"פצצת האטום הוטלה - האוויר נתעכר. עתה עמוד של עשן בגובה של 50 אלף רגל מתנשא על פני המים. השפעתה מעט פחות מזו או דומה לזו של הפצצה שהוטלה על נגסאקי", דיווחו העיתונים בארץ ישראל בתחילת חודש יולי 1946. אך בזמן שהמדענים האמריקאים הרכיבו משקפיים כהים מפני קרינת הניסוי ההרסני באי ביקיני, את היישוב היהודי בארץ ישראל הסעירה סערה אדירה שהתחוללה בתוך ביתו. מאז יום שבת בבוקר, ה-29 ביוני, יצא שלטון המנדט הבריטי בארץ ישראל לפשיטה חסרת תקדים על היישוב היהודי. "השבת השחורה", כך יוגדר אותו יום קשה מנשוא.
בשעה 3:30 לפנות בוקר של יום שבת, 29 ביוני, הוטל עוצר מוחלט על שלוש הערים הגדולות, והצבא הבריטי פשט בכוחות עצומים על עשרות יישובים, ערים ומשרדי הסוכנות היהודית. כ-17,000 חיילים ושוטרים חסמו את הדרכים הבינעירוניות באמצעות טנקים וגדרות תיל. בשעה 4:15 כיתר כוח בריטי את ביתו של הרב יהודה לייב פישמן בירושלים. בשל קדושת השבת סירב הרב לעלות לרכב וביקש לצעוד ברגל לתחנת המעצר, אך השוטרים הושיבו אותו בכוח על כיסאו, הניפו אותו ונשאו אותו למכונית צבאית. הוא הועבר יחד עם משה שרת, דב יוסף ודוד רמז למחנה המעצר בלטרון, שם פתח הרב בשביתת רעב שעוררה דאגה חמורה ותסיסה בקרב הציבור.
מוקד החורבן וההרס התרכז בקיבוץ יגור, שבו נמשכו הסריקות הצבאיות שלושה ימים ברציפות. עיתון "על המשמר" דיווח בכותרתו הראשית: "משק יגור הולך ונחרב - זה שלושה ימים הורסים משק שיתופי בארץ-ישראל". הצבא הבריטי פוצץ את רצפת חדר האוכל של הקיבוץ, הרס לחלוטין את מערכת המים המרכזית, ואסר על הכנסת מצרכי מזון בסיסיים או אספקה למשק החי הנצור. עיתון "הארץ" הגדיר את הפעולה תחת הכותרת "חורבן יגור", ובעיתון "דבר" נכתב: "הם יודעים יפה מאד מה הם עושים בהרסם את יגור, בהחריבם מקדש מעט זה של רוח האדם החופשית והיוצרת אשר הקים האדם היהודי בארץ ישראל". במהלך החיפושים האלימים נחשפו ביגור 15 מחבואי נשק (סליקים) תת-קרקעיים עצומים, שהכילו רובים, אלפי כדורים, מאות רימונים וחומרי חבלה של נשק המגן העברי.
הרקע לפשיטה המסיבית הזו היה תסכול עמוק ומבעבע שחצה את היישוב העברי כולו. אלפים רבים של פליטים יהודים, אודים מוצלים מאש השואה, ביקשו למצוא מקלט, אך נתקלו בחומות האטימות של גזירות "הספר הלבן". רק ימים ספורים קודם לכן נתפסה אניית המעפילים "יאשיהו וודג'ווד" על 1,257 נוסעיה על ידי משחתות בריטיות. ניסיונות היישוב להבקיע את חומות האטימות הללו הובילו את תנועת המרי העברי לפוצץ 11 גשרים המחברים את הארץ לשכנותיה ולפגוע ברשת הרכבות, במה שמוכר כ"ליל הגשרים".
בעוד השלטונות הבריטיים ממהרים להצהיר באופן רשמי כי "לא אירעו התנגשויות רציניות ולא השתמשו בנשק חם", המציאות בשטח מדממת. המבצע גבה קורבנות בנפש: בקיבוץ תל יוסף נרצח חיים חרודי, לוחם פלמ"ח בן 23 וחבר ב"חוליה היבשתית" שעסקה בהברחת עולים בגבול הצפון (ואף ישב בעבר בכלא בדמשק בשל פעילות זו). חרודי רץ בין הרפתות והמבנים כדי להפציר בחברים להמשיך בעבודתם ולא לעזוב את משמרתם בשל כניסת הצבא, אך חייל בריטי ירה בגבו והרג אותו במקום.
לקראת ערב הגיעה אל שערי תל יוסף הנצורה משאית ובה 40 חברי קיבוץ תל עמל (ניר דוד) כדי להושיט עזרה. השוטרים עצרו את המשאית, והנוסעים פנו רגלית דרך השדות בעוד שני חברים נותרו לשמור על הרכב: טוביה ארטל, בן 35, ששוחרר שנה קודם לכן מהבריגדה היהודית בצבא הבריטי, ויעקב גלזר, נהג המשאית. משוריין בריטי שהתקרב למקום ירה בהם צרורות כדורים; ארטל נורה בראשו ומת במקום, וגלזר נפגע במותניו וברגליו ומת בדרך לבית החולים בעפולה, כשהוא מותיר אישה, ילדה בת שלוש ותינוק בן מספר שבועות.
באותן שעות הוטל עוצר גם בתל אביב. אליעזר מליחי, בן 24, ישב על מפתן מכולת בשכונת מגוריו ושיחח עם חבריו. שלושה חיילים בריטים מהדיוויזיה המוטסת ("הכלניות") ארבו מאחורי חומה, ואחד מהם ירה במליחי בצווארו. כשאנשים ניסו לגשת אליו כדי לסייע, המטירו החיילים אש נוספת ונמלטו. מליחי מת מפצעיו בבית החולים "הדסה".
על עוצמת הפשיטה של הכוחות הבריטיים ניתן ללמוד מן המתואר ביומן קיבוץ אפיקים שבעמק הירדן. ביומן מתואר כיצד כ-1,000 שוטרים וחיילים מהמשמר הוולשי פרצו את השער, הקימו מכלאה וחילקו את המשק לארבעה אזורים מבודדים. בהתאם להנחיות הנהגת היישוב, הפגינו החברים התנגדות פסיבית ושכבו על האדמה בשרשראות אנושיות, אך החיילים השתמשו באגרופים, בקתות רובים ובמקלות, וגררו אותם על הקרקע בשערותיהם וברגליהם אל המכלאה. קלרה ליפמן, בת 42, נגררה על ידי ארבעה חיילים אל הג'יפ, וצבי ברנר, חייל משוחרר מהבריגדה היהודית שנפצע קשה ברגלו בקרבות באיטליה, אולץ לנוע על קביו מחוץ לתחומי המשק אל המכלאה. שני נערים בני 15, יוסף ויזנפלד ואברהם גוטליב, הוכו עד שאיבדו את הכרתם.
באפיקים שהתה באותה עת קבוצת הכשרה של 70 צעירים ניצולי שואה, חברי "קיבוץ בוכנוואלד", שנשאו על זרועותיהם את המספרים שקועקעו במחנות. עיתון "על המשמר" דיווח כי הצעירים, שטרם קהה אצלם זיכרון הזוועות שחוו תחת המשטר הנאצי, גילו התנגדות פיזית למעצר. חיילים בריטים היכו אותם וגררו אותם אל מחוץ למשק, וחלק מהחיילים אף צעקו לעברם "הייל היטלר", בעוד אנשי הקיבוץ משיבים להם בצעקות "פשיסטים".
בסיומו של גל המעצרים נספרו כ-2,500 עד 2,700 עצורים שהועברו למחנות המעצר ברפיח ובלטרון. המכונות במשקים הושבתו, ובקיבוצים נותרו בעיקר נשים וילדים. למכה הקשה הזו היו השלכות עמוקות על המשך הדרך: היא עוררה ויכוח פנימי נוקב בהנהגה הציונית בנוגע ליעילותו של המאבק הצבאי הגלוי נגד בריטניה, והביאה להקפאה זמנית של הפעולות. אולם שלושה שבועות לאחר מכן, ב-22 ביולי 1946, פוצצו פעילי האצ"ל את מלון "המלך דוד" בירושלים - מקום מושבם של המזכירות האזרחית והמפקדה הצבאית הבריטית. קריסת אגף המלון הובילה למותם של כ-90 בני אדם, ובעקבות הביקורת הציבורית והפוליטית הקשה התפרקה סופית תנועת המרי העברי, וארגון ה"הגנה" פרש מהברית הצבאית המשותפת.
מעצרם של חברי הנהלת הסוכנות היהודית העביר את מרכז הכובד של קבלת ההחלטות אל דוד בן גוריון, ששהה באותה עת בפריז. בן גוריון הוביל קו חדש, ולפיו יש להעתיק את עיקר המאבק מהציר הצבאי אל המישור המדיני הבינלאומי ואל מפעל ההעפלה ההמוני, במטרה להפעיל לחץ דיפלומטי על בריטניה דרך דעת הקהל העולמית וארצות הברית.
למרות ההצלחה הטקטית של הצבא הבריטי בחשיפת מאגרי נשק ובמעצר אלפי לוחמים, המבצע נחל כישלון אסטרטגי. ההתנגדות הפסיבית הרחבה והמשך הגעתן של אוניות המעפילים הבהירו לממשלת הלייבור בלונדון כי השלטון בארץ ישראל דורש החזקת כוחות צבא עצומים שבריטניה - השרויה במשבר כלכלי עמוק לאחר המלחמה - אינה יכולה עוד לממן. שלושה ימים בלבד לאחר תחילת המבצע הגיעה אל החוף אוניית מעפילים בשם "ביריה", ובה 1,100 ניצולים משרידי מחנות ההשמדה, והממשלה הבריטית נאלצה להתיר להם לרדת אל הארץ. פחות משנה לאחר מכן, בפברואר 1947, הודיעה בריטניה רשמית על החזרת המנדט לידי ארגון האומות המאוחדות - צעד שהוביל ישירות להחלטת החלוקה בכ"ט בנובמבר ולסיום השלטון הבריטי.