מעטים יודעים שמלחמת האזרחים בפיליפינים נמשכת כבר 30 שנה, אבל סכסוכי הדמים בשרשרת האיים נמשכים זה קרוב ל-500 שנה.
תושבי שרשרת האיים הפיליפינים המקוריים הם "נגריטוס" גזע נמוך, חלש גופנית וכהה עור, הקרוב לבושמנים של אפריקה ולתושבי איי אנדמן שבאוקיאנוס ההודי. לאורך המאות יושבו האיים גם על ידי מלאים הגזע המאכלס את מאלזיה, בורניאו ואיי אינדונזיה. במהלך המאות התפתחה בשרשרת האיים הזו גם שפה ייחודית, המשמשת את תושבי הפיליפינים עד היום - טאגלוג.
במאה ה-14 הביאו סוחרים ערבים את האיסלאם לאיים הדרומיים של הפיליפינים ובשנת 1521 "גילה" פרדיננד מאגלן את האיים. 20 שנה מאוחר יותר תבע בעלות עליהם בעלות ספרדי אחר וכינה אותם על שם הנסיך העולל פיליפ השני. בשנת 1564 כבש את האיים מיגל לופס דה לגאספי, שגם ייסד בשנת 1571 את העיר מנילה.
הספרדים שלטו במרבית הפיליפינים קצת יותר מ-300 שנה. במהלך הזמן הזה הם הצליחו להשניא את עצמם על המקומיים, עד שבשנת 1896 פרץ מרד בראשות אמיליו אגינאלדו. המורדים זכו למספר נצחונות, וייתכן שאף היו מצליחים להגשים את יעדם, אבל בשנת 1898 פרצה מלחמה בין ארה"ב לספרד.
הצי האמריקאי נכנס למפרץ מנילה ועודד את הכוחות הפיליפיניים להמשיך במרד. הפיליפינים, שבשלב זה כבר שלטו בכל האי לוזון למעט מנילה עצמה, עליה הטילו מצור, הכריזו על עצמאות ואימצו את החוקה הדמוקרטית הראשונה באסיה. תקוותיהם נכזבו כשהספרדים נכנעו לאמריקאים ומסרו לידיהם את הפיליפינים כולל האי מינדנאו ואיי סולו, על אף שהאיים הללו לא היו בריבונותה של ספרד. האיים הללו, אליהם נחזור בהמשך, הם מוסלמיים ברובם.
הפיליפינים לא התבלבלו, וב-1899 פתחו במרד נגד בעלי הברית האמריקאים, שהפכו לכובשים החדשים. יותר משנתיים נדרשו לאמריקאים כדי לדכא את המרד הזה, שגבה הרבה יותר קרבנות ועלה הרבה יותר כסף מאשר המלחמה נגד ספרד. לאחר הכנעת המרד של אגינאלדו המשיכו האמריקאים לנצל את הפיליפינים, והפכו את הארץ לתלויה לחלוטין בשוק האמריקאי ואף הצליחו במקום שבו נכשלו הספרדים והפכו את החלק הדרומי של הפיליפינים מינדנאו ואיי סולו לחלק מהפיליפינים. תושבי הדרום המוסלמים, שכונו "מורו" על ידי הספרדים ותושבי הפיליפינים הנוצרים, ראו עצמם כישות פוליטית נפרדת ושאפו להמשיך לקיים עצמאות, אבל האינטרסים הכלכליים של האמריקאים גברו. במקביל לאימפריאליזם טיפחו האמריקאים ממשל עצמי והקימו באיים בית מחוקקים בעל סמכויות מוגבלות. עם פרוץ השפל הכלכלי בסוף שנות העשרים והאימפריאליזם היפני באוקיאנוס השקט, גברו בארה"ב הקריאות להסתלק מהפיליפינים. ב-1935 הוקמה הקהיליה (Commonwealth) של הפיליפינים, כשמטרתה המוצהרת היא עצמאות מוחלטת.
במלחמת העולם השנייה הותקפו הפיליפינים על ידי יפן במקביל להתקפה על פרל הרבור. מנילה נכנעה בשניים בינואר 1942 והגנרל האמריקאי דאגלס מקארתור, ששימש כמפקד הכוחות המזוינים בפיליפינים, השמיע את הצהרתו המפורסמת: "אני עוד אשוב". היפנים ניסו לעורר בפיליפינים נאמנות, אבל שלטונם האכזרי חיבל במטרה זו. בפברואר 1945 שוחררה מנילה מהשלטון היפני וביולי אותה השנה הוכנעו אחרוני הכוחות היפניים בפני מקארתור, שאכן שב. בארבעה ביולי (התאריך אינו מקרי) 1946, הוכרזה עצמאות הפיליפינים.
תקופת המרקוסים
19 שנים מאוחר יותר נבחר כנשיא פרדיננד מרקוס, ובתקופתו החריפו המתחים במדינה עד מאד. באי לוזון הצפוני פרץ מרד קומוניסטי במחאה על המחסור באדמות (שהיו בבעלות תאגידים גדולים ושכבה מצומצמת של עשירים מקומיים), ובמקביל פרץ במינדנאו מרד מוסלמי שמטרתו היתה הקמת מדינה עצמאית למורו. כשהאפיפיור פאולוס השישי ביקר במדינה, ניסה צייר קומוניסט מבוליביה להתנקש בחייו. הנשיא מרקוס הכריז על משטר צבאי ופתח במערכה נגד המורדים. בתחילת שנות ה-70' הוקמה החזית הלאומית לשחרור המורו (MNLF) ובמלחמה בינם לשלטון המרכזי נהרגו כמה אלפי בני אדם ונשרפו מאות כפרים תוך שנים ספורות.
בשנת 1976 נחתם הסכם שלום בין המורדים לממשלה במנילה, אולם הוא לא החזיק מעמד. בעקבות הסכם השלום הזה התפלגה ה-MNLF והוקם גוף קיצוני עוד יותר, שכינה את עצמו "החזית האיסלאמית לשחרור המורו" (MILF).
במהלך שנות ה-70' גברה מאד השחיתות במדינה, וכך גם השפעתה של רעיית הנשיא, אימלדה מרקוס, שנודעה בתאוותה הבלתי מרוסנת לנעליים (על פי השמועות, החזיקה הגברת בארון למעלה מ-3,000 זוגות). בשנת 1981 הכריז מרקוס על תום השלטון הצבאי, אולם המשיך לדכא את האופוזיציה ביד חזקה ולשלוט כרודן.
בשנת 1983 נרצח מועמד האופוזיציה לנשיאות, בנינו אקינו. הרצח הצית גל עצום של התנגדות לשלטון מרקוס, ורעייתו של מנהיג האופוזיציה הנרצח, קוראזון אקינו, התייצבה בראש התנועה להדחת הרודן. בשנים אלה התמזגה פעילותם של הארגונים המוסלמיים בתנועה הכללית להדחת מרקוס. לאחר הבחירות ב-1986 הכריזו גם מרקוס וגם אקינו על עצמם כמנצחים, ובתום עימות קצר התברר למרקוס שאבדה לו תמיכת הצבא, כמו גם תמיכתה של ארה"ב. מרקוס נאלץ להימלט מהמדינה, והגיעה לארה"ב שם ביקש מקלט מדיני. קוראזון אקינו הפכה לנשיאה.
תקופת אקינו
ממשלתה של אקינו נאלצה להתמודד עם בעיות כלכליות חמורות ועם רגשות אנטי-אמריקאיים גואים, עד שדרשה מארה"ב לפנות את בסיסיה במדינה, והאחרון שבהם אכן פונה בשנת 1992. עם נפילתו של מרקוס חידשו המורו את מאבקם הלאומי, וב-1990 הסכימה אקינו להקים במינדנאו ובאיי הדרום ישות אוטונומית למחצה. בשנת 1996 נחתם הסכם שלום בין הממשלה ל-MILF והוקם "האזור האוטונומי במינדנאו המוסלמית". אולם הסכם זה לא הביא לרווחה מוגברת, ורגשות האיבה כלפי השלטון המרכזי במנילה גאו.
בשנת 2001 הוביל אחד ממנהיגי ה-MNLF מרד נגד השלטון המרכזי בפיליפינים, אולם הוא הובס ונכלא. במקביל נחתם הסכם שלום עם ה-MILF, אך כעבור שנה פתח הצבא הפיליפיני בהתקפה על הארגון, בטענה שהוא מעניק חסות לכנופיית ה"פנטגון", שנחשבת לאחראית למכת החטיפות שפשתה במדינה מאז סוף שנות ה-90'. הארגון גם הואשם באחריות לפיגוע בשדה התעופה בעיאר דבאו, בו נהרגו 21 בני אדם ובקשרים עם רשת הטרור ג'מעה איסלאמיה. ה- MILF מכחיש את כל הטענות הללו ומצהיר שמדיניותו היא להגביל את התקפותיו ליעדים צבאיים.
בפיליפינים קיים ארגון בעל קשרים הדוקים לג'מעה איסלאמיה והוא ארגון אבו סייף, והוא התפלג מה-MNLF בשנת 1991, תחת הנהגת עבד אל-ראזק אבו באקר ג'נג'לאני, כשמטרתו המוצהרת היא להקים מדינת הלכה איסלאמית במינדנאו ואיי דרום-הפיליפינים. לאחר מותו בהתנגשות עם המשטרה ב-1998 ירש את ההנהגה אחיו, קדאפי ג'נג'לאני. הארגון עוסק בעיקר בחטיפה, ובשנת 2002 נהרגו שני בני ערובה, אחד מהם אמריקאי, במהלך ניסיון חילוץ כושל. בפברואר 2004 ביצע הארגון פיגוע במעבורת שגבה את חייהם של יותר מ-100 בני אדם. כוחות אמריקאיים שוגרו לסייע לצבא הפיליפיני במאבק בארגון, אולם הם מוגבלים לתפקידי סיוע, היות שהחוקה הפיליפינית אוסרת על כוחות זרים להשתתף בלחימה בתחומי האי. מאז ממשיך הארגון בחטיפות, המניבות לו הכנסה קבועה וניכרת, ובפיגועי נפץ. על פי ההערכות מונה הארגון 500 חברים בלבד במה שמכונה "הגרעין הקשה", ואינו נהנה מתמיכה משמעותית ברחבי הפיליפינים, אולם תושבים באי ג'ולו מסייעים לחברי הארגון ומספקים להם מחסה תמורת נתח מהכנסות הכופר.
לאחרונה נעורה תקווה להגברת השלום בפיליפינים, לאחר שארגון ה-MILF הסכים לחזור לשולחן המו"מ, כדי למסד את הפסקת האש הקיימת בינו לשלטון במנילה מאז 2003. במקביל הציע הארגון לסייע לרשויות נגד החוטפים. המחלוקות של השלטון במנילה עם המוסלמים המתונים יכולות בהחלט להיפתר בדרכי שלום. הסכסוך עם ארגון דמוי אל-קאעדה כמו אבו סייף, לעומת זאת, נדון ככל הנראה להימשך עד כניעתם המוחלטת של הטרוריסטים.