לראשונה מאז מבצע בית וגן, פעלו כוחות צה"ל בשעות האחרונות (שני) בג'נין, וביצעו מעצרים של כמה מבוקשים לחקירה. במהלך הפעילות סיירת גולני וימ"ס איו"ש עצרו 2 מחבלים, ובשלב זה הכוחות בדרכם החוצה. השניים שנעצרו שייכים לארגון הטרור חמאס, אולם לא מדובר בבכירים בארגון. מוקדם יותר התנהלו במקום חילופי אש עם כוחות צה"ל, ללא נפגעים.
גורמי ביטחון העריכו בשיחה עם וואלה! כי מבצע נוסף בג'נין הוא עניין של זמן -זאת משום שמיד לאחר מבצע "בית וגן" החל לזרום כסף איראני למחנה הפליטים ג'נין במטרה לשקם תשתיות ולחזק את החמושים.
בתחילת החודש, כוחות צה"ל פעלו במחנה הפליטים במשך יומיים. במהלכו, נפגעו תשתיות טרור רבות ונעצרו לתחקור מעל ל-100 חשודים.
מטרות המבצע, כפי שאושרו על ידי הדרג המדיני הן פגיעה בתשתיות הטרור, שבירת הנרטיב שנוצר סביב מחנה הפליטים כ"עיר מקלט" למחבלים, והחזרת היציבות לאזור. "בזמן שבני המחנה פעלו להקמת מעבדות חבלה, ייצור אמצעי לחימה והקמת חמ"לים הם לקחו את תושבי מחנה הפליטים כבני ערובה. התעצמות צבאית על חשבון התושבים", אמר גורם צבאי.
גורמים במערכת הביטחון הסכימו כי נקודת המפנה במבצע היה השילוב בין הכוחות המיוחדים, בהם יחידות אגוז ודובדבן לרכזי השטח של שב"כ. החוקרים התלוו לשלב המעצרים, מיינו עצורים ויצרו מודיעין בשטח, כשבדסק עבדו גורמים נוספים וייצרו "גב מודיעיני".
בזמן יציאת הכוחות התפתחו חילופי אש קשים בין חמושים לכוחות הביטחון, בהם נהרג לוחם אגוז, רב סמל דוד יהודה יצחק. הכוח הופתע מהירי, שהגיע מתוך מבנה בעיר, והשיב באש לעבר היורים. לאחר מכן, החמושים עברו לבניין בית החולים הסמוך - וירו גם מתוכו.
לאחר שאיתרו את מקור הירי, הכוחות, בהם לוחמי יחידת אגוז, דובדבן ומגלן, כיתרו את המבנה, וחילופי האש המשיכו מטווח קצר. במקביל, כלים אוויריים חגו מעל המבנה וצה"ל הזעיק סיוע של כלי טיס חמושים. לבסוף, צלף של יחידת אגוז הצליח לפגוע בשניים מהמחבלים. בתום ההיתקלות, צה"ל החל להסיג את הכוחות מג'נין. בזמן יציאת הכוחות, כלי טיס של צה"ל תקף חוליית מחבלים שהייתה ממוקמת בבית קברות בפאתי ג'נין, שסיכנה את הכוחות.