מבקר המדינה, [[מיכה לינדנשטראוס]], עורך בחודשים האחרונים ביקורת מקיפה על המועצה לביטחון לאומי (מל"ל) במשרד ראש הממשלה. המבקר בודק את המבנה, התפקוד ותחומי האחריות של המל"ל, ואת שילובה בתהליכי קבלת ההחלטות בדרג הלאומי.
את הביקורת על המל"ל מרכז ראש האגף הביטחוני במשרד מבקר המדינה, אלוף (מיל') יעקב אור (מנדי). הוא ואנשיו גבו עדויות מראש המל"ל, אלוף (מיל') גיורא איילנד, ומדמויות בולטות בצמרת המדינית והביטחונית, ובהן ראשי ממשלה לשעבר ויועציו של ראש הממשלה, אריאל שרון.
דו"ח המבקר, לכשיתפרסם, צפוי לתרום לוויכוח על חשיבותה של המועצה לביטחון לאומי ומקומה במערך השלטוני בישראל. המועצה הוקמה ב-1999, אחרי ויכוח שנמשך שנים רבות על נחיצותו של גוף מטה בענייני ביטחון לאומי ומודיעין, שיפעל ליד ראש הממשלה. מערכת הביטחון התנגדה לכך בתוקף, וראש הממשלה לשעבר, בנימין נתניהו, החליט על הקמת המל"ל רק בשלהי כהונתו.
במל"ל מתוסכלים ומתלוננים על חוסר השפעה
בשבע שנות קיומה לא הצליחה המל"ל לתפוס מקום מרכזי בתהליכי קבלת ההחלטות, וראשיה התלוננו על תסכול וחוסר השפעה. ראשי הממשלה שכיהנו אחרי נתניהו, אהוד ברק ושרון, גימדו את המל"ל, סירבו להישען עליה כיחידת המטה שלהם, והעדיפו להיעזר ביועצים אישיים ובגופים הממוסדים של מערכת הביטחון וקהילת המודיעין. המל"ל עוסקת בעיקר בתכנון לטווח ארוך וגיבוש הערכות מצב, או בריכוז עבודות מטה בין-משרדיות בתחומים כמו מדיניות ההגירה הישראלית והיחס לבדווים בנגב. היא גיבשה גם את עקרונות [[תוכנית ההתנתקות]] של שרון, לפני כשנתיים.
ראש המל"ל הנוכחי, איילנד, הציע למ"מ רה"מ אהוד אולמרט לשדרג את המועצה ולהפוך אותה למטה המדיני-ביטחוני בלשכת ראש הממשלה. איילנד הצביע על החולשה הקיימת במבנה הנוכחי, שבו לכל מפקד גדוד או חטיבה בצה"ל יש מטה מסודר יותר מלראש הממשלה. במבנה שהוא מציע, המועצה לביטחון לאומי תהיה אחראית לתרגום הנחיותיו של ראש הממשלה להחלטות מסודרות, לטפל בהחלטות הנגזרות מהן, ולהכין את הדיונים בענייני חוץ וביטחון.
כיום נמצאים משרדי המל"ל ברמת השרון, הרחק ממוקדי ההחלטות בלשכת ראש הממשלה בירושלים. איילנד הציע להעביר את המועצה לירושלים, כדי שתהיה קרובה לאוזנו של ראש הממשלה.
ככל הידוע, אולמרט בוחן ברצינות את הקמתו של מטה ביטחוני-מדיני בלשכת רה"מ. איילנד, ששקל לפרוש מתפקידו, עשוי להישאר בו לתקופה נוספת אם יבוצעו השינויים המבניים. פקידים בכירים, המתנגדים לשדרוג מעמדה של המל"ל, אומרים שהרעיון חסר סיכוי. לדבריהם, ראשי ממשלה תמיד יעדיפו לעבוד בנושאים מדיניים רגישים עם אנשי אמונם, ולא עם עובדי מדינה מקצועיים. ברוח דומה, מערכת הביטחון וקהילת המודיעין יתנגדו לקיומו של גוף שיחצוץ ביניהן לבין ראש הממשלה.