לפי דיווחים ערביים, 36 בתי-חולים ומרכזים רפואיים ברצועת עזה הותקפו במהלך המלחמה, בין אם בגלל תקיפות מהאוויר או אפילו לאור פעילות של כוחות צה"ל בתוך בתי-החולים עצמם. חלק מבתי-החולים ומרכזים רפואיים אלו יצאו מכלל שימוש - בעוד בחלקם חזרו להעניק שירותים רפואיים באופן חלקי לאחר שנפגעו. ארגוני הטרור ברצועת עזה מנצלים גם את בתי-החולים לטובת קידום פעילויות טרור ולכן ישראל נאלצת לפעול גם במקומות אלו, למרות הביקורת הבין-לאומית כנגדה בעניין.
צה"ל פעל ותקף גורמי טרור בכמעט כל בתי-החולים והמרכזים הרפואיים ברצועה, אך אלו העיקריים שבהם: בית-החולים שיפא, אשר נמצא בחלק המערבי של העיר עזה שבצפון הרצועה. צה"ל ביצע שתי פעולות משמעותיות בתוך בית-החולים הזה במהלך המלחמה: בנובמבר 2023 ובמרץ 2024 - כאשר פעולות אלו התמקדו בחיסול ומעצר של מחבלים שהסתתרו בבית-חולים זה, בחשיפת תשתיות טרור במקום ואף בחיפוש אחר חטופים שנטען כי הוסתרו בבית-החולים שיפא. לטענת העזתים, בעקבות פעילויות אלו של צה"ל בתוך שיפא - נהרסו מחלקות רבות, נגרם נזק לציוד רב ואף דיווחו על מאות הרוגים בשתי פעילויות אלו. כעת מדווחים ברצועה על כך שבית-החולים שיפא פועל בתקופה זו רק לקבלה של מקרים דחופים.
אתמול לפנות בוקר דיווחו ברצועת עזה על תקיפות של חיל-האוויר לעבר מבנה במתחם בית-החולים "אל-מַעְמָדאני", שתרגומו מערבית הוא הבפטיסטי וממוקם בעיר עזה שבצפון הרצועה. התקיפות לעבר מבנה זה בבית-החולים הבפטיסטי, שגם מכונה אצל העזתים כ"אל-אַהְלי אל-עַרָבּי" - הגיעה לאחר שצה"ל העביר הודעה לפינוי החולים והמטופלים בבית-חולים זה. בית-חולים זה עלה כבר לכותרת בימיה הראשונים של המלחמה, ב-17 באוקטובר 2023, לאחר שברצועה טענו כי חיל-האוויר תקף במקום ללא התראה וגרם למותם של עשרות הרוגים - כאשר די מהר דובר צה"ל הוציא הבהרה ובה הוכיח כי שיגור כושל של ארגון הטרור הג'יהאד האיסלאמי הוא זה שפגע בבית-החולים.
בית-חולים נוסף ברצועת עזה שהותקף ע"י חיל-האוויר ואף בתוכו פעלו כוחות קרקעיים של צה"ל במהלך המלחמה הוא בית-החולים "נאסֵר" שבח'אן-יונס, שבדרום הרצועה. בדיעבד, בבית-חולים זה אף הסתיר חמאס מספר חטופים וחיל-האוויר אף תקף לאחרונה בית-חולים כאשר חיסל בחודש שעבר בפעולה מדויקת את אסמאעיל ברהום, בכיר בלשכה המדינית של חמאס שהחזיק את תיק הכספים והמוסדות בלשכה המדינית. ברהום הגיע למקום בכדי לקבל טיפול לאחר שנפצע ימים ספורים לפני כן מאש של צה"ל ובעת חיסולו הוא נחשב למחליפו של ראש ממשלת חמאס בעזה שחוסל ימים לפניו.
בית-חולים מרכזי נוסף ברצועת עזה שנפגע בעקבות פעילות כוחות צה"ל במהלך המלחמה הוא בית-החולים "כמאל עדוואן", הממוקם בבית-לאהיא שבצפון הרצועה. כוחות צה"ל פעלו קרקעית בבית-חולים זה במהלך דצמבר לאחר שחמאס חזר להשתמש בבית-חולים זה כמעוז טרור ובמהלך פעילות זו נמצאו אמצעי לחימה רבים, נעצרו מספר מחבלים ואף מנהל בית-חולים זה נעצר בחשד לשיתוף פעולה עם חמאס.
עוד בית-חולים מרכזי בבית-לאהיא הוא בית-החולים "האינדונזי" בו מצא צה"ל במהלך החודשים הראשונים למלחמה תשתיות טרור של חמאס, כולל פירי מנהרות, ואף נמצאו ראיות שקשרו את בית-החולים לאירועי ה-7 באוקטובר. צה"ל חזר לפעול בבית-חולים ה"אינדונזי" במהלך דצמבר - כשהעזתים טענו כי בעקבות פעילות זו יצא בית-החולים מכלל שימוש.
בהמשך להפגנות האחרונות ברצועת עזה נגד שלטון חמאס - אז כעת נשמעים גם יותר קולות נגד השימוש שעושים אירגוני הטרור ברצועה בבתי-החולים עבור פעילות הטרור שלהם. מוחמד סָקֵר, מנהל מחלקת הסיעוד בבית-החולים "נאסר" שבח'אן-יונס, פירסם אתמול פוסט בחשבון הפייסבוק שלו (פוסט שכבר נמחק) ובו שיתף כרזת איום שקיבל מהזרוע הצבאית של הג'יהאד האיסלאמי לאחר שמתח ביקורת על כך שמחבלים פועלים בתוך בית-החולים. בנוסף, בכרזת האיום נכתב "חצית את הגבול שלך.. חכה!!" וזאת לאחר שבפוסט שפירסם סָקֵר הוא כתב כי לאחר מאמצים שהשקיע עם צוותים בבית-החולים, שבעקבותיהם בית-החולים חזר לפעול, ובכדי למנוע פגיעה חוזרת בו - הם מתעקשים כי בבית-החולים יימצאו רק חולים וזאת ברמיזה לכך שמחבלים מוצאים במקום מקלט ופועלים מתוכו.
העדויות הרבות שמצא צה"ל במהלך המלחמה לפעילות של אירגוני הטרור והכמות העצומה של אמצעי הלחימה שנמצאה בתוך בתי-החולים ברחבי הרצועה - מדגישות את האופי הרצחני והנתעב של אירגוני הטרור העזתים. מדובר בעוד הוכחה לאיך אותם אירגוני טרור מנצלים תשתיות אזרחיות ושוב לוקחים את העזתים, במצבם הכי קשה, כמגן אנושי - כשבמקביל בעולם לא נמתחת ביקורת רצינית על כך ולא מאשימים את אירגוני הטרור בניצול האוכלוסייה העזתית.