אם לא די במצב מפלס המים העגום של הכנרת, מתברר שסיכויי האגם לשמור על איכות מים סבירה, עגומים לא פחות. החברה להגנת הטבע מפרסמת בימים אלו דו"ח מקיף על אודות מקורות הזיהום באגן ההיקוות של הכנרת, המציג תמונה קשה של סדרת זיהומים מסוגים וממקורות שונים. רבים מהזיהומים אינם מטופלים כיאות, וחלקם אינם זוכים לטיפול כלל. לאור העובדה שאוכלוסיית האיזור גדלה בהתמדה, צופה הדו"ח כי המצב יחריף בשנים הקרובות.
בין היתר מצביע הדו"ח על מתקני טיפול בשפכים הנמצאים במצב ירוד, על רפתות המייצרות כמויות שפכים גדולות שאינן מטופלות, על מאגרי מי קולחין שאינם עומדים בעומס וגולשים לעבר הכנרת, ועל יישובים באיזור אגן ההיקוות להם אין מערכות ביוב מוסדרות. לחלק ניכר מן הבעיות פתרונות זמינים, שאינם זוכים למימוש: בעיקרו של דבר מדובר בתכנון מוקדם שלעתים קרובות אינו מתבצע בידי הרשויות בסביבה, וכמובן היעדר תקציב.
אחת התשובות העומדות על הפרק, היא הקמת מתקן סינון מרכזי למי הכנרת, סמוך למאגרי אשכול שבבקעת בית נטופה. במאגרים האלה מתבצע הטיפול המרכזי באיכות המים כדי להופכם למי שתיה לפני כניסתם למוביל הארצי המוביל אותם למרכז הארץ ולדרומה. המתקן יסנן 1.7 מליון קוב מים ליום, ואמור להבטיח הספקת מים בתקנים בינלאומיים. ההשקעה: מאה מיליון דולר. תאריך היעד להתחלת פעילות המתקן: אמצע שנת 2004. עד אז מומלץ, כנראה, להסתפק במים מינרלים.
מקורות הזיהום
בין מקורות הזיהום בהם דן הדו"ח בהרחבה: מתקן הטיפול בשפכי חצור, ראש פינה והאיזור (אגן נחל ראש פינה) נמצא במצב ירוד, בעוד כמות השפכים הביתיים והתעשייתיים של האיזור גדלה בהתמדה. התוצאה: מים באיכות לא טובה גולשים לירדן ההררי ומוזרמים לכנרת.
באזור נחל אל על שברמת הגולן, גולשים מי קולחין באיכות ירודה לערוץ הירדן ההררי בעונת החורף, כתוצאה משימוש חקלאי מועט במי מאגר מי הקולחין, ונפח מצומצם של בריכת האיגום.
באזור הגליל המזרחי מצויות רפתות רבות השייכות למושבי וקיבוצי הסביבה. אלה מהוות פוטנציאל זיהום גבוה, המממש את עצמו מעת לעת ומזרים שפכים גולמיים דרך אגן ארבל ונחל רקת אל עבר הכנרת. בחלק מהישובים קיימים מתקני טיפול בשפכים, אך אלה מעטים וקטנים מכדי לספק את הסחורה.
באזור צפון מזרח הכנרת מנוקזים השפכים למאגר נס (ליד קצרין), למאגר חד נס (ליד פארק הירדן), ולמאגר רמות. שלושת המאגרים קטנים מדי, ואינם עומדים בעומס השפכים. התוצאה: המים המעופשים גולשים לעתים קרובות לכנרת, בעודם מזרימים כמויות גדולות של ביוב לא מטופל, או מטופל חלקית - ישירות לכנרת.
באזור צפון מערב הכנרת נמצאים 15 ישובים עם אוכלוסיה כוללת של 20 אלף תושבים, הצפויה לגדול לכ-55 אלף נפש בשנת 2010. ברוב היישובים האלה אין מערכות ביוב מוסדרות, וסילוק השפכים שלהם נשען על מערכות ישנות שלא תוכננו לספק מענה לאוכלוסיה הקיימת באזור.