המוסד התנגד לחיסול בכירי חמאס בקטאר, ולכן התכנית המקורית שגיבש לחיסולם מהקרקע לא יצאה אל הפועל - כך דווח הערב (שישי) בוושינגטון פוסט, שציטט גורמים ישראליים המעורים בנושא. לפי הדיווח, ראש המוסד, דדי ברנע, התנגד לחיסולם של מנהיגי חמאס על אדמת קטאר בין היתר בשל החשש מפגיעה ביחסים שטיפח הארגון עם דוחא.
בוושינטון פוסט ציינו שהתנגדות המוסד השפיעה על אופי הפעולה וייתכן שעל סיכויי ההצלחה שלה. התקיפה בוצעה בסופו של דבר מהאוויר, וככל הנראה לא השיגה את התוצאות הרצויות. ההודעה שיצאה לאחר התקיפה הזכירה שהיא הייתה פעולה משותפת של צה"ל ושב"כ, והמוסד לא הוזכר.
עוד דווח מפי אחד הגורמים הישראליים שהרמטכ"ל אייל זמיר, שדחק בנתניהו להסכים להפסקת האש, התנגד אף הוא לתזמון של ניסיון החיסול בקטאר מחשש לפגיעה במשא ומתן. מנגד, שר הביטחון ישראל כ"ץ והשר לעניינים אסטרטגיים רון דרמר תמכו בתכנית של נתניהו. ניצן אלון, נציג צה"ל בצוות המשא ומתן, לא הוזמן לדיון ביום שני שעסק בפעולה בקטאר משום שנתניהו והשרים העריכו שהוא יתנגד מחשש שהדבר יסכן את חיי החטופים.
ההתנגדות של המוסד משקפת את את חילוקי הדעות במערכת הביטחון לגבי ההחלטה של ראש הממשלה בנימין נתניהו לבצע את ההתקפה בקטאר, בעלת ברית חשובה של ארצות הברית, בעת שאירחה את משלחת חמאס כדי לדון בהצעה האחרונה של וושינגטון להפסקת אש ועסקת חטופים.
כך, במקום להפעיל סוכני מוסד בשטח, 15 מטוסי קרב שיגרו מרחוק עשרה טילים לעבר מקום המפגש של חמאס. התוצאה, ככל הנראה, הייתה כישלון: חמאס הכחיש שחברי ההנהגה שלו נהרגו, כולל ראש המשלחת חליל אל-חיה, ובמקומם נפגעו חמישה מאבטחים ומלווים זוטרים, בהם בנו של אל-חיה.
אף שישראל נמנעה עד כה מלספק הערכה קונקרטית של תוצאות ההתקפה, גורם המעורה בפרטי המבצע אמר לוושינגטון פוסט שנראה ש"שישראל לא השיגה את שהיא רצתה".
חמאס הודיע באופן רשמי כי ח'ליל אל-חיה שרד את התקיפה בקטאר. על פי דיווחים - במערכת הביטחון פסימיים לגבי התקיפה. חשוב לציין כי הארגון לא פרסם תמונה או תיעוד המגבה את טענתו. בוושינגטון פוסט דווח כי המוסד התנגד לחיסול בכירי חמאס בקטאר, ולכן התכנית המקורית שגיבש לחיסולם מהקרקע לא יצאה אל הפועל, שציטט גורמים ישראליים המעורים בנושא.
מקור בהנהגת חמאס מוסר לערוץ alaraby tv הקטרי כי הם לא קיבלו שום סיוע מודיעיני משום גורם חיצוני בנוגע למתקפה בדוחה והדגיש כי צעדים וסידורים ביטחוניים נכונים מצד המערך הביטחוני של חמאס ושל קטר - הם הסיבה העיקרית לכישלון ניסיון החיסול. עוד ציין מקור זה כי ישראל לא הצליחה לחדור מודיעינית מבחינה אנושית וטכנולוגית לצוות האבטחה של חמאס ושל קטר.
"האח הלוחם, ח'ליל אל-חיה, האחראי על רצועת עזה בחמאס - ערך תפילת אשכבה לבנו, השהיד המאם, וליתר השהידים שנהרגו בניסיון החיסול בדוחא", פרסם הארגון. "ביצוע התפילה התאפשר לאחר הסדרים ביטחוניים מיוחדים מול מדינת קטאר".
עוד בעקבות התקיפה הישראלית בקטאר, מצרים החליטה לצמצם את התיאום מול ישראל - כך דווח בערוץ אל-ערביה הסעודי. עוד דווח שקהיר תבחן מחדש את הסדרי התיאום הביטחוני עם ישראל.