תלמידי מערכת החינוך ישובו הבוקר (חמישי) לספסל הלימודים מחופשת החגים, אך בשונה מפתיחת הלימודים הרשמית ב-1 בספטמבר, כניסת תלמידי הגנים ובתי ספר יסודיים שאינם מחלימים תותנה בהצגת טופס חתום על ידי הוריהם שמאשר ביצוע בדיקת אנטיגן. אלו שיקבלו תוצאה חיובית ייאלצו להמתין לתוצאת בדיקת PCR, ורק בתנאי שיקבלו תשובה שלילית יוכלו להגיע ללימודים.
על פי משרד החינוך, נכון לאמש ב-20:00 בערב, כ-200 אלף בדיקות אנטיגן טרם נאספו על ידי ההורים. במשרד החינוך קראו להורים להגיע ולאסוף את הערכות. 10% מתלמידי הגנים ובתי הספר היסודיים הם פטורי בידוד שהם כ-160 אלף, שלא יצטרכו להציג את הבדיקה המהירה. בסך הכול עד עכשיו נאספו 1,250,000 ערכות. סך הכול אספו כ-82% מההורים את הבדיקות, אולם במגזר החרדי רק 62% מהזכאים הגיעו לאסוף את ערכות הבדיקות המהירות.
תלמידי הגנים העירוניים וכיתות א'-ו' יחויבו בביצוע בדיקת אנטיגן. את הבדיקה היה צריך לבצע ערב החזרה ללימודים. את תוצאת הבדיקה יש למלא בטופס מקוון או ידני שנשלח על ידי בתי הספר או הגנים או התקבל הבוקר בהודעת סמס ממשרד החינוך.
הצגת אישור הבדיקה השלילית יהווה תנאי עבור ילדים בגן עד כיתה ו' שלא החלימו מקורונה בחצי השנה האחרונה. התלמידים המחלימים יידרשו להציג אישור החלמה. גם תלמידים עם צרכים מיוחדים או נכים לא נדרשים להציג הצהרה בדבר פטור מביצוע הבדיקה. בקבוצות אלה כלולים בעלי תעודת נכה ותלמידים שנקבעה להם זכאות לשירותי חינוך מיוחדים בוועדת זכאות ואפיון עקב אחת או יותר מהמוגבלויות הבאות: הפרעות נפשיות, מוגבלות על רצף האוטיזם/ASD, מוגבלות שכלית-התפתחותית ומחלות ותסמונות נדירות.
אחת הסוגיות שנותרו במחלוקת עד הרגע האחרון היא מה יקרה עם ילד שלא יציג את ההצהרה שעבר בדיקה מהירה. על פי החלטת הממשלה, על מנהל המוסד החינוכי לא לאפשר את כניסתו, אולם בהסתדרות המורים הצהירו כי הנחו את המנהלים שלא למנוע כניסת תלמידים לבתי הספר. התלמיד יופרד משאר התלמידים באופן שאינו מוחצן תוך שמירת כבודו.
בכיתות ח'-י''ב ברשות מקומית שהוכרזה כאדומה לפי תוכנית הרמזור, בכיתות עם פחות מ-70% פטורי בידוד, ילמדו מרחוק או בשטח פתוח.
ההנחיה החדשה שנכנסת לתוקף היום היא צמצום מגעים גם בכיתות ז'-י''ב ברשויות הכתומות. צמצום המגעים ייעשה לפי בחירת מנהל המוסד ובהתאם להגבלות, ותכלול פעילויות במרחב הפתוח, למידה המשלבת למידה בקבוצות קטנות יותר פנים אל פנים עם למידה מרחוק. בכיתות בהן שיעור המחוסנים גבוה מ-70% ניתן להמשיך בלמידה פרונטלית ללא צורך בצמצום מגעים.
בכיתות ה'-ו' ובכיתות ז' ברשות מקומית אדומה וכתומה ילמדו תוך ביצוע "צמצום מגעים". בגני ילדים, בכיתות א'-ד' ובצהרונים ברשויות האדומות והכתומות ימשיכו ללמוד כרגיל במסגרות.
מדיניות הבידודים במערכת החינוך נשארת בינתיים כפי שהיא. מודל "הכיתה הירוקה", לפיו רק התלמיד המאומת נכנס לבידוד והיתר מבצעים בדיקות יומיות במשך שבוע, עדיין נמצא בשלב הפיילוט, והחל מהשבוע הבא הפיילוט יתרחב לעוד 300 בתי ספר. במשרד החינוך שואפים לסיים את הפיילוט עד אמצע אוקטובר ולהציגו לקבינט הקורונה במטרה להחיל את המודל בכלל האוכלוסייה.
עובד הוראה יציג למנהל המוסד החינוכי אחד מכמה אישורים אפשריים בצירוף תעודה מזהה: תו ירוק, תוצאה שלילית בבדיקת קורונה מידית בתחנת מד''א ב-48 השעות הקודמות, תוצאה שלילית בבדיקת PCR במסגרת תכנית "מגן חינוך" או אישור מאת הגורם המחסן המעיד על כך שקיבל מנת חיסון שלישית.
לפי התקנות, עד ל-17 באוקטובר תתאפשר כניסה גם למי שיציג אישור חיסון שלישי מהגורם המחסן גם מבלי שעבר שבוע ימים מקבלת המנה הנוספת. עובד ההוראה ישלם על הבדיקה המהירה במתחמי מד"א, בעוד עובד הוראה מנוע חיסון יוכל להיבדק בחינם. עובד שיסרב להציג את אחד האישורים לא ייכנס לכתלי בית הספר, ולא יתאפשר לו לקיים הוראה מרחוק כחלופה לעבודתו במוסד החינוך. היעדרותו תיחשב כהיעדרות שאינה מוצדקת וככזו שאינה מזכה בקבלת שכר עבודה.
הורה או אחראי על קטין לא יוכל להיכנס למוסד החינוכי אלא אם כן הציג למאבטח או לסייעת בגן תו ירוק או אישור על תוצאה שלילית בבדיקת קורונה מידית ומזוהה שבוצעה במהלך 24 השעות שקדמו להצגתה, בצירוף תעודה מזהה.
הורים או אחראים על תלמיד החווה קושי מיוחד, דוגמת קושי רגשי, נפשי או בריאותי שלא ניתן לטפל בו מרחוק, יורשו להיכנס למוסד החינוכי לאחר קבלת אישור מנהל המוסד גם במקרה שאין ברשותם תו ירוק או בדיקה שלילית.