בעקבות ההכרזה היום (שבת) על מצב חירום בישראל, עברה מערכת הבריאות הלילה למתכונת חירום מלאה. בבית החולים שיבא נערכים להורדה הדרגתית של המחלקות למתחמי הקרקע הייעודיים והממוגנים כחלק מתכנית מיגון סדורה שתורגלה מראש, תוך דגש על כך שכלל הצוותים הרפואיים, הסיעודיים והלוגיסטיים ערוכים להעניק טיפול מיטבי ומהיר לכל מטופל והמענה לצרכים הרפואיים יימשך כסדרו.
בבית החולים איכילוב נפתח בית החולים התת-קרקעי והחלה הורדת מחלקות ורידוד מטופלים בהתאם לתכנית שהוכנה מראש, כאשר יחידות רגישות כבר החלו לפעול במרחבים מוגנים בעוד המיון ושירותי החירום פועלים כרגיל. בבית החולים רמב"ם הוכרז על מעבר למצב חירום ופונו החניונים התת-קרקעיים לטובת היערכות מבצעית; שירותי המיון והחירום יינתנו כרגיל אך הציבור מתבקש להגיע רק במקרים דחופים, והנהלת בית החולים הבהירה כי אין חניה פנויה במתחם למעט בחניונים החיצוניים.
במקביל, מנכ"ל מד"א קיים הערכת מצב עם כלל בעלי התפקידים והעביר את הארגון לכוננות שיא בתיאום מלא עם פיקוד העורף, צה"ל, משטרת ישראל ומשרד הבריאות. כוננים נקראו להגיע לבתי החולים ברחבי הארץ והציבור נקרא להישמע להנחיות מצילות החיים של פיקוד העורף ולחייג 101 לכל צורך רפואי.
חמ"ל משרד הבריאות החל בפעילות ומנכ"ל המשרד הנחה את בתי החולים לעלות לרמת הכוננות הגבוהה ביותר ולרדת לאזורים ממוגנים ולמתחמים תת-קרקעיים. בהתאם להנחיות, לא תתקיים פעילות אמבולטורית ואלקטיבית בבתי החולים, ולא תתקיים פעילות במרפאות קופות החולים ובטיפות חלב, למעט פעילות חיונית כדוגמת דיאליזה. בתי החולים הונחו לשחרר לבתיהם או למוסדות אשפוז המשכי מטופלים שאינם זקוקים לאשפוז, והמשרד, המצוי בקשר רציף עם כלל ארגוני הבריאות, קורא לציבור להימנע מהגעה לבתי החולים במקרים שאינם דחופים. מערכת הבריאות, שנערכה בחודשים האחרונים לתרחישי קיצון, מפעילה כעת את תכניות החירום במלואן כדי לפנות קיבולת ולהבטיח רציפות תפקודית גם בתנאים ביטחוניים מורכבים.