כתב האישום של סלובודן מילושביץ' נוגע לפשעי מלחמה המיוחסים לו, שהתחוללו בקוסובו בין ה-1 בינואר ל-20 ביוני 1999. מילושביץ' מואשם במעשי טבח וגירוש המוניים בכפרים אלבניים ברחבי קוסובו כנגד כ-740 אלף תושבים. בין היתר, הוא נתפס כאחראי לכך שהצבא היוגוסלבי, מגובה ביחידות סרביות וכוחות פרה-צבאיים, הפציץ כפרים אלבניים ונישל את יושביהם מנכסיהם. מאות האלפים שניצלו גורשו לגבולות המדינות השכנות.
בצד מילושביץ' נאשמים ארבעה מעמיתיו, שנשאו במשרות בכירות בממשל היוגוסלבי בזמן הטבח: מילאן מילוטינוביץ', נשיא סרביה באותה תקופה; ניקולה סיינוביץ', ראש ממשלת סרביה דאז; ולז'קו סטוז'יקוביץ', שהיה שר החוץ; והגנרל דרגוליוב אוז'ניק, שפיקד על הצבא היוגוסלבי.
החמישה נאשמים בכך ש"תיכננו, עודדו, הורו, ביצעו, או לחילופין סייעו, במסע טרור ואלימות שכוון נגד האזרחים האלבנים שחיו בקוסובו". סעיפי האישום בגינם הועברה פניה רשמית להסגרתם למשפט: גירוש כפשע נגד האנושות; רצח כפשע נגד האנושות; רצח כהפרה של חוקי המלחמה; רדיפה על רקע פוליטי, גזעי ודתי כפשע נגד האנושות.
תמליל הדיון הראשון
בדיון הראשון בבית הדין הבינלאומי סירב מילושביץ' להכיר בסמכות בית המשפט. להלן תמליל הדיון:
השופט ריצ'רד מיי: מר מילושביץ', אני מבין שאינך מיוצג על ידי פרקליט (...) כדאי לך לשקול זאת היטב (...) האם אתה מעוניין כעת בפרק זמן נוסף כדי לשקול?
מילושביץ' (באנגלית:) (...) אין לי צורך בהגנה מול גוף לא חוקי.
מיי: מר מילושביץ', בבוא העת תהיה לך הזדמנות להעלות לדיון התנגדות לסמכות השיפוטית, או לאזכר כל עניין ראשוני אחר שתרצה. (...) האם אתה מעוניין כעת שנקריא את כתב האישום?
מילושביץ' (באנגלית): זו הבעיה שלך.
מיי: אתה עומד בפני בית הדין הזה, ונתון לסמכותו השיפוטית (...)
מילושביץ' (בסרבית): אדוני הנשיא...
מיי: בית הדין יתייחס לתשובתך כוויתור על זכותך להקראת כתב האישום (...) אתה מעוניין להודות באשמה או לכפור בה כבר היום, או מבקש לדחות את תגובתך כדי שתוכל לשקול את הדבר?
מילושביץ ' (בסרבית): מטרת ההליכים להביא ראיות כוזבות בנוגע לפשעי נאט"ו שבוצעו ביוגוסלביה לשעבר.
מיי: האם אתה מעוניין להודות או לכפור באשמה היום?
מילושביץ': עניתי לשאלתך. חוץ מזה, בית הדין הזה, או לפחות כך הוא מכונה...
מיי: (...) אנו מתייחסים לתגובתך כסירוב להודות באשמה או לכפור בה (...) נגיב בשמך כאילו אתה כופר באשמה.
מילושביץ': מטרתו של בית הדין היא להצדיק את הפשעים שבוצעו ביוגוסלביה. לכן זהו משפט כוזב ולא לגיטימי.
מיי: מר מילושביץ', אין זו השעה לשאת נאומים. כפי שאמרתי, תהיה לך הזדמנות מלאה בבוא העת להגן על עצמך בפני בית הדין (...) הדיון בעניין זה הסתיים כעת.