רפאל איתן נולד בשנת 1929 בתל עדשים, בן זקונים לאליהו קמינסקי, ממייסדי ארגון השומר. בשנת 1944, כשהיה בן 16, הצטרף רפאל איתן לפלמ"ח, ובמלחמת העצמאות שימש כסמל מחלקה בחטיבת הראל שהשתתפה בקרבות לשחרור ירושלים. את המלחמה הוא סיים כסגן מפקד פלוגה בדרגת סגן, למרות שלא עבר קורס קצינים.
לאחר המלחמה הוא חזר לעבוד בחקלאות בתל עדשים עד לשנת 1951, אז שב לצבא. לאחר החזרה למושב התחתן רפול עם אשתו הראשונה, מרים, ולזוג נולדו חמישה ילדים. בנו יוחנן מת בגיל 10 בהתקף קוצר נשימה, ובנו יורם נהרג כטייס בתאונת אימונים, בן 26.
ב-1955, כסרן, פיקד רפול על פשיטת עומק ראשונה מסוגה בסיני, על משטרת כונתילה. בהסתערות יחיד דרך מצוק תלול חיסל רפול עמדת ירי שבלמה את התקדמות הכוח, פעולה שזיכתה אותו בעיטור העוז ב-1973. במבצע קדש, 1956, שנה לאחר שנפצע בפעולת כנרת נגד הסורים, פיקד על גדוד 890 של הצנחנים. הגדוד ביצע את הצניחה הקרבית היחידה בתולדות צה"ל במעבר המיתלה בסיני.
ב-1964 מונה רפול למפקד הצנחנים ובמלחמת ששת הימים, שלוש שנים לאחר מכן, נפצע קשה בראשו אך החלים. ב-1969, עם פרוץ מלחמת ההתשה, מונה איתן לקצין צנחנים ורגלים ראשי. במלחמת יום הכיפורים פיקד איתן, שהיה תת אלוף, על אוגדה בחזית הסורית. לאחר המלחמה הוא הועלה בדרגה ומונה לאלוף פיקוד צפון.
ב-1978 מינה שר הביטחון דאז, עזר ויצמן, את איתן לרמטכ"ל ה-11, כמחליפו של מוטה גור. איתן פעל להגביר את המשמעת בצבא, והפעולה הזכורה לו מכל במסגרת זאת היתה ההוראה על חבישת כומתות. במקביל הקים איתם מפקדה לטיפול בחיילים בעלי נתונים נמוכים, הנקראים עד היום "נערי רפול". ב-1981, בעודו רמטכ"ל, נהרג בנו יורם, טייס בחיל האוויר, בתאונת אימונים.
הטבח בהסברה ושתילה הטיל כתם
ביוני 1982 החלה מלחמת שלום הגליל ושלושה חודשים לאחר מכן אירע הטבח בסברה ושתילה שהוביל למחאה ציבורית גדולה בישראל. ועדת כהן שחקרה את האירועים הגיעה למסקנות קשות נגד איתן, שלא מנע את הטבח, אך לא המליצה על צעדים מעשיים נגדו מכיוון ששירותו היה קרוב לסיום בכל מקרה. למרות שלא ננקטו נגדו צעדים ממשיים, היוו הטבח ומסקנות כהן נקודה שחורה בדימויו הציבורי של איתן.
ב-1983 השתחרר איתן מצה"ל, והחל בקריירה פוליטית. הוא הקים את תנועת צומת, אז כעמותה, כאשר רוב אנשיה היו אז חברי "התחייה" שפעלו נגד הנסיגה מסיני. ב-1984 נבחר איתן לכנסת במסגרת "התחיה-צומת", וב-1988 התמודדה צומת באופן עצמאי וזכתה בשני מנדטים. ב-1990 הצטרפה צומת לקואליציה בראשות יצחק שמיר ואיתן מונה לשר החקלאות. ב-1991 התפטר רפול במחאה על התנגדותו של שמיר להביא את החוק לבחירה ישירה של ראש ממשלה להצבעה בכנסת.
בבחירות 1992 זכתה צומת ב-8 מנדטים על רקע הבטחותיה למלחמה בכפיה דתית ולסיוע לחיילים משוחררים. ההצלחה היתה הפתעה גדולה במערכת הפוליטית, אך איתן בחר שלא להיכנס לקואליציה בראשות יצחק רבין. במהלך הקדנציה חלו פילוגים ב"צומת" וחלק מחברי המפלגה הקימו סיעות עצמאיות ותמכו בהסכם אוסלו בניגוד לדעת איתן.
בבחירות 1996 התמודדה צומת ברשימה משותפת עם הליכוד וגשר. איתן מונה לשר החקלאות ואיכות הסביבה ולסגן ראש הממשלה בנימין נתניהו. בשנת 1999 צומת לא עברה את אחוז החסימה, ואיתן פרש מהפוליטיקה.
בשנת 2003 התמנה איתן להיות המתאם הלוגיסטי של חברת אשטרום, שמבצעת עבודות שיפוץ של שובר הגלים בנמל היובל, לשם הגיע בכל בוקר מביתו שבשכונת בית הכרם בירושלים, אליו עבר עם אשתו עפרה מאירסון לפני שבע שנים. במקצועו הוא רשום כחקלאי, נגר וטייס.