ראש הממשלה בנימין נתניהו "רימה" את יו"ר הרשות הפלסטינית אבו מאזן בשיחתם אחרי הפיגוע בהר הבית כך טענו מקורות פלסטיניים בפני העיתון אל-חיאת. לפי הדיווח שפורסם הערב (רביעי), בשיחה שהתקיימה שעות לאחר הפיגוע בחודש שעבר שבו נהרגו שני שוטרים, הבטיח נתניהו לאבו מאזן לא לנקוט צעדים שיכולים לגרום להסלמה בירושלים בכלל ובמסגד אל-אקצא בכלל, ובתמורה גינתה הרשות את הפיגוע שביצעו שלושה תושבי אום אל-פחם.
המקורות הוסיפו כי אבו מאזן "הרגיש שנתניהו שיקר ורימה אותו, לאחר שהבטיח לו להשתלט על העניינים ולא לאפשר הסלמה". לדבריהם, "נתניהו לא עמד במילה שלו והמצב התדרדר" כשהציב מגנומטרים בכניסה להר הבית. בתגובה, החליט אבו מאזן להקפיא את התיאום הביטחוני עם ישראל אם כי לא ברור עד כמה ההחלטה הזו יושמה בשטח.
לקריאה נוספת על המשבר בהר הבית
זעם בירדן על תפילות הר הבית: "יותר מאלף מתנחלים פרצו לאל-אקצא"
תיעוד: שוטר מחשמל באקדח טייזר עצור יהודי שיצא מהר הבית
נתניהו משיב לביקורת על משבר הר הבית: "פעלתי מתוך מנהיגות"
בעקבות הצבת המגנומטרים, פתחו הפלסטינים במחאה וסירבו להתפלל באל-אקצא. שבוע לאחר הפיגוע במקום, התפתחו עימותים אלימים בין כוחות הביטחון למפגינים, ושלושה פלסטינים נהרגו. באותו סוף שבוע, נרצחו שלושה מבני משפחת סלומון בהתנחלות חלמיש בידי מחבל חמוש בסכין.
הממשלה החליטה להסיר את גלאי המתכות ואת יתר אמצעי הביטחון שהותקנו בהר הבית, בעקבות התרעות של השב"כ ושל צה"ל מהחרפת המצב. ההחלטה התקבלה בין היתר בשל לחץ בינלאומי על ישראל, ומחאה חריפה מצד מדינות ערב, בהן מצרים וירדן.