מארגון האחים המוסלמים במצרים נמסר היום כי אין די בהודעתו של האפיפיור וכי הם דורשים ממנו התנצלות אישית. סגן מנהיג הארגון מוחמד חביב אמר כי האפיפיור פגע במוסלמים פגיעה קשה ורק התנצלות אישית תוכל לכפר על השגיאה שעשה. היום התפרסמה הודעת הוותיקן בה נמסר כי האפיפיור מתנצל על כך שדבריו, בהם ציטט דברי קיסר מהאימפריה הביזנטית שאמר כי הנביא מוחמד הביא לעולם "רק רוע וחוסר אנושיות", התפרשו כעלבון לעולם המוסלמי.
עיתונים ערביים ברחבי העולם נקטו בגישה דומה ודחקו באפיפיור להתנצל אישית על דבריו. העיתון Turkish daily News קרא להתבטאויות האפיפיור "מעציבות ומדאיגות", אך קרא לאיפוק בעולם המוסלמי. בעיתון נכתב כי "אנו מתנגדים לגישה הנקמנית, לאחר שהוותיקן הודיע כי האפיפיור מכבד את האיסלאם ולא התכוון לפגוע במאמיניו, אלא רק רצה להתנגד לאלימות בדתות". בעיתון הוסיפו וכתבו כי "יש מספיק מתח בין הדתות בעולם. אל לנו ליצור מתח נוסף".
לעומת זאת, בעיתון אל-חיאת נכתב כי מילותיו של האפיפיור עלולות להיות זרז למלחמה שהנוצרים והמוסלמים במזרח התיכון ניסו להימנע ממנה במשך שנים. בעתון א-שרק אל-אווסט נכתב בצורה דומה כי "דבריו של האפיפיור אינם רק טעות חמורה. הן בבחינת שפיכת דלק על האש שבוערת ממילא בין המערב לאיסלאם".
בעיתון נכתב עוד כי "אין הבדל בין אמירותיו של האפיפיור לבין אלו של בין לאדן. שני הצדדים נותנים בידי העולם תחמושת מילולית להשמדה המונית".
ביקורו של האפיפיור בטורקיה לא יבוטל
בשטחים גינה בכיר בחמאס את הפגיעה בכנסיות בשכם, עליהן זרקו מוסלמים בקבוקי תבערה במחאה על דברי האפיפיור. לדבריו, הוא בטוח שהאירועים לא ישפיעו על האחדות בקהילה הפלסטינית הפנימית. הוא הוסיף כי הסובלנות היא החמצן המשותף למוסלמים ולאחיהם הנוצרים.
ראש אנשי הדת המוסלמים בשטחים סאלם סאלאמה קרא לפלסטינים לכבד את שכניהם הנוצרים ולהגן עליהם. הוא ביקש מהמדינות המוסלמיות והערביות שלא לארח את האפיפיור מחשש שיותקף ומחשש לעוד התבטאויות שיציתו מלחמת דת. עם זאת, טורקיה הודיעה היום כי ביקור האפיפיור בארץ, המתוכנן לנובמבר, לא יבוטל. עם זאת הגדיר ראש ממשלת טורקיה את דברי האפיפיור "מגעילים" ואמר כי "הוא דיבר פוליטיקאי ולא כמו איש דת". ראש ממשלת טורקיה אף דרש מהאפיפיור לחזור בו מדבריו על מנת לשמור על השלום בין הדתות.
שר החוץ של סעודיה הנסיך סעוד אל פייסל שלח למקבילו בוותיקן מכתב ובו דרש מן האפיפיור להבהיר בדחיפות את דבריו. בקול ישראל דווח כי במכתב, שנשלח זמן קצר לפני ההתנצלות, נכתב כי האפיפיור אימץ בדבריו את הטיעונים שהצדיקו מסעות הצלב נגד העולם המוסלמי.
בלבנון קרא חיזבאללה לוותיקן לחזור בו מהדברים שעלולים לפלג את העולם ולשרת את אויבי העולם, בהם ניאו-נאצים והציונים, כך לשון ההודעה במקור. המנהיג הרוחני של הסונים בלבנון השייח מוחמד רשיד כאבאני אמר כי דברי האפיפיור נובעים מבורות או מניסיון מכוון לסלף את האיסלאם שמתנגד בבירור לאלימות.
ארגון מורדים בעיראק ושמו צבא המוג'הידין מאיים לבצע פיגועים נגד הוותיקן בתגובה לדברי האפיפיור. בהודעה שפרסם הארגון נאמר כי "לוחמי הארגון נשבעים להרוס את הצלב של הנוצרים בלב רומא".