כ־300 פעילי המשט "סומוד" שנבלמו בדרכם לרצועת עזה עדיין עצורים בכלא קציעות, וטוענים כי השר לביטחון לאומי, איתמר בן גביר, נכנס לתאים שלהם בשעת לילה וצעק עליהם שהם תומכי טרור ונמצאים בכלא המחבלים כראוי להם.
לטענתם, בן גביר נכנס אליהם בשעה 03:00 לפנות בוקר, בעוד לוחמי הכליאה אוחזים פנסים והורו להם לעמוד. עוד טענו הפעילים בפני שוטרים וגורמים חיצוניים כי הם "מוחזקים בתנאי מעצר של מחבלים", וזאת לאחר שעברו חיפוש והוכנסו לתאים עם מיטות ושירותים בלבד, ללא טלוויזיה או רדיו. עם זאת, בתמונות שהגיעו לידי וואלה נראית הפעילה גרטה תונברג ברגעי מעצרה.
בסוף השבוע, המשטרה מסרה כי נעצרו יותר מ-470 פעילים שלקחו חלק במשט. הפעילים עברו תהליך בידוק קפדני והועברו להמשך טיפול רשות האוכלוסין וההגירה ושירות בתי הסוהר. מאוחר יותר, משרד החוץ דחה את טענות איטליה שלפיהן פעילי המשט עוברים התעללויות מצד כוחות הביטחון. "מצורפות תמונות של גרטה תונברג ושל חברים נוספים בפרובוקציה הזו בעת הגעתם לישראל - כולם בריאים ושלמים", נמסר ממשרד החוץ.
137 פעילים שנעצרו על ידי ישראל הגיעו לטורקיה לאחר שגורשו מהמדינה. שניים מהם טענו כי תונברג עברה התעללות במהלך מעצרה, וטענו כי היא נדחפה ואולצה לעטות דגל ישראל. "זה היה אסון. הם התייחסו אלינו כמו לחיות", אמר חלמי, בן 28, והוסיף כי העצורים לא קיבלו מזון או מים נקיים, וכי תרופות וחפצים אישיים הוחרמו מהם.
במהלך יום כיפור השתלטו כוחות חיל הים, ובהם לוחמי שייטת 13, על המשט. לפי צה"ל ומשרד החוץ, המשט נועד לפרובוקציה ואינו עוסק בסיוע, והוצע להעביר כל ציוד בדרכים מוסכמות. מנגד נמסר מהמשט כי ההשתלטות בוצעה באופן בלתי חוקי במים בינלאומיים, תוך פגיעה בתקשורת הספינות. לא דווח על נפגעים, אך פעילי המשט טוענים ל"חטיפה ולהפרת החוק הבין־לאומי". בנוסף, הלוחמים השתלטו על מספר כלי שיט, בהם שש הספינות הגדולות: "סירוס", "אלמה", "ספקטרה", "הוגה", "אדרה" ו"דיר יאסין".
תגובת השר לביטחון לאומי, איתמר בן גביר: "רואה הבוקר את הטענות בתקשורת בעולם על התנאים בהם נכלאו גרטה טונברג ו'פעילי המשט' - וחשוב לי לומר בצורה הברורה ביותר: אני גאה בלוחמי ולוחמות שירות בתי הסוהר שפעלו בהתאם למדיניות שאני והנציב קובי יעקובי התווינו. הייתי שם, על הספינות שלהם - לא ראיתי סיוע ולא הומניטריות. ראיתי מטרנה אחת וקראחנה שלמה של אנשים שמתחפשים לפעילי זכויות אדם, ובפועל באו לתמוך בטרור ולחגוג עלינו. הגעתי לבקר בכלא קציעות, והתגאתי בכך שאנחנו מתייחסים 'לפעילי המשט' כתומכי טרור, מי שתומך בטרור הוא טרוריסט, ומגיע לו תנאים של טרוריסטים. אם מישהו מהם חשב שיגיע לכאן ויקבל שטיח אדום וחצוצרות - התבלבל. כדאי שירגישו היטב את התנאים בכלא קציעות, ויחשבו פעמיים לפני שהם מתקרבים שוב לישראל. ככה זה עובד".
בתגובה לבן גביר, ארגון עדאלה שמלווה את פעילי המשט מבחינה משפטית, הצהיר: "הצהרות של בן גביר מייצגות אימוץ גלוי של מדיניות רשמית המבוססת על יחס אכזרי ולא אנושי כלפי משתתפי המשט. ישראל חוזרת על אותן שיטות שמשתמשת בהם נגד אסירים פלסטינים, שבהם חווים באופן שגרתי עינויים שיטתיים והתעללות חמורה. מהשעה הראשונה, ההתנהלות של הרשויות כלפי משתתפי השייטת הייתה בניגוד לחוק, החל מהיירוט הבלתי־חוקי שגרם למניעתם לשבור את המצור המתמשך על עזה, דרך סיווגם באופן שגוי כמי 'שהגיע לארץ באופן בלתי חוקי' למרות שנחטפו מהמים הבינלאומיים, וכלה במעצרם בתנאים קשים ומבזים המפרים בבירור את הדין הבינלאומי. המעשה הזה, הנתמך בגלוי על ידי השר הממונה על שירות בתי הסוהר, משקף קביעה מכוונת של ישראל להשתמש בדיכוי כנגד פעילים מגנים על זכויות אדם וכל מי שמתנגד לפשעים המתמשכים בעזה".