ממצאי חקירת פרשת הצוללות מבססים תשתית ראייתית לכתבי אישום לחמשת החשודים העיקריים בפרשה: עו"ד דוד שמרון, יצחק מולכו, שניים מבכירי מקורביו של ראש הממשלה, דוד שרן לשעבר ראש הסגל של בימין נתניהו, אלוף (במיל') אליעזר צ'ייני מרום ואבריאל בר יוסף לשעבר ממלא מקום ראש המועצה לביטחון לאומי כך דווח הערב (רביעי) בערוצי החדשות. ממצאי החקירה מתבססים גם על עדותו של עד המדינה מיקי גנור, שצירף לעדותו הקלטות ומסמכים. גם עדויות אחרות וראויות שאספו חוקרי המשטרה מבססים את החשדות שעולים נגד חמשת החשודים. לפי ההערכה, תעביר המשטרה את תיק פרשת הצוללות לפרקליטות עם המלצות תוך פחות מחודשיים. שמו של נתניהו לא עלה כחשוד בפרשה.
מהמשטרה נמסר בנוגע לפרסום כי "חקירת רכש כלי השיט עדיין מתנהלת ועדיין נעשות בה פעולות חקירה. בעת הזו היחידה החוקרת טרם הגיעה לשלב הסיכומים ומאידך כל אמירה בגין המלצה להגשת כתבי אישום איננה רלוונטית מהסיבה הפשוטה שהמלצה על כתבי אישום הינה בסמכות בלעדית של הפרקליטות ולא של המשטרה". במשטרה הוסיפו כי "כמו בכל פרשה אחרת, כשהחקירה הפעילה תסתיים ובכפוף לסיכומי החקירה נודיע באם נמצאה לא נמצאה תשתית ראייתית".
לפני כחודשיים נחקרו מולכו שמרון פעם נוספת במסגרת הפרשה. בחקירתם עומתו השניים עם עדותו של גנור, עד המדינה שהיה בעבר נציגו של תאגיד "טיסנקרופ" בישראל. שמרון אף עומת עם גנור עצמו, שהטיח בו מידע על אודות סכומי הכסף שקיבל לכאורה בתמורה לקידום חוזים מול התאגיד שבנה את הצוללות שנמכרו לחיל הים. במסגרת הפרשה, נבדק חשד לפיו שילם גנור שוחד כדי לקדם את רכישת הצוללות מהתאגיד שייצג.
שמרון ומולכו נחקרו עד כה שש פעמים. במסגרת החקירה הוצגו להם החומרים שנאספו עד כה, כשהבסיס היה עדותו של עד המדינה מיקי גנור וכן חומרי חקירה התומכים בעדותו של גנור. ביום שני שעבר הם עומתו עם גנור, שהטיח בשמרון מידע על סכומי הכסף שקיבל לכאורה בתמורה לקידום חוזים מול התאגיד הגרמני טיסנקרופ.
גורם המעורה בחקירה אמר כי בשלב מסוים במהלך ההתקשרות של גנור עם הבכירים הוא הרגיש כי הם מנסים לסחוט אותו ולהוציא ממנו סכומי כסף גדולים יותר ממה שסיכמו תחילה, ולכן החליט לתעד את עצמו, בין היתר במצלמות שהותקנו במשרדו, וכן לתעד את כל הרישומים של העברת הכספים והפגישות עם כל אחד מהמעורבים. כל התרשומת הועברה לחוקרי להב 433 במסגרת הסכם עד המדינה שחתם גנור. חלק מן הדברים הוצגו לשמרון ולמולכו, במסגרת החקירה.
החוקרים, בראשותו של ניצב-משנה יואב תלם, טענו בפני שמרון כי היה שותף עסקי למהלכיו של גנור וכי היה אמור לקבל סביב 20% משכר הטרחה של גנור בפרשת הצוללות, בניית מפעל האמוניה וספינות המשמר של חיל הים. "נראה כי החוקרים פועלים לסיים את החקירה בתיק 3000 במהירות, ונראה שהם בשלב ההטחות של החשודים המרכזיים", אמר גורם המעורה בחקירה.
ראש הממשלה ושר הביטחון לשעבר אהוד ברק מסר גם הוא עדות במסגרת הפרשה. בעדותו ברק מסר ככל הנראה מידע על תהליך קבלת ההחלטות ברכש הצוללות במהלך כהונתו במשרד הביטחון. מהמשטרה נמסר כי היא "אינה נוהגת לפרט מידע על חקירות מתנהלות". ברק אישר בחשבון הטוויטר שלו כי מסר עדות בפרשה. "החקירה חשובה מאוד. אני מאחל למשטרה שתגיע במהירות לחקר האמת, קשה ככל שתהיה", כתב.