בשנת 1992 מונה בן-אליעזר לשר הבינוי והשיכון בממשלת רבין, ונשאר בתפקיד זה עד בחירות 1996. בתפקידו זה ניהל את תנופת הבניה שיזמה הממשלה, בה ניבנו מחלפים, כבישים ושוקמו שכונות רבות.
לאחר כינון ממשלת נתניהו מונה לחבר בוועדת חוץ ובטחון.
ביולי 1999 מונה לשר התקשורת בממשלת ברק וסגן ראש הממשלה. בתפקידו זה פעל לפתיחת שוק התקשורת לתחרות: ביטל את המונופול של בזק בתחום הטלפוניה הפנים-ארצית, עודד הפעלת ערוץ טלויזיה שלישי, ופעל להכנסת האינטרנט המהיר לישראל.
באוקטובר 2000 מונה לשר הבינוי והשיכון במקום יצחק לוי מהמפד"ל, שפרשה מהממשלה.
בממשלה
3.3.2001 / 18:53