ממחקר שערכה אוניברסיטת בר אילן עולה, כי המחבר האמיתי של "התפילה לשלום המדינה", הוא חתן פרס נובל לספרות, שמואל יוסף עגנון, ולא הרבנים הראשיים לישראל, יצחק הרצוג ובן-ציון עוזיאל, בתקופת קום המדינה.
ב"ידיעות אחרונות" דווח, כי מאז נכתבה, התפילה מודפסת בסידורים, ונאמרת בשבתות ובחגים בבתי כנסת של הזרם הציוני בארץ ובעולם, מיד אחרי קריאת התורה.
אוצר אוסף הספרים וכתבי היד הנדירים באוניברסיטת בר אילן, דוד בן-נעים, גילה את התפילה בכתב ידו של עגנון, בקטלוג שקיבל מבית מכירות פומביות. על פי המחקר שעקב לגילוי, היה זה דווקא עגנון, שהיה ידוע בשמירה על פרטיותו, שביקש שהתפילה לא תיוחס לו, אלא לרבנים הראשיים הרצוג ועוזיאל, כדי שתכנס ללא קושי לסידור התפילה.
קטעים מהתפילה
"אבינו שבשמים, צור ישראל וגואלו, ברך את מדינת ישראל
ראשית צמיחת גאולתנו, הגן עליה באברת חסדך ופרוש עליה סוכת שלומך, ושלח אורך ואמתך לראשיה ויועציה ותקנם בעצה טובה מלפניך
חזק את ידי מגיני ארץ קדשנו, והנחילם, אלוהינו, ישועה ועטרת נצחון תעטרם, ונתת שלום בארץ, ושמחת עולם ליושביה ואת אחינו כל בית ישראל, פקד נא בכל ארצות פזוריהם ,ותוליכם מהרה קוממיות לציון עירך, ולירושלים משכן שמך ,ככתוב בתורת משה עבדך, אם יהיה נדחך בקצה השמים. משם יקבצך ה' אלוהיך ומשם יקחך".