לא חלו שינויים מהותיים בין הדו"ח הסופי של מבקר המדינה בפרשת הרפז לבין הטיוטה שהועברה לידי המבוקרים לפני שלושה חודשים, כך אומרים גורמים שונים שראו את הדו"ח. המבקר, יוסף שפירא, העביר היום (שני) את הדו"ח הסופי, שמתבסס על הטיוטה שגיבש המבקר הקודם מיכה לינדנשטראוס, לידי המבוקרים ולידי שורה של גורמים, ובקרוב תקבע הוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת, תוך התייעצות עם המבקר, מהם הפרקים שיתפרסמו.
בשבועות האחרונים קיימו אנשי משרד מבקר המדינה את השימועים האחרונים למעורבים בפרשה, לקראת כתיבתו של הדו"ח הסופי, והיום הועבר הדו"ח לידי שורה של גורמים, בהם מבוקרי הפרשה הרמטכ"ל לשעבר רב-אלוף (במיל') גבי אשכנזי, עוזרו אלוף-משנה ארז וינר, סגן-אלוף (במיל') בועז הרפז, שר הביטחון אהוד ברק וראש מטה שר הביטחון, יוני קורן. כמו כן, נשלח עותק של הדו"ח לראש הממשלה בנימין נתניהו; הרמטכ"ל הנוכחי בני גנץ, יו"ר ועדת החוץ והביטחון של הכנסת וליועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין.
בטיוטה הראשונה שחיבר לינדנשטראוס, הוא מתח ביקורת נוקבת על התנהלותו של הרמטכ"ל לשעבר אשכנזי, בשל מה שתואר ככמעט "פוטש" שביצע ביחס לברק. אולם, בטיוטה הסופית רוככה הביקורת כלפי אשכנזי, ומרביתה הוטלה על עוזרו וינר. במקביל, נמתחה מעט יותר ביקורת על השר ברק, אולם היא עדיין פחותה מהביקורת על אשכנזי. לדברי גורמים שראו את הדו"ח, לא חלו בו כמעט שינויים לעומת הטיוטה הסופית שגיבש לינדנשטראוס.
גורמים המקורבים לווינר ציינו בעבר כי הוא "עוד לא אמר את המילה האחרונה" ולא בהכרח יקבל את הדו"ח ככתבו וכלשונו, ואף קיימת אפשרות שהוא יערער לבית המשפט העליון בנושא. בפרקליטות הצבאית יבחנו את הדו"ח, כדי להסיק מסקנות על עתידו של וינר. קצין נוסף שיושפע כפי הנראה מהדו"ח הוא גדי אייזנקוט, אלוף פיקוד צפון בזמן כהונת אשכנזי, הממתין להכרעה בנוגע למינוי לסגן הרמטכ"ל הבא. שמו של אייזנקוט נקשר בפרשת מסמך הרפז כמי שידע על פרטי המסמך ולא דיווח על כך לשר הביטחון, למרות הקרבה ביניהם. גורם צבאי בכיר אמר בשבוע שעבר כי "אלוף אייזנקוט לא ניזוק בפרשה. הכל כבר ידוע. אין חדש תחת השמש, ונראה ששר הביטחון מחכה לפרסום הסופי של הדו"ח כדי להכריז עליו כסגן רמטכ"ל".
כאמור, הדו"ח הועבר גם לידי היועץ המשפטי לממשלה, שאמור להכריע בשאלה האם לפתוח בחקירה פלילית נגד מעורבים שונים בפרשה, ובראשם וינר. זאת, לאחר שהמבקר הקודם לינדנשטראוס העביר אליו בקשה כזאת. יצוין כי גם הפרקליט הצבאי הראשי, תא"ל דני עפרוני, סבר שיש לפתוח בחקירה פלילית. אולם, ההערכה היא כי פרסום הדו"ח יוביל גם להחלטה שלא לפתוח בחקירה.