ברקע הפרסומים על התהוות הסכם איראני-אמריקני ומאמץ של הבית הלבן להשאיר את ישראל מחוץ לתהליך המדיני, במערכת הביטחון מודאגים מכמה שאלות נוקבות במסגרת דיון אסטרטגי אזורי - שבשלב זה אין עליהן תשובות.
הנחת העבודה במערכת הביטחון כי המשטר האיראני הנוכחי לא יוותר לעולם על פרויקט הגרעין אלא רק יקדם שילוב הסכמים שקריים מבחינתו כדי להרוויח זמן ולדחות עימותים שיגרעו מהם יכולות. השאלה המרכזית קשורה להוצאות האורניום המועשר וגורל תשתיות הפרויקט עתיר המשאבים שנבנה לאורך עשרות שנים מעל ומתחת לפני הקרקע.
לפי מומחים אם האיראנים יסכימו לוויתור על 460 ק"ג אורניום מועשר ברמה של 60% ההוצאה של החומר לגורם שלישי כמו ארה"ב או רוסיה הוא החלק הקל בתהליך. האתגר יהיה בבניית מערכת מפקחת ומבקרת על המתקנים ברחבי איראן בדגש על תהליך שיקום או ייצור צנטריפוגות.
כמו כן, לא ברור מה יהיה גורל תשתיות פרויקט הגרעין שספגו נזק משמעותי כתוצאה מתקיפות צה"ל וצבא ארה"ב. גם סוגיה זו לא ברורה עד הסוף במיוחד שהאיראנים טוענים שלא דנו בפרויקט הגרעין. ההחלטה בהסכם להשאיר את התשתיות לצורך "פרויקט אזרחי" יוגדר בישראל ככישלון במערכה.
אל מול הפרות אלו לא ברור האם חופש הפעולה הישראלי ועצמאות צבאית במזרח התיכון תישמר חרף הסכם אמריקני-איראני בדומה להסכם האמריקנים עם הח'ותים. כאמור, ישראל לא מחויבת להסכם זה ויכולה לתקוף את הח'ותים בכל רגע נתון.
בנוסף לכך, גורמים במערכת הביטחון אישרו לוואלה כי אחד המוקשים בהסכם הוא דרישת המשטר הקיצוני בטהרן לכלול בהסכם הפסקת האש גם את חיזבאללה ולמנוע מישראל את המשך הלחימה. ראשי מערכת הביטחון מתנגדים בתוקף.
השאלה הבאה היא האם ההסכם כולל את פרויקט הטילים הבליסטיים האיראני. האם איראן תוותר על הפרויקט ואם לא כיצד תפעל ישראל כשתגלה שהמשטר חוזר לשקם ולייצר בקצב גבוה טילים שמאיימים על העורף ישראל.
השאלה האחרונה והיא לא פחות חשובה היא מה יקרה ברקע שארצות הברית תסיר סנקציות על המשטר האיראני ומיליארדי דולרים יוסטו שוב על ידי המשטר האיראני לארגוני טרור כמו חיזבאללה, מליציות שיעיות פרו איראניות בעיראק, ח'ותים, חמאס, והג'יהאד אסלאמי.