כאשר ארצות הברית וישראל נערכו ליציאה למלחמה מול איראן, ראש המוסד דוד ברנע הציג לראש הממשלה בנימין נתניהו תוכנית. לפי דיווח בניו יורק טיימס, ברנע טען כי בתוך ימים מתחילת המלחמה, המוסד יוכל ככל הנראה להניע את האופוזיציה האיראנית, להצית מהומות ומעשי מרד, ואולי אף להביא לקריסת המשטר. ברנע הציג את התוכנית גם לבכירים בממשל של דונלד טראמפ במהלך ביקור בוושינגטון בינואר.
לפי הדיווח, נתניהו אימץ את התוכנית - למרות ספקות מצד בכירים אמריקניים וחלק מגורמי המודיעין בישראל. הוא וטראמפ נטו לאמץ גישה אופטימית: חיסול הנהגת איראן בתחילת העימות, לצד פעולות מודיעיניות לעידוד שינוי משטר, עשויים להוביל להתקוממות עממית ולסיום מהיר של המלחמה.
אך שלושה שבועות לאחר תחילת המלחמה, התקוממות כזו לא התרחשה. הערכות מודיעין אמריקניות וישראליות קובעות כי המשטר האיראני נחלש אך עדיין יציב, וכי הפחד מכוחות הביטחון מדכא את הסיכוי למרד רחב.
ההנחה כי ניתן להצית מרד הייתה פגם מרכזי בתכנון המלחמה. במקום קריסה פנימית, המשטר באיראן התבצר והסלים את הלחימה, תוך תקיפות הדדיות בבסיסים, ערים, ספינות ותשתיות אנרגיה במפרץ הפרסי.
עוד דווח בניו יורק טיימס כי מאחורי הקלעים, נתניהו הביע תסכול מכך שהבטחות המוסד לא התממשו. בדיון ביטחוני זמן קצר לאחר תחילת הלחימה, הוא הביע חשש שטראמפ עשוי להפסיק את המלחמה לפני שהמאמצים יניבו תוצאות.
לקראת המלחמה, נתניהו הסתמך על הערכות המוסד כדי לשכנע את טראמפ כי הפלת המשטר באיראן היא יעד ריאלי. אולם גורמי מודיעין אמריקניים וישראליים רבים היו ספקנים, והעריכו כי הסיכוי למרד המוני נמוך, במיוחד בזמן הפצצות.
לדברי בכירים אמריקניים, איראנים לא ייצאו לרחובות בזמן הפצצות, וכי הסיכוי למלחמת אזרחים בעקבות המתקפה נמוך. בהמשך, גם טראמפ עצמו הודה כי כוחות הביטחון באיראן מדכאים מחאות באלימות, ואמר כי מדובר במכשול משמעותי עבור אזרחים לא חמושים.
אחד המרכיבים בתוכנית כלל תמיכה בפלישה של מיליציות כורדיות מאזור צפון עיראק. למוסד קשרים ארוכי שנים עם גורמים כורדיים, וגם ה-CIA סיפק להם בעבר סיוע. בתחילת המלחמה תקפה ישראל יעדים בצפון-מערב איראן, בין היתר כדי לאפשר תנועה לכוחות כורדיים. עם זאת, בהמשך ארצות הברית נסוגה מהרעיון, ואף טראמפ אמר כי אינו רוצה לראות את הכורדים נכנסים ללחימה.
בנוסף לכך, גורמים כורדיים עצמם הזהירו כי מהלך כזה עלול דווקא לאחד את הציבור האיראני נגד התערבות חיצונית.
הערכות מודיעין אמריקאיות טרם המלחמה קבעו כי קריסת המשטר אינה תרחיש סביר, וכי גם תחת לחץ, המשטר הצליח בעבר לדכא מחאות במהירות. התרחיש הסביר ביותר, לפי ההערכות, הוא שהגורמים הקיצוניים במשטר ימשיכו לשלוט.
לפי ניו יורק טיימס, בעבר, גם בתוך המוסד עצמו הוטל ספק ביכולת להצית מרד. ראש המוסד לשעבר יוסי כהן קבע כי מדובר במאמץ חסר סיכוי, לאחר שנמצא כי הפער בין היקף המחאה הנדרש להפלת המשטר לבין המציאות גדול מדי. במקום זאת, האסטרטגיה אז הייתה להחליש את איראן באמצעות סנקציות, חיסולים וחבלה בתשתיות.
בשנה האחרונה, עם עליית הסבירות למלחמה, שינה ברנע כיוון והקדיש משאבים לתוכנית להפלת המשטר. הוא האמין כי גל תקיפות וחיסולים יוכל להצית מרד. אולם לאחר התקיפות הראשונות, ההתקוממות לא הגיעה. למרות זאת, בישראל עדיין לא ויתרו על התקווה.
שגריר ישראל בארצות הברית יחיאל לייטר אמר כי לשם סיום המלחמה נדרש "כוח על הקרקע", אך הדגיש כי עליו להיות איראני. "אני חושב שהם בדרך", אמר.