הרב שמואל אליהו, רב העיר צפת, טען בתגובה לעתירה שהוגשה לבג"ץ נגד מועמדותו לתפקיד הרב הראשי הספרדי, כי הפנייה לבית המשפט "היא ניסיון לעקר את ההליך הדמוקרטי של בחירת רב ראשי ולבצע 'מעקף' באמצעות החלטה שיפוטית". לטענת הרב אליהו - שהיועץ המשפטי לממשלה יהודה וינשטיין הודיע לו כי לא יוכל להגן על מועמדותו בבג"ץ - אין מקום לדון בעתירה שמבקשת לקבוע כי הוא "פסול מלכהן כרב ראשי לישראל", עוד לפני שנבחר לתפקיד.
מחר (שני) ידון בג"ץ בעתירה שהגיש חבר הכנסת עיסאווי פריג' (מרצ) נגד מועמדותו של הרב הבכיר. העתירה הוגשה יממה לאחר שהיועץ המשפטי לממשלה וינשטיין הודיע כי לא יוכל להגן על הרב אליהו בבג"ץ, מכיוון שבחירתו "בלתי ראויה ומעוררת קשיים משפטיים". בהמשך השבוע צפויה להתקבל ההחלטה בנוגע לזהות הרבנים הראשיים הבאים.
בתגובה של אליהו, שהוגשה באמצעות עו"ד אביעד הכהן, נטען כי אין לשר הדתות או לוועדה ולאסיפה הבוחרת את הרבנים הראשיים סמכות לפסול את מועמדותו מראש. "ההכרעה צריכה לעבור לאסיפה הבוחרת, בהליך דמוקרטי של בחירות, שהיא ורק היא מוסמכת לבחור את הרב הראשי לישראל", נכתב בתגובה. "חזקה על חברי גוף בוחר זה, שבו חברים שרים, חברי כנסת, דיינים, ראשי ערים וראשי רשויות מקומיות, ראשי מועצות דתיות, נציגי ציבור ועוד - חבר בוחרים המייצג את כל גווני האוכלוסייה בישראל, שישקול את השיקולים הראויים ויקבל החלטה ראויה במסגרת ההליך הדמוקרטי שנקבע לכך בחוק".
לטענת הרב אליהו, העתירה שהוגשה נגדו מתבססת על קטעי עיתונות, בהם מצוטטות אמירות גזעניות לכאורה של הרב אליהו, אותן הוא מכחיש או טוען שהן שובשו והוצאו מהקשרן. לטענת הרב אליהו, נדמה שהעתירה נועדה אך ורק להאדיר את שמו של ח"כ פריג', ולהלך אימים על אליהו "בשל דברים שאמר ופסקי הלכה שלהם נדרש מתוקף תפקידו, ולא נשאו חן בעיני העותר (ובעיני אחרים)". עוד נכתב בתגובה כי "אם לא די בכל אלה, הרי שהעתירה מבקשת להפוך את בית המשפט זירה לוויכוח ציבורי, פוליטי והלכתי בעיקרו, ויכוח שראוי להתקיים ברשות הרבים הציבורית, אך לא בתוככי בית המשפט ובוודאי שלא יוכרע בגדרי פסילת מועמדות ופגיעה בזכות לבחור ולהיבחר, פסילה שלא בא זכרה בדין".
בראיון לוואלה! חדשות אמר הרב אליהו כי בכוונתו להתמודד על התפקיד הרם. "אני מרגיש תמיכה מאוד חזקה גם בגוף הבוחר וגם בציבור. אני מניח שאנשים תומכים בי כיוון שהם יודעים שאני אמשיך את הדרך של הרב אליהו (אביו הרב מרדכי אליהו - ג.ג.) שהיה רב מאוד מחבק ומאוד מעצים אנשים. אני מקווה להמשיך בדרכו. בעיניי, זו שליחות חשובה מאוד. בסך הכול, אני חושב שהרבנות יודעת לרומם ולחזק ואני מקווה להיות המשך לשושלת של רבנות כזו". בהודעה שפרסם היועץ המשפטי לממשלה ביקש וינשטיין מהרב אליהו להתייחס ל-13 אמירות גזעניות לכאורה שמיוחסות לו, בטרם קיבל את החלטתו. בין השאר קרא הרב להרחיק את כל הסטודנטים הערבים מהמכללה בצפת. אולם לאחר שחזר בו מהדברים בוטל כתב האישום. בהמשך התבטא נגד מכירה או השכרה של דירות לערבים ואמר כי "כמה רוצחים סדרתיים התגלו כהומוסקסואליים".