המפקד הלאומי ומפלגת העבודה

עמי אילון נושא גם בתואר אביר איכות השלטון לשנת 2000 (מטעם התנועה לאיכות השלטון בישראל), בין היתר על הנהגת "הקוד האתי" בשב"כ וקידום חוק השב"כ.

אילון יזם וקידם, בשיתוף ד"ר סרי נוסייבה, את "המפקד הלאומי" – יוזמה אזרחית (עליה חתמו כ-400,000 אזרחים ישראלים ופלסטינים) לקביעת קווי המתאר של הסכם הקבע בין ישראל לפלסטינים.

ב2005 הודיע על התפקדותו למפלגת העבודה והצגת מועמדותו לפריימריס לכנסת. הוא נבחר במקום הרביעי ברשימה.