באוקטובר 1989 דן הקונגרס האמריקאי בנושא קביעת יום זיכרון לטבח העם הארמני. הנושא הסעיר את טורקיה, שלאורך השנים ניהלה מאבק עיקש נגד כל איזכור של רצח העם הארמני ואף איימה ב"צעדי תגמול נגד ארצות הברית" אם אכן הקונגרס יכיר בכך. במקביל החל לדלוף לתקשורת מידע על התערבות משרד החוץ הישראל בסוגיה. על פי אותו מידע, שגרירות ישראל בוושינגטון פנתה לארגונים יהודיים בארצות הברית בבקשה לסייע לטורקים במאבקם. ועידת הנשיאים של הארגונים היהודיים אף נפגשה עם שר החוץ הטורקי.
הויכוח שהתעורר בישראל בעקבות כך תימצת את יחסה של מדינת ישראל לסוגיית איזכור רצח העם הארמני; הממסד הישראלי ניסה לדחוק לפינה עיסוק בכך ונענה לדרישות טורקיה שלא לתת ביטוי רשמי לרצח העם הארמני; במתח שבין המצפון לאינטרסים, כפי שהגדיר זאת אז חבר הכנסת יאיר צבן, תמיד גברו האינטרסים על המצפון.
רצח העם הארמני התרחש בין 1915-1923 ועל פי הערכות נטבחו בו בין 1-1.5 מיליון בני אדם. רצח העם התבצע על רקע דעיכת והתפוררות האימפריה העות'מאנית ועליית הלאומיות הטורקית. השאיפה להקים מדינה טורקית הומוגנית ואובדן שטחים במלחמה התנגשו עם שאיפת העם הארמני לבדלנות והיו הרקע להשמדת העם הארמני ולגירושו. הכחשת רצח העם הארמני מתמשכת מאז נוסדה טורקיה המודרנית לאחר מלחמת העולם הראשונה. מאז שהנושא החל לעלות לדיון בין-לאומי, לפני כחמישים שנה, מהווה הנושא אחת הסוגיות הרגישות ביותר במדיניות-החוץ הטורקית.
ישראל, מדינת העם היהודי שעבר שואה, עמדה לאורך השנים בקונפליקט; מצד אחד, ציפיה לעמדה מוסרית וערכית נוכח השמדת עם ומצד שני, צורך לשמור על קשר עם טורקיה כרכיב משמעותי ביחסים האיזוריים שלה. היחסים של ישראל עם טורקיה היוו מרכיב חשוב באסטרטגיה הדיפלומטית שכונן דוד בן גוריון שכונתה "ברית הפריפריה" ולפיה על ישראל לפתח בריתות עם מדינות שכנות למדינות המוסלמיות, אויבות ישראל. כך יצרה ישראל בריתות עם טורקיה, איראן ואתיופיה או עם קבוצות מיעוט, דוגמת המיעוט הכורדי.
כשהיחסים עם טורקיה היו הדוקים, הקפידה ישראל להתעלם מהציפיה כי תכיר באופן רשמי ברצח העם הארמני, וככל שהיחסים בין ישראל וטורקיה הלכו ונחלשו, עד שהגיעו לאיבה גלויה, נאותה ישראל הרשמית להתחיל ולהכיר בטבח, עד שאתמול אמר ראש הממשלה, בנימין נתניהו כי אכן היה רצח עם ארמני בידי טורקיה.
ב-1989, בשעה שהטורקים הובילו קמפיין שנועד לבלום את נסיונות הקונגרס האמריקאי לקבוע יום זיכרון לרצח העם הארמני, נתניהו כבר נדרש לסוגיה. כאמור, משרד החוץ הישראלי והשגרירות בוושינגטון בחשו וניסו לסייע לטורקים במאבקם, מאחורי הקלעים. סגן שר החוץ של ישראל היה נתניהו, אז חבר כנסת צעיר שניבאו לו גדולות. חבר הכנסת יאיר צבן ממפ"ם הציג בנושא שאילתה בכנסת.
סגן-השר דאז, נתניהו הכחיש, ובחילופי-הדברים הקשים שהיו בכנסת אמר: "יש דברים שהם מעבר לפוליטיקה, ויש דברים שהם מעבר לדיפלומטיה. שואות של עמים הם מקרה מובהק של קטגוריה כזאת". אלא ששר החוץ, משה ארנס, הודה בפני חבר הכנסת יוסי שריד (ממפלגת "רצ") כי אכן היתה התערבות ישראלית כזאת. שריד מחה בפני משרד החוץ על "התערבותה המכוערת של שגרירות ישראל בוושינגטון, אצל חברי הוועדה המשפטית בסנאט, במגמה לסכל הצעת החלטה הקובעת את 24 באפריל כיום הזיכרון לרצח העם הארמני בטורקיה". התרעם שריד וטען: "ישראל מנסה לשמור על קשריה עם טורקיה. העם היהודי הוא האחרון שצריך לתת יד להכחשת שואתו של עם אחר", אמר.
דורון רוזנבלום הפובליציסט תקף בעיתון חדשות: "קשה להסביר את מאבק־האיתנים שניהלו באחרונה פקידי משרד החוץ הישראלי כנגד אזכור יום השואה הארמני בארצות הברית". היתה זאת אז ממשלת אחדות לאומית בראשות יצחק שמיר.
רוזנבלום שהגדיר את יחסיה של ישראל עם מדינות שונות כ"חדוות ברית מצורעים" טען כי "בעידן שמיר איננו יודעים אפילו מהי העמדת־פנים 'מוסרית'. אנו מוצאים עצמנו תמיד מחדש, יותר ויותר, מתעסקים דווקא עם העריצים ו/או המנודים ו/או הנבלים ו/או כפויי הטובה מבין מנהיגי העולם - ולו רק מעצם היותם מנודים ונידחים". רוזנבלום המשיך וטען כי: "היפה בכל העניין - שלא תמיד ברור בכלל מה ייצא לנו מזה: זה יכול להיות אפילו נגד האינטרסים שלנו - העיקר שזה אפלולי, נכלולי, חשאי וטחוב." שמיר עצמו אמר נוכח הויכוח כי "ממשלת ישראל איננה עוסקת בזה. זה לא מעניינה".
הויכוח על הצורך להתעלם משואת העם הארמני כהכרח שנדרש מישראל כדי לשמור על יחסיה עם טורקיה, המשיך לעלות מדי פעם. חצי שנה בלבד מאז הויכוח בכנסת, באפריל 1990, עמדה הטלויזיה הישראלית לשדר את סרט תיעודי, "מסע לארמניה", לקראת יום השנה השבעים-וחמישה לטבח. בלחץ ממשרד החוץ בוטל השידור.
ב-1995 היה יאיר צבן (מפלגת "מרצ"), השר לקליטת העליה, שר ישראלי ראשון שהשתתף בטקס זיכרון לציון יום שואת העם הארמני. כעבור חמש שנים היה זה שר החינוך, יוסי שריד ("מרצ") שהשתתף בטקס דומה וקרא לממשלת ישראל להכיר ברצח העם הארמני. שריד לא עדכן את ראש הממשלה, אהוד ברק, כי ישתתף בטקס והממשלה התנערה מדבריו. שריד גם הכניס תכנים על רצח העם הארמני לתוכנית הלימוד, אולם אלו הוצאו ממנה בתקופת כהונתה של לימור לבנת.
טורקיה דאגה להבהיר לישראל עד כמה נחרצת עמדתה בנושא, כשהודיעה לישראל כי אינה מקבלת את מינויו של פרופסור אהוד טולדאנו לשגריר ישראל בטורקיה. הסיבה - האשמת טולדאנו כי ביטא "עמדה פרו-ארמנית" בראיון שנעשה איתו 16 שנים מוקדם יותר. לטענתם טולדאנו האשים את טורקיה בביצוע טבח.
אפילו במעמד המשואות של יום העצמאות של ישראל טורקיה התערבה. ביום העצאות בשנת 2003 נבחרה להשיא משואה נעמי נלבנדיאן, בת לעדה הארמנית בישראל, סגנית האחות הראשית במחלקת שיקום בבית החולים "הדסה". בעלון שהוציא מרכז ההסברה לקראת הטקס, נכתב כי נלבדיאן היא "דור שלישי לניצולי השואה הארמנית". נלבנדיאן רצתה להזכיר זאת גם בטקס. הדבר עורר את כעס הטורקים ונלבדיאן נאלצה להצניע את הדברים ויכלה רק לומר כי סבה וסבתה היו "ניצולים מארמניה ההיסטורית". לדרישת הטורקים אף הודפסו חוברות חדשות עבור הטקס, ללא איזכור "השואה הארמנית".
רק כשיחסי ישראל וטורקיה של ארדואן החלו להתערער, החלו להישמע בקרב הממסד הישראלי עוד ועוד התבטאויות בעד הכרה ברצח העם הארמני; אחרי משט המרמרה ב-2010, שזכה לתמיכת טורקיה, קרא שר הביטחון אביגדור ליברמן להכיר ברצח העם הארמני כענישה למדיניות טורקיה. עוד ועוד חברי כנסת החלו לקרוא להכיר ברצח העם הארמני. ביום השואה הבינלאומי ב-2015 קרא נשיא המדינה, ראובן ריבלין, להכיר בשואת העם הארמני ויצא נגד מדיניות ההכחשה. אלא שמשרד החוץ המשיך להחזיק בעמדה המסורתית שהתבססה על חשש מפגיעה ביחסי החוץ של ישראל. ב-2018 עתרו פרופ' יאיר אורון ופעילי זכויות אדם לבית המשפט המחוזי בירושלים בבקשה לאשר פרסום של חומר דיפלומטי מסווג לגבי יחסה של ישראל לזיכרון רצח העם הארמני.
השופט רם וינוגרד החליט לדחות את העתירה, לאחר שנחשף סגור במעמד צד אחד להסברי משרד החוץ לגבי תוכן המסמכים. בתגובת משרד החוץ לעתירה נכתב כי "מדינת ישראל אינה מתעלמת מאירועי העבר ואל לה לקבוע מוסכמות באשר לאירועים שקרו, העלולות לשמש במחלוקת פוליטית בין הצדדים בנושא".
פרופ' אורון היה בעבר גם מהבודדים באקדמיה הישראלית שהתעקש על לימוד וחקר רצח העם הארמני, הוא יצא נגד הסיוע הישראלי למדיניות ההכחשה הטורקית, כתב ספרים על השמדת העם הארמני והנושא אף נלמד כבר קרוב לשלושים שנה במסגרת קורס באוניברסיטה הפתוחה שהוא היה מעורכיו. חטיבת הלימוד שכתב בנושא נקראת "רצח העם הארמני: השכחה והכחשה".
לצד האינטרסים הגיאופוליטיים של ישראל, עמד תמיד גם זיכרון השואה כסוגיה מרכזית בעמדת ישראל והעם היהודי לשואת העם הארמני; לאורך השנים היו גורמים יהודיים שונים שהתנגדו תיאור רצח העם הארמני כ"שואה", מרצון לייחד מילה זו לשואת העם היהודי שביצעה גרמניה הנאצית. מדיניות זו נועדה לשמור על תפיסת השואה כאירוע ייחודי ולא להשוותה לטרגדיות אחרות בהיסטוריה. מצד שני, כמו הויכוח שהתנהל לעתים בכנסת, גם בציבוריות הישראלית יש הטוענים כי הכחשה של רצח העם הארמני מאפשרת עיוות והכחשה של שואת העם היהודי.