היועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, בוחן בימים האחרונים את האפשרות שהיועץ לביטחון לאומי, יעקב עמידרור, הפר הסדר ניגוד עניינים שעליו חתם עם כניסתו לתפקיד, והשתתף בדיונים בנושא מדיניות ישראלי בתחום הגז. על פי ההסדר, על עמידרור נאסר במסגרת תפקידו לעסוק בנושא האנרגיה בשל העובדה ששימש בעבר יועץ לחברת "נובל אנרג'י", העוסקת בהפקת נפט וגז טבעי. למרות זאת, לווינשטיין הגיע מידע על מעורבותו לכאורה של עמידרור בנושא אנרגיה, וכעת הנושא נמצא בבדיקה.
בהודעה מטעם היועץ המשפטי לממשלה נמסר כי זה פנה לעמידרור בבקשת תגובה למידע זה, נוכח הסדר ניגוד העניינים שעליו הוא חתם עם כניסתו לתפקידו. "עמידרור העביר ליועץ המשפטי לממשלה את תגובתו, ובהמשך לכך, בימים אלו נבחן העניין במשרד המשפטים לצורף גיבוש עמדת היועץ המשפטי לממשלה בסוגיה", נמסר.
אתמול נודע על כוונתו של עמידרור לפרוש בחודשים הקרובים. גורמים בלשכת ראש הממשלה הדגישו כי הוא יעזוב את התפקיד במועד שנקבע מראש, בהתאם לסיכום המקורי בינו לבין ראש הממשלה עם כניסתו לתפקיד. "אין כל שינוי ביחסי העבודה בין ראש הממשלה לראש המטה לביטחון לאומי, הם היו ונשארו טובים מאוד. לגבי מועד סיום התפקיד, עם כניסתו של עמידרור לתפקיד סוכם כי יכהן בו עד למועד הבחירות המתוכנן בנובמבר 2013, ומשהוקדמו הבחירות לא נקבע תאריך אחר", ציינו הגורמים.
בעקבות ההודעה על פרישתו, עלו תהיות בנוגע לסיבה שבגללה עמידרור עומד להשלים קדנציה של כשנתיים וחצי בלבד בתפקיד ראש המטה לביטחון לאומי. אחת הספקולציות שעלו היא שהרקע לעזיבה הוא חילוקי דעות בתחום המדיני. עמידרור נכנס לתפקיד במרץ 2011 עם תדמית ימנית ונצית במיוחד. בשנות ה-90, כראש חטיבת המחקר באמ"ן, היה מהמתנגדים הקולניים בצה"ל להסכמי אוסלו. ביולי 2011, חודשים ספורים לאחר שנכנס לתפקיד, פורסם כי הוא בוחן לבטל לחלוטין את ההסכמים עם הרשות הפלסטינית, בתגובה למהלכים החד-צדדיים של הפלסטינים באו"ם.
עם זאת, בחודשים האחרונים הצטייר עמידרור דווקא כאחד הגורמים המתונים בסביבתו של ראש הממשלה, בנימין נתניהו. הוא היה מהדוחפים להסכם הפיוס בין ישראל לטורקיה, והפתיע כאשר אמר כי "הבנייה בהתנחלויות גורמת לישראל נזק מדיני" התבטאות שקוממה עליו גורמים רבים בימין.