צה"ל נערך לאפשרות של הסלמת האלימות ביהודה ושומרון, אולם דווקא בבסיס מרכזי בגזרה קיימים מחדלי אבטחה חמורים שלא זכו לטיפול: פרצות בגדר, מחסור באמצעי ראיית לילה במגדלי השמירה, מפות קוד לא מאובטחות, תחמושת ורימונים שמפוזרים בבסיס ללא השגחה, בונקר תחמושת לא נעול ושער ידני ולא חשמלי - כדי לא לחלל שבת - והכל במרחק נגיעה מהאזור הפלסטיני מיושב המשמש כמעוז של חמאס.
החשש הגובר בפיקוד מרכז מפרוץ אינתיפאדה שלישית בגדה המערבית, לאור הקיפאון בתהליך המדיני, מעלה ביקורת חריפה מצד חיילים באוגדת יהודה ושומרון על רמת האבטחה בבסיס, הסמוך לאזור שצפוי לתסוס במקרה של הסלמה. לדברי החיילים, קיימות פרצות רבות בגדר המקיפה את הבסיס שסמוך לבתי פלסטינים, שחלקם נמצאים עשרות מטרים בלבד מהגדר. החיילים פנו למפקדיהם והתלוננו על שהגדר לא תוקנה לחלוטין, וגם באזורים שתוקנו לכאורה - ניתן עדיין לחדור דרך הגדר.
מגדלי השמירה סביב הבסיס מוגדרים גם הם כנקודות תורפה, לטענת החיילים, מאחר שאין בהם אמצעי תצפית או ראיית לילה, ובמזג אוויר ערפילי הופכת משימת השומר במגדל לחסרת תועלת, בלשון המעטה. יצוין כי לפני מספר חודשים הצליח מחבל לחדור לשטח בסיס באזור א-ראם לאחר שקרע את הגדר הישנה, עלה למגדל השמירה וגנב מחייל את נשקו לאחר שהלם בו באמצעות מטף כיבוי אש.
לא זאת בלבד, סריקה נוספת בבסיס מעלה כי אין אכיפה ברורה של נהלי אבטחת התחמושת ומפות הקוד. הבונקר בבסיס, כאמור, פרוץ ללא מנעול, וסביב סככות כלי הרכב נמצאו אמצעים לפיזור הפגנות ורימונים שהפכו בשנים האחרונות לפריטים גניבים במיוחד מבסיסי צה"ל. מבדיקה בג'יפים בבסיס, נמצאו מפות קוד ומפות מבצעיות שמוגדרות "סודיות", אשר לפני הנהלים אמורות להיות מאובטחות.
עוד טענה שמחייבת בדיקה, אותה העלו החיילים, מציינת כי המבנים היבילים שמשמשים את כיתות הכוננות בבסיס, ממוקמים בסמוך לגדר הבסיס, שמפרידה בין המבנים לכביש ראשי ביהודה ושומרון. מפקדי הבסיס החליטו להעמיד קירות בטון שימנעו ירי מחוץ לבסיס, אולם חלק מהמבנים נותרו ללא מיגון. כמו כן, בשנה החולפת התקבלו מספר דיווחים ברחבי יהודה ושומרון על ניסיונות לבצע פיגועי ירי נגד כלי רכב חולפים ועמדות של צה"ל, מה שהופך את מבני כיתות הכוננות בבסיס לנקודת תורפה.
בסופי השבוע, כך החליטו המפקדים, לא נעשה שימוש בשער החשמלי בפתח הבסיס, שעמיד בפני ניסיונות פריצה. במקומו פועל שער ידני שנסגר באמצעות חוט ברזל דק. לטענת החיילים, הצורך בשימוש בשער החשמלי הוא מבצעי, לכן לא ברור מדוע נעשה שימוש בשער שאותו ניתן לפרוץ בקלות יחסית. בנוסף, הם אומרים, במפקדת חטמ"ר אפרים דווקא ידעו להפיק לקחים והוחלט לעבות את מערך האבטחה סביב הבסיס, לאחר שפעילי ימין חדרו לבסיס ותקפו את מפקד החטיבה וקצינים נוספים, תוך גרימת נזק לכלי הרכב במחנה.
מדובר צה"ל נמסר בתגובה: "בימים אלו מתקיים פרויקט לשיפור הגנת הבסיס באופן שיספק מענה הולם לצורכי אבטחתו, בו נכלל, בין היתר, חידוש הגדר ההיקפית הקיימת. הטענות בנוגע לאמצעים לפיזור הפגנות המצויים ללא השגחה אינן מוכרות".