בהחלטה דרמטית ביטל היום (שני) בג"ץ את הסעיף בחוק המסתננים שקובע כי ניתן להחזיק מסתננים במשמורת לתקופה של לפחות שלוש שנים, זאת רק בשל העובדה שנכנסו לישראל באופן בלתי חוקי. הרכב מורחב של תשעה שופטים קבע פה אחד כי החוק אינו חוקתי ופוגע באופן שאינו מידתי בזכות החוקתית לחירות הקבועה בחוק יסוד: כבוד האדם וחירותו. השופטים קבעו כי בתוך 90 יום יש לבחון באופו פרטני כל מקרה של מסתנן שנעצר, ולשחררם במידת הצורך.
עם זאת, נשיא בית המשפט העליון אשר גרוניס כתב בפסק הדין כי אם יחול שינוי מהותי לרעה בנסיבות, למשל עלייה משמעותית במספרם של המסתננים החוצים את גבולות ישראל, הדבר יצדיק בחינה שיפוטית מחדש של העניין, אם הכנסת תחוקק שוב חוק דומה. עוד כתב בפסק הדין, כי גם בנסיבות הקיימות אין מניעה לחוקק חוק חדש שיאפשר החזקה במשמורת תקופה קצרה באופן משמעותי משלוש שנים.
בפסק הדין העיקר, שנכתב על ידי השופטת עדנה ארבל, צוין כי כיום שוהים בישראל כ-55,000 מסתננים. השופטת ארבל עמדה על כך שמרבית המסתננים מגיעים מאריתריאה וסודן, וכי קיים קושי להשיבם לארצם בשל הסכנה הנשקפת לחייהם והעדר קשרים דיפלומטים עם הרפובליקה של סודן. כתוצאה מכך, ניצבת מדינת ישראל בפני תופעה משמעותית של עשרות אלפי מסתננים החודרים לשטחה, ואשר אין באפשרותה בשלב זה לגרשם משטחה באופן מעשי או נורמטיבי.
ארבל כתבה בפסק הדין כי לחוק שתי מטרות: מניעת השתקעותם של המסתננים בישראל, שהיא תכלית ראויה, ובלימת תופעת ההסתננות, כלומר הרתעה. ארבל קבעה כי ההרתעה יוצרת קשיים משפטיים מכיוון שכתוצאה מכך אדם מושם במעצר לא מפני שהוא מהווה באופן אישי סיכון כלשהו, אלא על מנת להרתיע אחרים. היא הבהירה כי רק במצב קיצוני ניתן יהיה להצדיק תכלית זו. ארבל ציינה עוד כי רק כ-1,750 מסתננים נמצאים במשמורת, ולכן ספק רב אם בפועל מושגת תכלית החוק.
מעבר לכך, ארבל קבעה כי כליאת המסתננים ושלילת חירותם לתקופה ארוכה של שלוש שנים הינה פגיעה אנושה ולא מידתית בזכויותיהם. "שלילת חירותם של המסתננים על ידי כליאתם לתקופה ארוכה הינה פגיעה אנושה ולא מידתית בזכויותיהם, בגופם ובנפשם. אל לנו לפתור עוול אחד ביצירת עוול אחר. לא נוכל לשלול זכויות יסוד בסיסיות ובה בעת לפגוע ביד גסה בכבוד האדם ובחירותו במסגרת פתרון לבעיה הדורשת פתרון מערכתי-מדיני הולם".
עוד הוסיפה, כי תוצאת פסק דין זה לא תהיה קלה לציבור הישראלי ותהיה קשה במיוחד לתושבי דרום תל-אביב, אולם הביעה תקווה שהמדינה תדע למצוא את הדרך להתמודד עם המצב שנוצר באמצעים העומדים לרשותה ולהקל על מצוקתם של התושבים.