(רק לאחר מותו: מח"ש מנקים את ברכה מהחשדות שנבדקו לגביו)
משרד המשפטים מעכב את הקמת הוועדה לבחינת האירועים שהובילו להתאבדותו של תת-ניצב אפרים ברכה כך נודע לוואלה! NEWS. זמן קצר לאחר התאבדותו של ברכה, דרשו אנשי המשרד לביטחון הפנים להקים ועדה מיוחדת שתבחן את נסיבות התאבדותו של ברכה, אולם הם נתקלו בהתנגדות נחרצת מצד בכירי משרד המשפטים, מבלי שהאחרונים נימקו את הסיבה לכך.
"יש הרבה מאוד סוגיות שנשאלות לגביהן שאלות, וראוי שהיו נותנים עליהן תשובות", אמר גורם בכיר המעורה בפרטים. "עם זאת, משרד המשפטים מונע הקמת ועדה מסוג זה, לא ברור מדוע".
לקריאה נוספת:
הרב פינטו על התאבדותו של תנ"צ ברכה: "אדם שנפטר"
ריבלין: רגע לפני שקוראים "נאצי" - לזכור שבצד השני יש בן אדם
התאבדותו של ברכה: במשטרה מעריכים כי מכשירו הנייד לא יאותר
המשרד לביטחון הפנים ביקש לבחון שתי נקודות מרכזיות באשר להתנהלות המשטרה, משרד המשפטים והמחלקה לחקירות שוטרים (מח"ש) בתקופה שקדמה להתאבדותו של ברכה. ראשית, אם ראוי היה מצד ניצב יואב סגלוביץ' להורות לברכה לשמש כסוכן סמוי ולהקליט את הרב יאשיהו פינטו, דבר שהוביל בסופו של יום לרדיפה בלתי מרוסנת לכאורה של פינטו כלפי ברכה. שנית, מדוע המחלקה לחקירות שוטרים לא הודיעה במסגרת החקירה הסמויה, מיד לאחר פרסום שורה של הכפשות נגד הקצין הבכיר, כי נגד ברכה לא קיים שום חשד ממשי.
ברכה נאלץ להתמודד עם הכפשות קשות מצד אנשיו של פינטו
אפרים ברכה נקלע לסיטואציה מורכבת כאשר רבו פינטו ביקש ממנו סיוע בתיק "חזון ישעיה", שבמסגרתו נחקרו חסידיו והוא עצמו. זאת, בתמורה לשוחד בסך מאה אלף פרנק שוויצרי. לאחר לבטים קשים שארכו שבעה ימים, הודיע ברכה למפקדו, ראש אגף החקירות והמודיעין דאז, ניצב סגלוביץ', כי פינטו מנסה לשחד אותו. סגלוביץ' לא היסס וביקש ממנו להתחיל לאסוף חומר מפליל נגד הרב, ובין השאר, להקליט את השיחות על מנת לתעד את מתן השוחד.
לאחר שנודע לפינטו כי מי שהפליל אותו הוא ברכה, הוא החל לספר בחקירתו כי מדובר בתשלומים שגרתיים שקיבל ברכה לאורך שנים, ולא בפעם הראשונה. הנושא נבדק פעם אחר פעם והתברר כשקרי, כאשר ברכה נאלץ להתמודד פעמים רבות עם הכפשות קשות מצד אנשיו של פינטו, בעיקר בזירה התקשורתית.
זמן קצר לפני התאבדותו, הגיע למח"ש מידע, שלפיו ברכה מעורב, לכאורה, במסירת מידע בחקירה שהתנהלה נגד אנשי עסקים מאשדוד. המידע הזה נבדק עוד טרם התאבדותו של ברכה, אך כאשר פורסמו כותרות קשות נגד ברכה, שבהן בין היתר נכתב כי הוא "מסוכן לציבור", לא ראתה מח"ש לנכון להוציא הודעת הכחשה או הבהרה בנוגע למידע, או לחלופין לנקות את שמו של ברכה לחלוטין.
ממשרד המשפטים נמסר בתגובה: "המשרד לביטחון הפנים העביר לפני כמה ימים הצעה להקמת ועדת בדיקה, שמטרתה לבדוק היבטים שונים בעקבות התאבדותו של תת-ניצב אפרים ברכה. כפי שהובהר למשרד לביטחון הפנים, ההצעה עוררה קשיים משפטיים. לפיכך נמסר כי ככל שתועבר הצעה מתוקנת הנושא ייבחן, אולם עד כה לא הגיעה הצעה".