תקציב משרד הבריאות לשנת 2021 מסתכם ב-46.2 מיליארד שקל, מהם 42.1 מיליארד שקל בהוצאה נטו, וכ-4.1 מיליארד בהוצאה מותנית בהכנסה של 918 מיליון שקלים. בהצעת התקציב לשנת 2022 ישנה עלייה קלה והוא מסתכם ב-48.4 מיליארד שקל, מהם 44 מיליארד שקל בהוצאה נטו, וכ-4.4 מיליארד בהוצאה המותנית בהכנסה של 906 מיליון שקל.
השינויים המרכזיים בהצעה לתקציב בשנת 2021 הם תוספות לתקני קורונה, וב-2022 תוספת תקציב לקיצור התורניות למתמחים בסך 36 מיליון שקל ותכנית לשיפור מערך בריאות הנפש בשווי מאה מיליון שקל.
ההתמודדות עם מגפת הקורונה תמשיך להיות אחד מעיסוקיו המרכזיים של המשרד בתקציב 2021, ייתכן שתימשך לתוך שנת 2022. פעילות זו כוללת המלצות לקביעת מדיניות הממשלה, הפעלת המערך הלאומי לקטיעת שרשראות ההדבקה, תמיכה בחיסון האוכלוסייה, מתן מענה לאזרח באמצעות מוקד "קול הבריאות" והסברה.
נכון ליולי 2021, סך ההוצאות בגין קורונה של משרד הבריאות עמד על 22.6 מיליארד, כשקרוב לרבע מהתקציב הוא לטובת רכש ומבצע החיסונים. 3.5 מיליארד שקלים נוספים היו לטובת הסבת מיטות ומיונים לביולוגים והוספת תקנים של צוות סיעודי ורפואי לבתי החולים. חמישה מיליארד שקלים הועברו לטובת רכישת ציוד מיגון לכל מוסדות הרפואה בישראל ולכל מוסדות הגיל השלישי (מגן אבות), עיבוי מלאי תרופות וציוד הנשמה. רבע מהתקציב (שישה מיליארד שקלים) היה לטובת הקמת מערך בדיקות וקטיעת שרשראות הדבקה (מפקדת אלון).
אחת המטרות המרכזיות של משרד הבריאות הוא חיזוק מערך בריאות הנפש כהמשך ישיר של הרפורמה משנת 2015, שהעבירה את האחריות הביטוחית על שירותי הנפש בקהילה מהמדינה לקופות החולים. לשם השלמת המהלך, המשרד יפעל להוספת מסגרות חדשות שיהוו חלופות לאשפוז פסיכיאטרי, שיפור תשתיות בבתי החולים ליצירת תנאי אשפוז הולמים, ותגבור הכשר פסיכותרפיסטים ופסיכיאטרים בפריפריה, בדגש על מטפלים דוברי ערבית, אמהרית ושפות שונות.
מניתוח מגדרי של התקציב בשכר כח האדם עולה כי אין הלימה בין יחס ההוצאה על השכר, לבין אחוזי העסקה של נשים מול גברים. בעוד נשים מהוות 68% מכוח העבודה במערכת הבריאות, תשלומי השכר שלהן עומדים על 62% מסך הוצאות השכר. השכר החציוני של עובדת עומד על כ-11 אלף שקל, לעומת זאת השכר החציוני החודשי של עובד שעומד על כ-14 אלף שקל. הסיבות לפערים נובעים מהעסקה בחלקיות משרה וביצוע שעות נוספות, כשגברים נוטים לעבוד שעות ארוכות יותר. הסיבה היותר דרמטית היא משכורות של הנהלה בכירה. מרבית המשרות הבכירות במערכת הבריאות מאוישות על ידי גברים, למרות ריבוי הנשים במערכת.