מפקדת גורמי הטרור שהופצצה הלילה (שני) על ידי כוחות צה"ל ובסיוע שב"כ בג'נין, כחלק ממבצע צה"ל בעיר, שימשה כחמ"ל אחוד של הפלגים במחנה הפליטים. בין היתר, המפקדה שימשה גם כחמ"ל תצפיות, נקודת התכנסות למחבלים לפני ואחרי פעילות טרור ומרכז קשר של הפעילים.
המפקדה, ששימשה גם כנקודת התחמשות בנשקים ומטענים, הייתה ממוקמת סמוך למבנה בית ספר של אונר"א ומרפאה. בנוסף היא שימשה גם כמחסה למחבלים מבוקשים שהיו מעורבים בפיגועים שהתרחשו באזור בחודשים האחרונים.
מעט לאחר השעה אחת הודיע צה"ל כי תקף תשתיות טרור באזור ג'נין. בהמשך, התברר כי במבצע מעורבים כוחות של חיל האוויר וכוחות קרקעיים גדולים, בהם גם יחידות מיוחדות רבות, וכי צה"ל יצא לפעולה נרחבת במחנה הפליטים במטרה לסכל בו את תשתיות הטרור. בתקיפות, לפי גורמים בחטיבת מנשה, נהרגו לפחות ארבעה מחבלים, וכמה מבוקשים נעצרו והועברו לחקירת שב"כ.
בפעולה משתתפים יותר מאלף חיילים, בין היתר יחידות מסתערבים, כוחות מיוחדים מחטיבת הקומנדו, כוחות הנדסה, יחידת עוקץ, לוחמי יחידת יהל"ם, לוחמי איסוף קרבי, אנשי המנהל האזרחי ואנשי שב"כ. בנוסף פועלים במרחב אנשי חיל האוויר וחיל התותחנים, שמפעילים כלי טיס בשמי המחנה.
לפי גורם ביטחוני, רוב החמושים מסתתרים בגרעין המחנה, לב מחנה הפליטים. צה"ל מתקרב לשם בשלבים מדודים.