במשטרה הגיבו הבוקר (ראשון) לביקורת שמתח ראש הממשלה בנימין נתניהו על התנהלות הארגון, ואמרו כי לא ייגררו ל"מתקפות חסרות שחר שנועדו לשבש את עבודת המשטרה ולפגוע בלגיטימיות שלטון החוק". נתניהו אמר אתמול כי "ההדלפות הלא חוקיות הפכו לצונאמי", בתגובה לפרסום אודות חידוש חקירותיו בתיקים 1000 ו-2000.
"משטרת ישראל עושה עבודתה בהתאם לחוק ובממלכתיות", נאמר בתגובת המשטרה על דבריו של נתניהו, שהאשים: "כשהמפכ"ל אלשיך נכנס לתפקידו, הוא קיבל שתי החלטות חשובות. שלא יהיו יותר הדלפות מהחקירות ולא יהיו יותר המלצות של המשטרה. מאז שהיועץ הפוליטי ליאור חורב מונה ליועץ חיצוני של המשטרה בעלות של מיליונים על חשבון משלם המסים וללא מכרז, ההדלפות הלא חוקיות הפכו לצונאמי, וההחלטה להימנע מהמלצות נעלמה כלא הייתה".
המשטרה מתכוונת לבצע בימים הקרובים השלמות בחקירות תיקים 1000 ו-2000, שראש הממשלה בנימין נתניהו חשוד בשניהם. לנתניהו צפויות שלוש או ארבע חקירות נוספות, כאשר חוקרי היחידה הארצית לחקירות הונאה בפיקודו של תת-ניצב כורש בר נור אמורים להטיח בראש הממשלה חומרי החקירה חדשים שנאספו בחודשים האחרונים - ובכלל זה עדותו של איש העסקים ארנון מילצ'ן, שעשויה לסבך את נתניהו בעבירות שוחד לכאורה וכן בעדות עד המדינה ארי הרו, שהיה בעבר ראש הסגל בלשכת נתניהו.
אלשיך אמר בערב ראש השנה כי "אנחנו הולכים לשנה מורכבת" ביחס לחקירותיו של ראש הממשלה בנימין נתניהו ולפרשת הצוללות. בשיחה עם כתבים לקראת ראש השנה, אמר אלשיך כי "אנחנו הופכים את כל האבנים כדי להגיע לחקר האמת, כדי שלא ייווצר מצב שבו יגידו שלא התעמקנו ופעלנו בנושא כזה או אחר".
על גיוסם של עדי המדינה ארי הרו במסגרת חקירות ראש הממשלה ומיקי גנור במסגרת פרשת הצוללות אמר המפכ"ל: "כשאנחנו מגיעים לגייס עד מדינה אנחנו יודעים בדיוק מה הוא אמור לספק לנו, ואנחנו עושים את השיקול שלנו אם אנחנו רוצים לקנות את מה שהוא נותן בהסכם עד מדינה. לא מגייסים סתם. אם העד לא מספק את מה שהיה צריך, ההסכם מבוטל".
ראש הממשלה לשעבר אהוד ברק הגיב לנתניהו, וכתב בטוויטר כי "זה מתחיל. נתניהו בדרכו מטה, מוכן לשרוף את המדינה. רדיפה בזויה ומסוכנת של מוסדות המדינה. כשהחוק מאיים על ביבי, ביבי מאיים על החוק". יו"ר האופוזיציה יצחק הרצוג (המחנה הציוני) אמר כי "מה שהחל באמנים, עיתונאים ושופטים, מגיע לשוטרים. שיסוי, הסתה ופילוג למען האינטרס האישי בכל מחיר, גם במחיר אחדות העם".
יו"ר יש עתיד יאיר לפיד כינה את הודעת נתניהו "בושה", ואמר כי "התקפת נתניהו על המפכ"ל - שפל חדש בניסיון לאיים על שלטון החוק במדינה". ח"כ ציפי לבני (המחנה הציוני) אמרה כי "עכשיו גם המפכ"ל על הכוונת של נתניהו. צריך להתייצב בצד גורמי אכיפת החוק ונגד המתקפות של נתניהו. שמירה על שלטון החוק חשובה יותר ממנו".