גורמים בשב"ס תקפו הבוקר (שישי) את השר לביטחון לאומי איתמר בן גביר, וטענו כי התערבותו בארגון "הייתה מוגזמת ובלתי סבירה". מקורבים לנציבת שב"ס קטי פרי, שהודיעה אמש כי לא תבקש להאריך את כהונתה, הוסיפו: "זו לא החלת מדיניות, אלא בריונות". הודעתה של הנציבה היא טלטלה נוספת בתוך המשרד לביטחון לאומי מצד הארגון השני בחשיבותו. גורמים המעורים בפרטים, אמרו כי משבר האמון החריף בין השר לנציבת שב"ס ומפכ"ל המשטרה קובי שבתאי - הוא חסר תקדים.
לדברי הגורמים, הקש ששבר את גב הגמל, והוביל להודעתה של פרי, היה הקפאת פיטורי יועמ"ש שב"ס, חרף הסיכומים מראש. החיכוך בין הנציבה לשר החריף בעקבות זימון קצינים בארגון ומפקד בית כלא אשל, גנ"מ ביבס מנחם, לשיחת נזיפה אודות תנאי הכליאה של שני העצירים הביטחוניים היהודים שטענו שיש בתא שלהם פשפשים. בסביבתו של בן גביר הסבירו: "מאחר ויש את החוק הכתוב אי אפשר להקל באף מצבו של אסיר, כל האסירים שווים".
עוד קודם לכן החליט בן גביר לזמן אנשי שב"ס לשיחות שימוע אודות אירוע, שבו הותקפו סוהרים בכלא רימונים לפני כחודש, וקשר את העברת העצירים היהודים כ"נקמה" על התערבותו באירוע. עם זאת, כפי שפורסם בוואלה! השבוע, בדיקה כרונולגית של האירועים הצביעה על כך שהעברתם של השניים נעשתה לפני התערבותו.
בהמשך בן גביר גם זימן לשיחות משרתים בדרגת רב כלאי, בניגוד למקובל בקרב שרים ממונים לזמן לשיחות קצינים בדרגת גונדר משנה ומעלה. במקביל, החליט בן גביר לעצור מינויים בתוך הארגון. המקרה האחרון היה אחרי סיום תפקידו של עורך הדין ערן נהון כיועץ המשפטי של שב"ס, והעברתו לתפקיד יועמ"ש הרשות להגנת עדים. מינויו נעצר, למרות הסיכום בין השניים מוקדם יותר השנה.