חודש לאחר רצח הרב המקובל עמוס גואטה, בן 75, בנתניה, חלה התפתחות דרמטית בחקירת הפרשה. לוואלה נודע לראשונה כי החשוד, בן 36, הודה בפני חוקרי ימ"ר שרון ברצח הרב, ואמר במהלך חקירתו: "הוא משיח שקר". בעקבות ההתפתחות צפויה פרקליטות מחוז מרכז להגיש נגדו הבוקר (חמישי) כתב אישום בגין רצח בנסיבות מחמירות.
במהלך החקירה ניסה החשוד להטעות את החוקרים כשהציג עצמו כמי שאינו מסוגל לדבר ושמר על שתיקה. אלא שבאחד מתרגילי החקירה שערכו חוקרי ימ"ר שרון הוא נשמע מדבר, לאחר שביקש לשתות קולה במקום מים. בהמשך המשיכו החוקרים לעמת אותו עם הראיות שנאספו, וכעת ניתן לפרסם לראשונה כי לוואלה נודע שהחשוד הודה ברצח והסביר את מניעיו במילים: "הוא משיח שקר".
בתאריך 1 ביולי, בשעה 05:44, התקבל דיווח במוקד 100 של המשטרה על דקירתו של הרב עמוס גואטה בביתו בנתניה. בתוך דקות הגיעו לזירה כוחות משטרה רבים, פתחו בחקירה והחלו במצוד אחר החשוד. צוותי מד"א פינו את הרב לבית החולים לניאדו, שם נאלצו הרופאים לקבוע את מותו.
מפקד מחוז מרכז, ניצב אמיר כהן, קיים הערכת מצב בזירה והטיל את החקירה על ימ"ר שרון, שניהלה חקירה אינטנסיבית ומורכבת תוך שימוש במגוון אמצעים חקירתיים, איסוף ממצאים פורנזיים, גביית עדויות וביצוע תרגילי חקירה.
מממצאי החקירה עלה כי החשוד הגיע בשעות הבוקר המוקדמות לביתו של הרב באמתלה של תפילה. לאחר שקיבל אישור להיכנס לחדרו, שם שכב הרב לאחר שסיים את תפילתו, שלף סכין ודקר אותו ארבע פעמים בעודו במיטתו. עוזרו של הרב, שניסה להשתלט על החשוד, נפצע באורח קל בידו במהלך המאבק.
מיד לאחר הרצח נמלט החשוד מהמקום. בתום מצוד מהיר שניהלו בלשי תחנת נתניה וחוקרי ימ"ר שרון הוא אותר ונעצר. הסכין שעל פי החשד שימשה לביצוע הרצח נתפסה בזירת האירוע.
בתחילת החקירה העריכו גורמי החקירה כי ייתכן שהחשוד מעורער בנפשו. אולם במסגרת ההליך הוא נשלח לבדיקה פסיכיאטרית, שבסיומה נקבע כי הוא כשיר לעמוד לדין.
רצח הרב גואטה זעזע את בני קהילתו ואת ציבור תלמידיו, במיוחד בקרב בני הקהילה הלובית והחוזרים בתשובה, שראו בו דמות רוחנית מרכזית. כעת, לאחר שהחקירה הסתיימה, הראיות גובשו והחשוד הודה במעשה, צפויה הפרשה לעבור משלב החקירה אל הדיונים בבית המשפט, עם הגשת כתב האישום נגדו.
מפקד מחוז מרכז, ניצב אמיר כהן מסר: "כתב האישום שמוגש היום, לאחר חקירת רצח מורכבת, הם ביטוי ליכולות המקצועיות של חוקרי ימ"ר שרון, שפעלו בנחישות, ביצירתיות ובמקצועיות עד לפענוח התיקים וגיבוש תשתית ראייתית משמעותית. ההישגים הללו הם תוצאה של מדיניות ברורה של השר לביטחון לאומי והמפכ"ל לחיזוק המשטרה, לצד השקעה משמעותית במחוז מרכז בכוח אדם איכותי, באמצעים מתקדמים וביכולות מבצעיות. נמשיך לפעול בנחישות, בהתאם למדיניות זו, להגיע לכל רוצח, לפענח כל תיק ולהביא את העבריינים לדין, למען ביטחון הציבור".