בלשכת ראש הממשלה מתכננים לערוך את ישיבת הממשלה המיוחדת לציון יום ירושלים בעוד כשבועיים בגן הלאומי עיר דוד, בלב השכונה הפלסטינית סילואן במזרח ירושלים. זאת, על אף ששב"כ העלה קשיים אבטחתיים כבדי משקל בקיום האירוע בלב שכונה פלסטינית ובאבטחת דרכי ההגעה והמעטפת של ראש הממשלה והשרים - כך נודע לוואלה. לפי מקורות בממשלה, בשב"כ המליצו לחפש אתרים חלופיים אך בלשכת רה"מ הנחו את גורמי הביטחון להיערך ולהכין תוכנית אבטחתית לקיום הישיבה בעיר דוד/סילואן.
הממשלה מקיימת מדי שנה ישיבת ממשלה מיוחדת לכבוד יום ירושלים שבה מאושרות החלטות שונות הנוגעות לעיר הבירה של ישראל. בשנים האחרונות הישיבה התקיימה, למשל, במוזיאון ארצות המקרא, באוניברסיטה העברית בגבעת רם, בעיריית ירושלים ובמנהרות הכותל, יותר מפעם אחת, אך זו הפעם הראשונה בה הממשלה מתכוונת לערוך את הישיבה באזור פלסטיני במזרח ירושלים. קיום הישיבה בגן הלאומי עיר דוד, שנמצא בתוך שכונת סילואן ומופעל על ידי עמותת הימין אלעד, הוא מפגן הצהרתי שעשוי לעורר מתחים שיגבירו עוד יותר את הקשיים האבטחתיים עליהם התריעו בשב"כ.
מאז השנה שעברה, משיקולי ביטחון, הדיונים במשפטו של ראש הממשלה בתיקי האלפים הועברו מבית המשפט המחוזי בירושלים - ששוכן במזרח העיר - לאולם בית המשפט המחוזי. בעמדת השבכ שהוגשה לבית המשפט נכתב כי "לאחר שנבחנו האיומים השונים על יסוד מידע רלוונטי, לרבות מידע שהתקבל מצה"ל, ועל יסוד דוח יועץ מיגון שנערך בנושא, עמדת השירות היא: כי יש להימנע מקיום הדיונים לשמיעת עדותו של ראש הממשלה, בעת הזו, בבית המשפט המחוזי בירושלים, זאת הגם שיש בבניין מרחב מוגן קומתי".
בחודשים האחרונים סוגיית שיקולי הביטחון סביב עדות נתניהו עלתה במסגרת הניסיון להדיח את ראש שבכ רונן בר. בתצהיר שהוגש לבגצ בר טען שנתניהו ניסה לכפות עליו חוות דעת ביטחונית שתאפשר לדחות או לעכב את העדות ואילו נתניהו הכחיש וטען שהוא זה שהציע חלופות למיקום הדיונים והאיץ למצוא פתרונות מתאמצים.
לשכת ראש הממשלה: ממשלת ישראל גאה לערוך את ישיבתה המיוחדת לציון יום ירושלים בעיר דוד - ערש מורשתינו הלאומית ולב לבה של בירתינו המאוחדת והנצחית. בניגוד לדיווח השקרי, השב"כ לא העלה שום התנגדות לקיום האירוע בעיר דוד ואף נעשו בדיקות ותיאומים מקדימים עם גורמי האבטחה בשב"כ, שאישרו את קיום האירוע במיקום זה.