא תביא לחשיפה ציבורית של אמצעים טכנולוגיים מתקדמים ותעכב את האפשרות של המשטרה להשתמש בכלי הרוגלה והמעקב המתקדמים הנדרשים למאבק בארגוני הפשיעה ובגל הפשיעה בחברה הערבית.
לפי הצעת המחליטים של שר המשפטים, הוועדה "תבדוק את התנהלות גורמי המשטרה, הפרקליטות, הייעוץ המשפטי לממשלה והמחלקה לחקירות שוטרים, בכל הקשור לביצוע פעולות רכש, מעקב ואיסוף בכלים קיברנטיים אחר אזרחים ונושאי משרה, לרבות מעקב טכנולוגי אחר אנשים באמצעות תוכנת פגסוס של חברת NSO שנטען כי נעשה בה שימוש מבלי שניתנו לכך צווים מבית המשפט ("פרשת פגסוס"). לוועדת הבדיקה יינתנו סמכויות של ועדת חקירה, והיא צפויה להגיש את מסקנותיה לשר המשפטים תוך חצי שנה.
לוין דחה את ההתנגדות שלה, בטענה שהיא נמצאת בניגוד עניינים, ולפי הצעת המחליטים - חברי ועדת הבדיקה עצמה הם שיכריעו בנושא.