(צילום: דו"צ)
נציגי צה"ל לא השתתפו בדיון הכנה שהתקיים כשלושה שבועות לפני השתלטות חיילי שייטת 13 על ספינת ה"מרמרה", כך פורסם הבוקר (רביעי) בגלי צה"ל. הדיון שהתקיים במועצה לביטחון לאומי עסק בין היתר בהיערכות לקראת הסתבכות אפשרית של הפעולה והשלכותיה הבינלאומיות. למרות חשיבות הדיון, לא נטלו בו חלק נציגי אגף המודיעין בצה"ל, חיל הים ודובר צה"ל.
בעקבות התקרית פנתה המועצה לביטחון לאומי במכתב חריף ללשכת שר הביטחון אהוד ברק. בין היתר צוין במכתב כי "נרמסה ברגל גסה סמכות המועצה". במכתב נעשה קישור ברור להחלטה שלא לשתף בדיון גורמים צבאיים במשט והופיעה בו אזהרה מפורשת מפני עבירה של חוק שיתוף הפעולה. בדיווח על התקרית צוין כי אחד מבכירי המועצה לביטחון לאומי שהיה בעברו מפקד שייטת 13, התייחס לבעייתיות שבעניין.
מלשכתו של שר הביטחון ברק נמסר בתגובה כי "בצה"ל ובמערכת הביטחון טופל נושא עצירת המשט במשך שבועות בהליך מקיף בו שותפו כל נציגי משרדי הממשלה הנוגעים בדבר. אכן באחד הדיונים במועצה לביטחון לא השתתפו נציגי צה"ל. הדבר היה בתיאום עם המזכירות הצבאית של לשכת ראש הממשלה". מלשכת ראש הממשלה נמסר כי "צה"ל ומשרד הביטחון קיימו דיונים רבים לקראת המשט בעבודת מטה מסודרת".
ח"כ נחמן שי (קדימה) אמר לאחר פרסום הדברים, כי "מיום ליום מתקבלת תמונה עגומה יותר לגבי ההכנות המדיניות והביטחוניות ליירוט המשט. העובדה שהתגלתה זה עתה כי נציגים של צה"ל לא השתתפו בדיון הכנה במסגרת המועצה לביטחון לאומי, מלמדת כי הממשלה הנוכחית מתעלמת מן המסקנות והפעולות שננקטו בעקבות מלחמת לבנון השנייה ומבצע עופרת יצוקה. הצורך לחקור את פעילות הממשלה וזרועותיה הוא דחוף ומיידי".