במערכת הביטחון התנהל ויכוח מקצועי סביב שאלה קריטית: האם המנהיג העליון של איראן, עלי חמינאי, אישר בחשאי את קידום פרויקט הגרעין - בניגוד לעמדה הדתית שהציג לאורך השנים. לוואלה נודע כי המודיעין הישראלי הביא ראיות חותכות לקפיצת מדרגה של איראן בשאיפתה להרכיב פצצה גרעינית, חרף ה"פתווה" המפורסמת - פסק שריעה שקבע קודמו של חמינאי, חומייני, וטוען שפצצה גרעינית נוגדת את ערכי האיסלאם. לצד חשיפת הניסויים, דווח גם על כוונה לשילוש קצב ייצור הטילים הבליסטיים - מה שהוביל את הרמטכ"ל רא"ל אייל זמיר ושר הביטחון ישראל כ"ץ לדחוף לקבלת החלטה מיידית בקבינט.
המודיעין הישראלי קבע בצורה ברורה ונחרצת כי האיראנים עשו קפיצת דרך בפרויקט הגרעין בחודשיים שקדמו לתחילת המבצע וכדי לבסס טענה זו הוצגו חומרים על ניסויים שמבצעים האיראנים במקביל מתחומים שונים בדרך להרכבת פצצת גרעין. בנוסף לכך, התקבל מודיעין מספק ואיכותי שהוכיח כי האיראנים פועלים לשילוש קצב הייצור של הטילים הבליסטיים שהיקף כזה לכשעצמו מהווה איום קיומי על שרידותה של מדינת ישראל ונכסיה האסטרטגיים.
ככל שחלפו הימים, התקיימו דיונים בלוחות זמנים קצרים יחסית בצה"ל, מאחר והסימנים להתקדמות בפרויקט הגרעין התגברו, וחלק מהמידע קיבל גיבוי מסוכנות סבא"א שטענה כי איראן מפרה את התחייבויותיה ערב התקיפה, והיה קיים חשש במערכת הביטחון שיגיע רגע שבו לא יהיה ניתן לדעת מה האיראנים עושים מאחורי הקלעים, ואז יצאה ההמלצה לדרג המדיני. הרמטכ"ל זמיר היה נחוש שנפתח חלון הזדמנויות שילך וייסגר אם הדרג המדיני יתמהמה. חשוב לציין, כי חלק מהקבינט לא הכיר את רמת המוכנות והתוכנית המבצעית של צה"ל לתקיפה באיראן.
ההמלצה קיבלה חיזוק ברור ומובהק מכ"ץ שמהיום הראשון בתפקידו הגדיר את פרויקט הגרעין האיראני כ"ראשית הצירים" בראש סדר העדיפויות לטיפול שלו ושל מערכת הביטחון. ההכרעה נפלה בדיון הקבינט בו הציג הרמטכ"ל את היתרונות ביציאה למבצע חרף הסיכונים כפי שפורסם לראשונה בוואלה.
כאמור, תחילתו של הוויכוח המקצועי, לא רק בישראל אלא בקרב ארגוני ביון מערביים, אחורה בזמן, בעת שנכתב ופורסם פסק הלכה "פתווה", על ידי מנהיג העליון האיראני עלי חמינאי לפיו השימוש בנשק גרעיני וגם הייצור שלו מנוגדים לאסלאם. חמינאי לכאורה טען, כי השגת נשק גרעיני עומד בסתירה מוחלטת לאסלאם.
פסק ההלכה קיבל פרשנות שונה בתוך איראן ולראייה ההתקדמות בפרויקט הגרעין. גם גורמים במערכת הביטחון טענו כי מדובר בהצהרה פוליטית בלבד ולא בפסק הלכה מחייב שכן עד היום לא נמצא סימוכין לאותו פסק הלכה. גם כשטענו האיראנים שיש פסק הלכה שכזה לא הציגו את התוכן שלו.