הפנטגון הדגיש בפני הבית הלבן כי הצבא לא יהיה מעורב בשיקולים פוליטיים. זאת בעקבות השערורייה שקמה לאחר שבבית הלבן הנחו את הצי להסתיר ספינת קרב הקרויה על שמו של הסנאטור המנוח ג'ון מקיין בית ביקורו של הנשיא דונלד טראמפ ביפן.
על אף שהבקשה שהעביר הבית הלבן לצי השביעי לצמצם את הנראות של ספינת הקרב USS ג'ון אס מקיין בזמן נאום שנשא טראמפ בשבוע שעבר נדחתה על ידי בכירי הצי, התקרית עוררה תהיות לגבי פוליטיזציה של הצבא. באופן מסורתי, צבא ארצות הברית נחשב לגוף לאומי וא-פוליטי. ליוטנט קולונל ג'ו בוצ'ינו, דובר מטעם הפנטגון, אמר כי ההבהרה הועברה דרך שר ההגנה בפועל פטריק שנהאן אל הבית הלבן.
החשש מפני שחיקת הניטרליות של הצבא גבר תחת כהונתו של טראמפ, שנשא נאומים פוליטיים בפני אנשי צבא ושלח חיילים לגבול עם מקסיקו. כמה ממבקריו של הנשיא תיארו זאת כמהלך פוליטי ולא כצורך ביטחוני. שר ההגנה בפועל אמר כי לאחר שבחן את העובדות של התקרית, הוא לא מתכנן להורות למפקח הפנימי לפתוח בחקירה.
"אין מקום לפוליטיזציה של הצבא", אמר ביום ראשון שנהאן לכתבים שהתלוו אליו לסיאול. הוא הוסיף כי הוא שוחח על התקרית עם אשתו של מקיין, שהלך לעולמו בשנה שעברה אחרי מאבק בסרטן, אך לא פירט את תוכן השיחה. לדבריו, ראש הסגל שלו לא היה מודע להוראה שהועברה מהבית הלבן לצי, ואמר כי בתום חיפוש שנערך לא נמצאו שום מיילים שנשלחו לצוות שלו לגבי הנושא. גם טראמפ, שממשיך לתקוף את המועמד הרפובליקני לשעבר לנשיאות אחרי מותו, הכחיש כי היה לו קשר לכך.
ראש הסגל בפועל בבית הלבן, מייק מולבני, ניסה להמעיט בערך התקרית. הוא אמר כי איש סגל צעיר בבית הלבן, שיודע כיצד חש טראמפ ביחס למקיין, ככל הנראה אחרי להגשת הבקשה לצי. "זה לא דבר בלתי-סביר לבקש", אמר בריאיון לרשת NBC. הוא הוסיף כי יהיה "מטופש" לפטר את אותו איש סגל על כך.
