בצה"ל חוששים כי העברת התנחלות חומש למקום קבוע על אדמות מדינה תוביל להקמת התנחלויות נוספות ביהודה ושומרון. לדברי גורם ביטחוני האור הירוק שניתן על ידי שר הביטחון יואב גלנט לפעילות עלול להוות תקדים, בין היתר לשא-נור. "מדובר בפעולה לא חוקית למרות שמדובר בהנחיית דרג מדיני", אמר הגורם. "לכל פעולה הנדסית שכזו כמו יישור השטח על ידי כלים הנדסיים,ֿ יצירת דרכי גישה, העלאת קרוואנים, והקמת תשתיות נוספות - נדרשים אישורים".
הגורם הצבאי הדגיש כי תהליכי האישור ההנדסיים לא התקיימו ולכן יתנהל הליך מסודר של מתאם פעולות הממשלה בשטחים במסגרתו יוצאו צווי פינוי להתנחלות. "המצב שנוצר מביך", אמר. "מעמידים את צה"ל ואת משרד הביטחון במשבר משפטי מאחר וברור לכולם שלא בוצע כאן הליך מסודר וחוקי - ולכן יוצאו בקרוב צווי פינוי. אחר כך השאלה היא האם הדרג המדיני ינחה לפנות את השטח".
במערכת הביטחון מעריכים כי האור הירוק שנתן גלנט התקבל תחת לחץ כבר בקואליציה וכי הוא יגרור ביקורת בזירה הבינלאומית. עוד הוסיפו כי השתיקה של גלנט וסמוטריץ' בנושא לא תסייע להעלים את הביקורת אלא רק תגדיל אותה.
המועצה האזורית שומרון הודיעה הבוקר כי תלמידי הישיבה בהתנחלות חומש העבירו אותה במהלך הלילה למקום קבוע על אדמות מדינה. זאת בעקבות ביטול חוק ההתנקות בשומרון לפני חודשיים, וחרף ביקורת בינלאומית חריפה על החזרה האפשרית להתנחלות שפונתה ב-2005.
ארצות הברית התבטאה נגד העתקת הישיבה. "אנחנו מוטרדים מאוד מהחלטת ממשלת ישראל לאפשר לתושביה להקים נוכחות קבועה במאחז חומש - דבר שאינו עולה בקנה אחד עם התחייבותו של ראש הממשלה לשעבר אריאל שרון לנשיא לשעבר ג'ורג' בוש וסותר את התחייבויות הממשלה הנוכחית בישראל לממשל ביידן", מסר משרד החוץ האמריקני. "הרחבת התנחלויות חותרת תחת ההתכנות הגיאוגרפית של פתרון שתי המדינות, מגבירה את המתיחות ופוגעת עוד יותר באמון בין הצדדים. נמשיך להעלות את הנושא הזה בפני בכירים ישראלים".