משרד החוץ הודיע הלילה (בין שלישי לרביעי) כי ישראל השלימה את יירוט כלל ספינות המשט שניסו לפרוץ את המצור הימי על עזה, וכי 430 הפעילים הועברו לכלי שיט ישראליים בדרכם לישראל. עוד נמסר כי 87 מהעצורים פתחו בשביתת רעב.
לפי הודעת משרד החוץ, כלל משתתפי המשט יוכלו להיפגש עם נציגיהם הקונסולריים לאחר הגעתם לישראל. במשרד הוסיפו כי "משט זה הוכיח שוב את עצמו כלא יותר מתעלול יחסי ציבור לשירות חמאס", והדגישו כי ישראל "תמשיך לפעול בהתאם מלא לחוק הבינלאומי ולא תאפשר כל הפרה של המצור הימי החוקי על עזה".
מוקדם יותר במהלך הלילה עדכן מטה המשט כי חיל הים משתלט על ספינות נוספות וכי "כלי שיט צבאיים של צה"ל עולים כרגע באופן בלתי חוקי על הצי שלנו". עוד טענו המארגנים כי הם נמצאים ב"כוננות גבוהה" וכי ימשיכו לנוע לעבר רצועת עזה.
בהמשך טען מטה המשט כי אחת מספינות חיל הים פתחה באש לעבר אחת הסירות במהלך ההשתלטות עליה. במשרד החוץ דחו את הטענה והבהירו כי "בשום שלב לא נורתה תחמושת חיה".
לפי הודעת המשרד, לאחר אזהרות חוזרות הופעלו "אמצעים לא קטלניים לעבר כלי השיט, ולא לעבר מפגינים, כאזהרה", וכי "אף מפגין לא נפגע במהלך האירוע".
כאשר צה"ל השתלט על מכשירי הקשר של ספינות המשט - הוא השמיע להן את שירה המפורסם של בריטני ספירס: "אופס!... עשיתי את זה שוב". לפי הסיכום עם הדרג המדיני, הוחלט לשחרר את כלי השיט בלב ים.
ובינתיים, השיירה היבשתית של מיזם "הסומוד העולמי", שיצאה מאפריקה לכיוון עזה, נחסמה בלוב על ידי הרשויות, המונעות מהשיירה להתקדם, סמוך לעיר סִירְתְ. בשיירה למעלה מ-200 משתתפים מ-25 מדינות שעקב העיכוב הקימו מחנה תשעה קילומטרים מהעיר, עקב "סיכוני הביטחון המוגברים ונוכחות מוגברת של כוחות במעבר סירת"
בשיירה אמבולנסים, תרופות ובתים ניידים, והיא כוללת רופאים, מהנדסים, מחנכים ו"בנאים אקולוגים" שהתכוננו לעבוד לצד הפלסטינים בעזה. הארגון קובל שהיה בקשר עם הרשויות בלוב במשך חודשים, במסגרתו קיבלו אישור והבטחות למעבר בטוח.
ב-17 במאי הגיעה השיירה לעצירה האחרונה שלה לפני מעבר סירת ואז התברר כי כוח צבאי רב מחכה במעב. משא ומתן עם הרשויות באמצעות הסהר האדומים נכשל.
"אנו מגנים את מפגן הכוח שמופעל על ידי הצבא הלאומי הלובי במעבר סירת, בניסיון להפחיד משתתפים אזרחים בהפגנת אנושיות", נמסר ממטה המשט, "כוח צבאי חוסם כעת אזרחים לא חמושים מלספק סיוע לאוכלוסייה נצורה. זה לא אזור אפור. מדובר בהפרה של המשפט ההומניטרי הבינלאומי, והאחראים יישאו באחריות".