הפלסטינים ביצעו מאות קידוחי מים ללא היתר באזור צפון הגדה, שממנו מתכוונת ישראל לסגת במסגרת תוכנית ההתנתקות. בישראל מודאגים, שלאחר הנסיגה מהאזור, הבעיה תחריף. אם קידוחים אלה לא יופסקו, כפי שהתחייבה הרשות הפלסטינית בהסכם הביניים עם ישראל, ייפגע האקוויפר הצפון-מזרחי, המספק מים ליישובי עמק יזרעאל, הגלבוע ועמק בית שאן.
ההערכה במערכת הביטחון היא, שאחרי שישראל תיסוג מהאזור תוגבר שאיבת המים באזור על ידי הפלסטינים, והם יעמיקו את קידוחיהם בעזרת מכונות קידוח - שכיום הם נמנעים מלהפעילן. מאות הקידוחים נעשו בניגוד להסכם המים בין ישראל לרשות הפלסטינית, המחייב את כל מי שמבקש לקדוח באר חדשה, לפנות לוועדה משותפת ישראלית-פלסטינית ולקבל היתר לקידוח.
בתחילת האינתיפאדה היו באזור 17 קידוחים ללא רישיון, והיתה הסכמה בין הרשות לישראל כי בארות אלה ייסתמו - אך הדבר לא בוצע. בשנים מאז נוספו באזור ג'נין מאות קידוחי בארות ללא אישור. גם ישראל לא נקטה כל פעולה נגד קידוחים אלה.
ישראל תיאלץ להפעיל סנקציות
ההערכה של נציבות המים היא כי מדובר ב-150 עד 260 קידוחים לא מורשים. אגף התכנון במטכ"ל מעריך כי מדובר בכ-200 עד 300 קידוחים ללא רישיון. קידוחים אלה שואבים מימיהם מהאקוויפר הצפון-מזרחי של ישראל, הנחשב לחיוני ביותר. ראשי אגודת המים חרוד, המאגדת את יישובי האזור, אומרים ששאיבה מוגברת מהאקוויפר על ידי הפלסטינים תשפיע על יישובי העמק ועל החקלאות והתעשיות שם. מומחי מים ישראלים אומרים, שעלול להיווצר מצב שבו היישובים הישראלים בעמק לא יוכלו לגדל גידולים חקלאיים.
הבעיה הוצגה בפני ראש הממשלה, אריאל שרון. בדיונים שנערכו במשרד הביטחון אצל השר שאול מופז, הועלתה האפשרות שעל ישראל יהיה להפעיל סנקציות כדי למנוע את המשך הקידוחים מהאקוויפר הצפון-מזרחי. במסגרת הסכם המים מספקת ישראל מים לעיר רמאללה ומים בכמות גדולה יחסית לרצועת עזה. הנושא הובא גם לדיון גם בפני משפטנים המומחים לחוק בינלאומי.
אם ההתנתקות הישראלית מרצועת עזה ומצפון השומרון תיעשה כולה בדרך חד-צדדית, כפי שתיכנן שרון בתחילה, עלולה ישראל להזדקק להפעלת כוח כדי למנוע את הקידוחים. לעומת זאת, אם אכן יאשר שרון תיאום בנושאים שונים עם הפלסטינים לקראת ההתנתקות - יכול הדבר לשמש כנושא מרכזי בדיון בין הצדדים. ישראל תצפה במקרה כזה, שפעולות האכיפה למניעת הקידוחים הפרועים ייעשו על ידי הרשות.