במהלך סוף השבוע (בין שישי לשבת) התרחשו מספר אירועי אלימות חריגים באזור בנימין, בהם עשרות אזרחים ישראלים תקפו כוחות צה"ל שפעלו בסמוך לכפר מאלכ שבבנימין. באירוע דווח על כך שאותם אזרחים הגיעו פעמיים למקום וביצעו מספר פעולות אלימות וביניהן זריקת בקבוקי תבערה, תקיפה של מפקדים בצה"ל, חניקה של אחד מהם, זריקת אבנים לעברם והתנגשות מכוונות ברכבים של מערכת הביטחון. אף חייל לא נפגע במהלך הפרעות. הכוחות בשטח נאלצו לירות ירי אזהרה באוויר כדי להרחיק את המתפרעים - גם מהם אף אחד לא נפגע. רבים גינו את תקיפת החיילים, בעוד נערי הגבעות טענו: "מדובר באירוע של מג"ד שאיבד עשתונות וירה ירי חי בפינוי מאחז בליל שבת ללא שום הצדקה".
בפיקוד מרכז התייחסו לטענות על ירי חי לעבר אזרח ישראלי והאשמות על טיוח, וכן להפגנה שהתקיימה בכניסה לחטיבת בנימין תחת הכותרת "יהודי לא יורה ביהודי", בה השתתף גם מג"ד במילואים שמחה נגד ההתרחשויות, לדבריו לאחר סבב שלישי בגזרה. בצה"ל הגיבו לדברים ואמרו: "זו חציית קו אדום". דובר צה"ל צפוי לפרסם סרטון מהאירוע שבו נראה ירי מהג'יפ - לטענת צה"ל מדובר בירי הרתעתי באוויר.
האירועים בגזרת בנימין התגלגלו לאורך מספר שבועות, לאחר פינוי מאחז לא חוקי. לפי פיקוד המרכז, כבר ביום רביעי האחרון התרחש חיכוך נוסף: אל המקום הגיעו מתפרעים, שנכנסו לכפר הפלסטיני ושרפו שלושה כלי רכב. כוחות צה"ל הוציאו אותם החוצה, והתפתח עימות בין החיילים לפלסטינים שבעקבותיו נהרגו שלושה פלסטינים.
בליל שישי התחדש העימות. שני רכבים ישראלים נכנסו בשבת לכפר כופר מאלכ, והתפתח חיכוך עם 7-8 נערים. עד השעה 22:00 התרחשו עיקר האירועים, ובהם תקיפת מפקד גדוד - אך בצה"ל מדגישים כי לא בוצע ירי חי. האירועים נבדקו, ונמצא שהנערים נכנסו לשטח צבאי סגור, הושלכו אבנים לעבר כוח המג"ד, והיו עימותים פיזיים שכללו אגרופים. בנוסף, נוקבו צמיגים של רכב משטרתי ורכב סיור.
בפיקוד המרכז מתעקשים כי לא בוצע ירי חי - רק שימוש בירי ספוג. התרמילים שנמצאו בזירה, לטענתם, הם תרמילי תחמיש או תחמושת ישנה. עוד הם מציינים כי הניסיון לטעון שהמג"ד ירה בנער בן 14 הוא "שקרי". הפגיעה בנער, כך לפי צה"ל, נגרמה מכדור ספוג, ובבדיקת מד"א לא נמצא חור יציאה.
בפיקוד ציינו כי המג"ד ראוי לכל גיבוי ולא בכדי קיבל את גיבוי הרמטכ"ל. קראו לכל מי שיידה את האבנים לעבר חיילי צה"ל צריך להתבייש ויש לגנות אותו.
אירוע נוסף התרחש לאחר מכן בשעה 00:37, כ-6 ק"מ מזירת העימות. מפקד מחלקה מהמאחז - שלא היה מעורב ישירות באירועים, דיווח שיצא לציר אלון וראה עשרות כלי רכב עם "נוער מתגבר" חולפים על פניו וכמעט דורסים אותו ואחרים. בהמשך, פנה לכיוון כוכב השחר, ובצידו הימני זיהה מבתר. באותו מקום, בשעה המדויקת, נראים בסרטון רעולי פנים מיידים אבנים גדולות עליו ממקום גבוה.
המ"מ היה היחיד שירה ירי חי - שלושה כדורים באוויר, מתוך הג'יפ, בין כוונות. לאחר הירי סגר את דלת הרכב, ונסע כ-30 מטרים, לאחר מכן יצא מהרכב ורץ לעבר המבתר כדי לתפוס את התוקפים. לדבריו, סבר שמדובר בפלסטינים מהכפר כופר מאלכ, ורק כאשר שמע את אחד מהם צועק לעברו: "אני אדפוק לך כדור בראש יא בן זונה", הבין שמדובר ביהודים.
לטענת המ"מ, לא ניסה לפגוע בהם, אלא ירה ירי הרתעתי מאחר והיה בנקודת תצפית נחותה. ייתכן תיאורטית שפגע בכתף של מישהו, אך הדבר ייבדק אם וכאשר הקליע יישלף בבית החולים ויועבר לבדיקה פורנזית. המ"מ טוען שפעל מתוך תחושת סכנה - לא ידע שמדובר ביהודים, ולא התכוון לפגוע באיש. פיקוד המרכז מגבה את המ"מ וטוען כי פעל לפי הוראות פתיחה באש.
לפי פיקוד מרכז, ניידת טיפול נמרץ של חטיבת בנימין ומד"א טיפלו בנער בן ה-14. הנערים לא מוכנים להגיד מי הנער ואיך הוא נפגע ולא מוכנים להזדהות. ההערכה היא שהוא נפגע מירי ספוג ולא ירי חי.
בפיקוד הבהירו כי מדובר בשני אירועים נפרדים - האירוע הראשון התרחש במאחז הלא חוקי וכלל אלימות כלפי מפקד הגדוד, חניקה של קשר וניקוב צמיגים של רכבים צבאיים ומשטרתיים. האירוע השני, שבו נפצע נער בן 14, התרחש במיקום שונה ובזמן שונה, וצה"ל אינו מחבר בין השניים.
עוד הדגישו כי הירי באוויר שבוצע בגזרת האירוע השני לא הוסתר, משום שלפי הידוע לצה"ל לא הייתה פציעה כתוצאה ממנו. רק לאחר שהתברר כי ייתכן ונער נפגע מהירי - החטיבה, הגדוד והאוגדה פתחו בתחקיר, שממנו עלה כי מפקד המחלקה ביצע ירי חי, אך לא מתוך כוונה לפגוע. אם יתברר שהקליע שנורה ופגע בנער יצא מנשקו של המ"מ, הוא יקבל גיבוי מלא. "המ"מ היה בסיכון ולא פעל בכוונה לפגוע", אמרו בפיקוד.