פיצוץ מסתורי נשמע לפנות בוקר (רביעי) במפעל נשק בדרום חרטום, ובממשלת סודן ייחסו את התקיפה בבירה לישראל. "ארבעה מטוסי קרב תקפו את המפעל בחרטום", ציין שר ההסברה, אחמד בלאל אוסמן, שהוסיף כי "סודן שומרת לעצמה את הזכות להגיב לתקיפה". לדבריו, שני בני אדם נהרגו בפיצוץ ונזק רב נגרם למפעל. עדי ראייה בבירת סודן טענו כי זמן קצר לפני שנשמע הפיצוץ, נשמעו קולות של כלי-טיס או טילים באזור. המפעל, המכונה "ירמוכ", נמצא בבעלות ממשלה סודן.
מושל חרטום, עבדול רחמאן אל-חידאר, לא התייחס לדיווחים הללו, ואמר כי מקור הפיצוץ היה באחד מהמחסנים במפעל הצבאי. לפי כמה דיווחים, ייתכן שישנם הרוגים כתוצאה מהפיצוץ, ונגרם נזק למפעל ולסביבתו. יצוין כי מדובר בדיווחים סותרים.
כלי תקשורת זרים שדיווחו על הפיצוץ הזכירו כי בעבר בוצעו פעולות לסיכול הברחות נשק מסודן ממצרים לעזה, אשר יוחסו לישראל. בין השאר, הוטבעו ספינות והופצצה שיירה של מבריחים שהובילה כלי נשק. ככל הנראה, הנשק נועד להגיע לידי חמאס או לג'יהאד האיסלמי. בנוסף, חוסלו כמה פעילים שהיו מעורבים בהברחות הנשק הללו.
פעולות נוספות בשטחי סודן הוסברו ככאלו שנועדו לסכל את שיתוף הפעולה של אירן עם ארגוני הטרור ברצועת עזה. ב-1998 הפציצה ארה"ב מפעל לתרופות בסודן, שנחשד כי היה בבעלותו של מנהיג אל-קאעדה לשעבר אוסמה בן-לאדן, שחסה בשעתו בסודן לפני שנמלט לאפגניסטן. התקיפה הייתה תגובה לפיגועים בשגרירות האמריקניות בקניה ובטנזניה, שנהגה על ידי בן לאדן וגרם למותם של מאות בני אדם.