כמו כל יום מאז לידתה של מדינת ישראל, גם 2 ביולי 1980, היה יום גדוש בחדשות: אזרחי המדינה היו מוכי הלם וצער יום לאחר הלוויית הילד אורון ירדן, שנחטף ונרצח על ידי אדם בשם צבי גור. שלושה שבועות טילטלה הפרשה את המדינה, עד שהרוצח נתפס והגופה נמצאה. בבית החולים הדסה אושפז ראש הממשלה, מנחם בגין, שסבל מאירוע לב. הרופאים ביקשו להרגיע את הציבור והבטיחו שבקרוב ישוב לפעילות מלאה. מספר חברי כנסת ניסו לשכנע את עזר וייצמן לחזור למשרד הביטחון, חודש אחרי שהתפטר מתפקידו כשר, ובכנסת דנו על העלאת שכרם של הח"כים והשרים.
אירוע דרמטי שהתרחש באותו יום, נדחק לשולי החדשות; בבסיס חיל האוויר ברמת דוד נחתו באותו יום ארבעה מטוסי 16-F. מהמטוסים יצאו "ארבעה טייסים אמריקנים גבוהי קומה ובהירי שיער שכל אחד מהם השלים זה עתה טיסה רציפה של 11 שעות", דיווח עיתון "מעריב". אותם מטוסים, שנקראים בחיל האויר "נצים", ואליהם הצטרפו בהמשך עוד 12, סיפקו לישראל את הפלטפורמה שבאמצעותה ניתן היה לממש את תוכנית השמדת הכור האטומי שנבנה בעיראק.
11 חודשים אחר כך יצא לדרך "מבצע אופרה" שבו השמידו טייסי חיל האויר את הכור שבנה סדאם חוסיין. מדובר היה במבצע מעורר השתאות, אבל בגין חשש שסדאם חוסיין יחדש את מאמציו ויקים מחדש את הפרוייקט הגרעיני. בגין התחייב כי "על בסיס התקדים שיצרנו, כל ראש ממשלה וכל ממשלה בישראל ישמידו את הכור (החדש) לפני שיהפוך למבצעי".
אותה הבטחה של בגין התפתחה למדיניות ישראלית רחבה וכך מאז נקראת המדיניות הישראלית בנוגע להימצאות נשק גרעיני במזרח התיכון בשם "דוקטרינת בגין". לפי דוקטרינה זו, ישראל לא תאפשר לאף מדינה במזרח התיכון לייצר נשק גרעיני שעלול לסכן את קיומה.
26 שנים אחר כך מימשה ישראל את אותה דוקטרינה, כשהשמידה בספטמבר 2007 כור גרעיני שנבנה בסוריה. הפעם ראש הממשלה היה אהוד אולמרט, המבצע נקרא "מחוץ לקופסא", וכמו במבצע בעיראק, הועדפה פעולה אווירית על פני פעולה קרקעית של יחידות מיוחדות. עם הזמן התברר כי מדינת ישראל מיישמת את אותה דוקטרינת סיכול גם נגד תוכנית גרעין שצומחת באיראן. את המערכה הזאת הוביל המוסד, בראשות מאיר דגן, ובניגוד למקרים הקודמים, הפעם היה מדובר בפעולות חשאיות של לוחמי מוסד ולא בהתקפה של חיל האוויר.
מדי פעם התפרסמו סיפורים על חיסול מדעני גרעין איראניים, תולעת מחשב זדונית שחוללה שמות במתקן הצנטריפוגות בנתאנז או מכירת מוצרים פגומים למתקני הגרעין באיראן, שחשפו חלק מאותה פעילות יצירתית. מלחמת הצללים של המוסד הצליחה לעכב את תוכנית הגרעין האיראנית, אבל לא לעצור אותה. עד שלפני שלושה שבועות יצאו מטוסי חיל האוויר למבצע שנועד להשמיד את אותה תוכנית. כמו החשש שהביע בגין לפני 44 שנים, גם הפעם עוד מוקדם לדעת האם המבצע קבר את מיזם הגרעין האיראני או שעיכב אותו.
דוקטרינת הסיכול הפכה רכיב משלים למדיניות ה"עמימות הגרעינית" שבה נוקטת ישראל. על פי מדיניות זאת ישראל נוקטת בעמימות בנוגע למידת התפתחותו ומטרותיו של פרוייקט הגרעין, כפי שביטא זאת ראש הממשלה לוי אשכול באמירה מעורפלת ש"ישראל לא תהיה הראשונה להכניס נשק גרעיני למזרח התיכון".
את ניצני דוקטרינת הסיכול הישראלית אפשר לראות כבר בראשית שנות ה-60'. באותן שנים פעלה במצרים קבוצת מדענים גרמנים בפיתוח טילי קרקע-קרקע. בישראל ראו במיזם הזה איום משמעותי שמשנה את מאזן הכוחות באיזור. "איני ישן בלילות כיוון שהבעיות סביב הטילים המצריים מנקרות בראשי", הודה דוד בן גוריון, ראש הממשלה ושר הביטחון. אמר והורה לראש המוסד, איסר הראל, לסכל את המיזם הגרמני-מצרי. מדען אחד נעלם ומספר מצרים נפצעו מפיצוץ מעטפות נפץ שנשלחו למדענים. חשיפת לוחמי מוסד בשוויץ עצרה את המבצע. מעורבות מדענים גרמניים בתוכנית ההתעצמות המצרית עוררה אז בישראל רגשות עזים. רק 17 שנים עברו מאז שהסתיימה מלחמת העולם השניה וזוועות השואה היו עדיין חלק מהזכרונות שנשאו בנפשם ובגופם ישראלים רבים. צל השואה וחורבן העם היהודי ריחפו כצל מעל החברה הישראלית והיוו מרכיב משמעותי בעיצוב מדיניות הביטחון הישראלית.
בן-גוריון, "דמות האב" של האומה, שגיבש כמעט לבדו את יסודות מדיניות הביטחון של ישראל, ראה כי מעבר להנחת היסוד להתנגדות הערבית לקיומה של ישראל, מדובר בסכסוך שהוא בבחינת נתון ועל החברה הישראלית לחיות איתו לאורך זמן. בשעה שהיה נכנס למשרדו ומתבונן במפת המזרח התיכון התלויה לרוחב הקיר היה אומר: "כל הלילה לא ישנתי בגלל המפה הזאת. מהי ישראל? הבט, כתם קטנטן אחד! נקודה אחת! איך היא תתקיים בעולם ערבי זה?".
הנחות יסוד אלו המשיכו לבוא לידי ביטוי מפי מנהיגים ישראלים לאורך השנים; אהוד ברק הגדיר את נוכחותה של ישראל במזרח-התיכון כ"וילה בג'ונגל" ומוכרת גם ההגדרה שנשמעה לא אחת על גבולות ישראל בקווי 1967 כ"גבולות אושוויץ". בישראל התקבעה ההכרה כי "אסור שתהיה מפלה, כי אז זה נגמר", כפי שביטא זאת בן-גוריון. חרדה זאת התבטאה בתחושת אובדן אמיתית בתחילת מלחמת יום-הכיפורים, אז נטען כי שר הביטחון משה דיין אמר אחרי שני ימי לחימה כי אנו עומדים בפני "חורבן הבית השלישי". בעבר פורסם כי דיין ביקש מראש הממשלה, גודלה מאיר, להכין את הכוחות הגרעיניים של ישראל ל"הפגנת הכוח הגרעיני". הרעיון נדחה.
אחרון הטייסים המתקיפים. אילן רמון
צל השואה, חורבן הקהילה שבה גדל ותחושת חוסר האונים שליוו את בן גוריון, הם גם שהדריכו את בגין, שהוריו ואחיו נרצחו על ידי הנאצים. אריה נאור, מזכיר ממשלתו של בגין, סיפר לימים על רגע אחד לפני ההחלטה להשמיד את הכור בעיראק, כשרק הוא ואפרים פורן, המזכיר הצבאי של ראש הממשלה, עמדו בפתח משרדו של בגין. ראש הממשלה פנה אליהם ואמר: "אתמול אחרי הצהריים, בדרך הביתה, עברנו ליד גן בשכונת רחביה, ראיתי ילדים משחקים. אמרתי לעצמי: 'לא ניתן למנוול הזה לעשות לשלימהל'ך ולשורהל'ך שלנו מה שעשו להם שם'. הוא הדגיש את המלה 'שם'. לפרויק'ה (פורן) ולי היה ברור באותו רגע שהלבטים נגמרו".
כשיצאו למבצע בעיראק, הטייס שהיה השמיני והאחרון בין המתקיפים, היה אילן רמון. "ידעתי שיש סיכוי לא רע שלא אחזור משם", סיפר 20 שנים אחר כך. "אמא שלי הייתה ניצולת שואה. היא הייתה באושוויץ ויצאה משם בשן ועין. כמה ימים לפני המבצע חזרתי הביתה וראיתי את כולם נדחפים ומקללים בכביש וחשבתי לעצמי - למה אני בכלל עושה את זה? ואז נזכרתי באמא שלי באושוויץ, ובמה שעבר על העם היהודי. לא יכול להיות שיהיה עוד דבר כזה, ואם אני צריך להישאר שם (בעיראק) אז אני אשאר. זה מה שעזר לי לצאת למשימה ההיא", אמר רמון.