מערכת הבריאות מעלה הילוך בהיערכות לחירום: על רקע מבצע שאגת הארי והכוננות הגבוהה בצפון ובמרכז, פרסם הלילה (שבת) משרד הבריאות עדכון נרחב להנחיות התפעוליות של בתי החולים וקופות החולים. היעד המרכזי שהוגדר למנהלי המרכזים הרפואיים הוא שמירה על זמינות מיטות גבוהה, תוך שחרור מוקדם ככל הניתן של מטופלים שמצבם מאפשר זאת, כדי להיערך לתרחיש של קליטת נפגעים רבים בלוח זמנים קצר.
על פי ההנחיות החדשות, שגובשו בתיאום עם פיקוד העורף, בתי החולים נדרשים לפעול לצמצום עומס האשפוז באופן אקטיבי. מטופלים שישוחררו יועברו להמשך טיפול בביתם, למסגרות שיקום או למוסדות גריאטריים ורווחה. במקביל, ניתנה הוראה להרחיב משמעותית את מערך אשפוזי הבית כדי לשמור על רציפות טיפולית מחוץ לכותלי בתי החולים ולהקל על המחלקות העמוסות.
גם ברפואת הקהילה חלו שינויים: קופות החולים נדרשו לצמצם פעילויות שאינן הכרחיות ולהתמקד בשירותים חיוניים בלבד, במטרה למנוע הגעת אזרחים לבתי החולים שלא לצורך. עם זאת, במשרד הבריאות הוחלט להרחיב את פעילות תחנות טיפות החלב הממוגנות, שיעברו לעבודה בשתי משמרות בהתאם לזמינות כוח האדם. לשכות הבריאות ימשיכו לספק שירותים דחופים בלבד, דוגמת חיסונים, טיפול במקרי כלבת והנפקת רישיונות קבורה.
ההנחיות, המבוססות על רמת כוננות ד', כוללות גם התייחסות למסגרות שיקום ובתי חולים גריאטריים, כולל נוהל מיוחד לאספקת תותבות לקטועי גפיים במקרה של אובדן בחירום. במשרד הבריאות הדגישו כי המטרה היא לאזן בין המשך הפעילות הרפואית השוטפת לבין מוכנות מלאה לאירועים רבי-נפגעים והגנה על אוכלוסיות פגיעות, תוך התחשבות במגבלות המיגון הקיימות בכל אזור.