מחלוקת התפתחה בימים האחרונים בין צה"ל לראש הממשלה, אריאל שרון, סביב תוכניתו ל"צעדים חד צדדיים" מול הפלסטינים, ובשאלת היחס לראש הממשלה הפלסטיני, אבו עלא. הרמטכ"ל, רב אלוף משה יעלון, הביע בשיחות סגורות הסתייגות מההצעות לפינוי נצרים, ואמר שהוא דבק בעמדתו, כי פינוי חד צדדי של התנחלויות יהיה "רוח גבית לטרור". יעלון יתמוך בפינוי יישובים רק כחלק מהסדר רחב יותר.
לדעת הרמטכ"ל, ישראל צריכה לשאוף ל"הפיכה פנימית שקטה" ברשות הפלסטינית, שאותה יובילו מקורביו של היו"ר, יאסר ערפאת. יעלון סבור שזו הדרך להסדר, ומציע שישראל תעודד את המנהיגים החלופיים ותנהג בזהירות. צה"ל מעוניין לתת סיכוי להתקדמות עם ממשלת אבו עלא, ומציע לדרג המדיני לצאת מערי הגדה ולהסיר מחסומים, כדי להקל על המצוקה ההומניטרית. לדעת יעלון, כדאי לצאת קודם מערים שקטות, וכך לתגמל אותן וגם להמחיש את הפגיעה במקומות בעייתיים יותר. ראש השב"כ, אבי דיכטר, הזהיר שאין לצאת מהערים קודם שיהיה גורם פלסטיני שיקח על עצמו את האחריות הביטחונית.
צה"ל אינו דורש מהרשות להכריז על מלחמה בטרור, ומוכן שתפעל נגדו בכיסוי של השלטת סדר בשטחים ומאבק ב"פאודה" (אנרכיה). החשש העיקרי של יעלון ושל שר הביטחון, שאול מופז, הוא מניצול לרעה של הפסקת אש להתעצמות וצבירת כוח של ארגוני הטרור.
שרון מציג תכנית דו שלבית הצפויה מראש לכישלון
מנגד, בלשכת ראש הממשלה ובמערכת הביטחון יש הערכה נמוכה לסיכויי ההצלחה של "מהלך אבו עלא" ליישום מפת הדרכים. העמדה הרשמית גורסת, שישראל מעוניינת בהצלחת התוכנית ולכן תסכים ללכת רחוק יותר לקראת אבו עלא בהשוואה לקודמו, אבו מאזן. במקביל מגבש שרון את תוכניתו לצעדים חד צדדיים, מתוך הערכה שאבו עלא אינו מעוניין להתקדם, אלא לעורר לחץ פנימי ובינלאומי על ישראל, שיביא להחלפת מפת הדרכים בתוכנית נוחה יותר לפלסטינים.
שרון מציג תוכנית דו-שלבית: בתחילה תפנה ישראל מאחזים ותציע מחוות לפלסטינים כצעדים בוני אמון ליישום מפת הדרכים. אם תהיה התקדמות, יישקל פינוי סמלי של התנחלויות עוד לפני שלב הקבע. אחרי קריסתה הצפויה של התוכנית, יחתור שרון להבנה עם ארה"ב על פתרון חד צדדי, שבו תאיץ ישראל את בניית הגדר המזרחית, תפנה התנחלויות מבודדות לגושי יישובים ("שינוי היערכות"), ותקבע גבול חד-צדדי שיותיר לפלסטינים פחות ממחצית הגדה המערבית.
מופז מתנגד לפינוי חד-צדדי של התנחלויות, אך עשוי לתמוך במהלך רחב יותר של קביעת גבול משיקולי ביטחון, שיכלול גם שינויים בפריסת ההתיישבות. מופז סבור שעל ישראל לזהות את האינטרסים החיוניים שלה, ולהתפשר במקרה הצורך על אזורים אחרים, אבל לא תחת לחץ או טרור.