עו"ד דוד שמרון, פרקליטו ובן דודו של ראש הממשלה בנימין נתניהו, טען כי ידע שהאחרון מקדם את עסקת הצוללות מול תאגיד "טיסנקרופ" הגרמני - כך דיווח הערב (רביעי) ברוך קרא בחדשות 13. בהתכתבות מייל שנחשפה הערב, בין עו"ד אחז בן ארי, שכיהן עד 2017 כיועץ המשפטי של משרד הביטחון ועד מרכזי בפרשת הצוללות, למנכ"ל משרד הביטחון דאז, דן הראל, עולה מעורבותו הישירה לכאורה של ראש הממשלה בקידום העסקה.
"התקשר אליי עו"ד דוד שמרון המייצג את החברה הגרמנית וביקש לדעת האם אנחנו עוצרים את הליכי המכרז על מנת לשאת ולתת עם לקוחותיו, כפי שנתבקשנו על ידי ראש הממשלה", כך נכתב בהודעה שנשלחה להראל.
נתניהו ושמרון טענו כי במשך כל השנים בהן האחרון ייצג את מיקי גנור, שייצג את טיסנקרופ, ראש הממשלה לא ידע מכך. כמו כן, טענו כי שמרון לא ידע מצדו שנתניהו אף הוא מקדם את עסקת הרכש עם הגרמנים. במייל שנחשף ב-2016 מפנה שמרון במפורש למה ש"נתבקשנו על ידי ראש הממשלה".
"אבריאל בר יוסף (סגן ראש המל"ל דאז, וחשוד מרכזי בפרשה) מתקשר אליי ומבקש ממני לעצור את ההליכים...אני הפניתי אותו למנכ"ל ולכבוד השר". לדברי בן ארי, "שבוע אחרי זה, ביום שבו מתפרסם המכרז, מתקשר אליי עו"ד שמרון בעצמו וגם הוא חזר על הבקשה הזאת - לעצור את המכרז. למיטב זכרוני עו"ד שמרון בעצמו ציטט את ראש הממשלה".
בן ארי נשאל אם שמרון הזכיר את ראש הממשלה, והשיב: "כן, למיטב זכרוני הוא ציטט אותו". בריאיון נאמר לבן ארי כי שמרון מכחיש זאת. "יכול להיות", אמר בתגובה. "היה ברור לי כבר בהתחלה ששמרון מצוי בעניינים, יודע שאמור להיות מכרז, הוא יודע מה אמור להיות בקשר אליו... דיווחתי על השיחה הזאת למנכ"ל (הראל)".
שאלה: מופעל לחץ משמרון מצד אחד אבריאל מצד שני
בן ארי: "היה ברור שהחבורה הזאת שהם יודעים על מה שקורה בהליכי המכרז"
שאלה: בדיעבד היום אתה אומר... הלחץ.... בסופו של דבר עצר את המכרז?
בן ארי: "אני לא יודע מי בדיוק... .ברור שמישהו במשרד ראש הממשלה נתן הוראה למשרד הביטחון לעצור"
"מדובר בפרשה מאוד חמורה, והחומרה שלה מתעצמת כי התרחשה בקודש הקודשים של העשייה המדינתית", סיכם בן ארי. "ומקום שיש ציפיה שזה יהיה סביבה נקייה, מבחינת ניקיון הדעת וניקיון הכפיים".
לדבריו, "הייתה מעורבות מאוד גדולה של משרד ראש הממשלה בכל העניין הזה. בדרך כלל מי שעושה את הדברים זה מערכת הביטחון, ופה בעצם נוצר מצב שמערכת הביטחון התבקשה רק לאשר, והיווזמה והמגעים היו בעיקר של ראש הממשלה. ובדיעבד זה כנראה הוליד את החטא הגדול".
במרכז פרשת הצוללות, המכונה תיק 3000, עומדות עסקאות בשווי מיליארדי שקלים לרכישת צוללות וכלי שיט עבור מדינת ישראל מהתאגיד הגרמני "טיסנקרופ". על פי כתב החשדות, העסקאות המדוברות הושפעו מהצד הישראלי על ידי שורה של אנשי ציבור וקצינים בכירים במיל' שביצעו עבירות של שוחד, מרמה והפרת אמונים, וביקשו לגזור לעצמם קופוני עתק.