אחת הסוגיות המרכזיות בעסקה היא לא רק שחרור המחבלים מבתי הכלא, אלא גם השאלה לאן יגורשו. רגע לפני ביצוע העסקה חל שינוי במדיניות גירוש המחבלים שישוחררו בעסקת החטופים.
במהלך ישיבת הקבינט האחרונה דנו השרים בשאלה האם לשחרר את המחבלים לשטחי יהודה ושומרון או לגרשם לחו"ל. גורמים במערכת הביטחון המליצו לשחרר אותם ליהודה ושומרון, כדי שניתן יהיה לפקח עליהם מקרוב. השר לביטחון לאומי, איתמר בן גביר, התנגד להמלצת מערכת הביטחון בשל מה שהגדיר כ"תחושת פחד של תושבים שמתגוררים ביהודה ושומרון ומחבלים הצפויים לעבור לגור לידם", והמליץ לשחרר אותם לרצועת עזה. עם זאת, לבסוף הוחלט לגרש אותם לחו"ל.
עם פרסום שמות האסירים ובסקירה שקיבלו השרים עליהם התברר כי כמה מהמחבלים לא יועדו לגירוש, בניגוד לסיכום בקבינט. במהלך השבת שוחח השר בן גביר עם אנשיו של ראש הממשלה, בנימין נתניהו, ודרש לתקן את ההחלטה כך שגם מחבלים אלה יגורשו לחו"ל.
בין השמות שעליהם התקיים דיון נוסף נמצאים: איברהים חסן אמין סלאמה, שהואשם בניסיון לרצח, בירי לעבר ישראלים ובגרימת מוות בכוונה; אדיב אחמד עבד אללה אבו אל־רוב, שנשפט על גרימת מוות בכוונה וניסיון לרצח על רקע פעולות איבה; ואחמד מוהנד מוחמד סיאג'ת, שנשפט גם הוא על גרימת מוות בכוונה, יידוי אבנים וירי. אלו חלק מהמחבלים שעל פי הרשימות שפורסמו בתחילה לא יועדו לגירוש - אך בעקבות פנייתו של בן גביר, הרשימות מתעדכנות שוב.
ביום שישי, משרד המשפטים פרסם את רשימת המחבלים שישוחררו בעסקה בתמורה להשבת החטופים. ישראל צפויה לשחרר כ-1,950 פלסטינים: בהם 250 אסירי עולם ו-1,700 עצורים מאז 7 באוקטובר, כולל נשים וקטינים. כמו כן, הוסכם על יחס של חלל ישראלי אחד מול 15 גופות של פלסטינים שיושבו.
בין המחבלים שישוחררו: ריאד אלעמור - נגזרו עליו 11 מאסרי עולם, לאחר שלקח חלק בחוליה מבית לחם שאחראית על פיגועים באינתיפאדה השניה בהם נרצחו תשעה ישראלים; מחמוד קוואסמה - מממן ומתכנן חטיפתם ורציחתם של שלושת הנערים גיל-עד שער, נפתלי פרנקל ואייל יפרח . קוואסמה שוחרר בעסקת שליט, גורש לעזה וחזר לפעילותו בטרור, נעצר במהלך המלחמה על ידי צה"ל במרץ 2024 בבית החולים שיפא שבעזה; מחמוד מוסא עיסא - חטף ורצח את שוטר מג"ב ניסים טולדנו בשנת 1992; אחמד ג'מאל אחמד קונבע - רצח את הרב רזיאל שבח בפיגוע בחוות גלעד בשנת 2018; עמאד צלאח עבד אלפתאח קואסמי - פעיל הצבאי הבכיר ששילח לפיגועים מדממים; מראד בדר עבדאללה דעיס - רצח את דפנה מאיר ביישוב עתניאל בשנת 2016; אסמעיל חמדאן - חבר בחוליה שחטפה ורצחה את אבי בועז ברוורמן מהיישוב הר גילה.