ישראל תשלם לאו"ם 10 מיליון דולר כפיצוי על נזק שנגרם למבני הארגון בעזה במהלך מבצע עופרת יצוקה, כך מסרו גורמים רשמיים לרשת ה-BBC. זהו הפיצוי הראשון שישראל משלמת בעקבות המבצע. בין היתר נהרסו בעזה משרדים של האו"ם, מבנים של בתי ספר וכלי רכב. ישראל טענה שאותם אתרים לא היו מטרות להפצצות וכי התשלום הוא בשל נזק היקפי. לדבריה, פעילי החמאס פעלו מתוך מבנים המסונפים לאו"ם או לידם.
על פי דיווח ה-BBC, ההחלטה על הפיצויים הגיעה לאחר חודשים של דיונים וכי שר הביטחון אהוד ברק הודיע על כך באופן אישי למזכ"ל האו"ם באן קי מון. גורמים בישראל אמרו ל-BBC שיש להתייחס אל התשלום כמחווה של רצון טוב וכי לישראל יש מערכת יחסי עבודה טובה עם האו"ם. ממשרד החוץ נמסר בתגובה כי "ישראל מצויה בשלב מתקדם של משא ומתן בנושא מול מזכ"ל האו"ם ואנו מקווים לסיים את המשא ומתן הזה".
"ישראל עדיין במו"מ עם האו"ם"
מיד לאחר המלחמה נפתחה חקירה של האו"ם לגבי הנזק של שנגרם למבנים ופעילים בעזה. החקירה האשימה את צה"ל בהתנהלות "רשלנית או חסרת זהירות" והעריכה את הפיצויים על הנזק וההרג ביותר מ-11 מיליון דולרים. בראש החקירה עמד איאן מרטין, לשעבר ראש אמנסטי אינטרנשיונל. ישראל דחתה את הממצאים של החקירה, עוד בטרם פורסמו מסקנותיה, בטענה שהם מגמתיים ומוטים.
בסך הכל, על פי האו"ם, יותר מ-50,000 בתים, 800 מבנים תעשייתיים וכ-200 בתי ספר נפגעו או נהרסו במהלך "עופרת יצוקה", ובנוסף, 39 מסגדים ושתי כנסיות. באחד מקרים, בתחילת ינואר שעבר, נהרגו יותר מ-30 פלסטינים, לאחר שפגז מרגמה צה"לי פגע בבית הספר "אל פאחורה" של אונר"א שבו מצאו מקלט. הירי כוון לחצר בית שממנה שוגרה רקטה לשטח ישראל, ובתגובה ירה צה"ל שלושה פגזי מרגמה, ששניים מהם פגעו בחצר ובשני המחבלים היורים, והשלישי פגע בטעות בבית הספר ששכן כ-30 מטרים מחצר הבית שממנה ירו אנשי החמאס. אולם, בתחקיר שערך העיתון הקנדי "גלוב אנד מייל", בו תוחקרו בכיר באונר"א ועדים לאירוע נקבע שירי צה"ל לא פגע בבית הספר, ושבניגוד לדיווחים הפלסטינים על 30 הרוגים, רק 3 פלסטינים נהרגו, מרסיסים, בעת ששהו מחוץ למבנה.
בספטמבר פרסמה ועדת חקירה בינלאומית של האו"ם בראשות השופט ריצ'רד גולדסטון דו"ח לבירור נסיבות מבצע עופרת יצוקה שתמך בממצאי הוועדה של מרטין. בדו"ח צויין כי "ייתכן ובמהלך מבצע עופרת יצוקה בוצעו אף פשעים נגד האנושות". מנגד מציין גולדסטון כי צריך להתייחס גם לירי חמאס לעבר אזרחים ישראלים כפשע מלחמה.