מנכ"ל הרבנות הראשית, יהודה כהן, שיגר מכתב חריף אל הרבנים הראשיים - קלמן בר ודוד יוסף נגד רבה של העיר צפת, וחבר מועצת הרבנות הראשית, הרב שמואל אליהו. "הרב שמואל אליהו מביא החלטות שאינן בתחום סמכות הוועדה לשחיטת חו"ל. הרב דורש מינוי של אדם הקרב אל לבו, עורך שימועים ומחסל אנשים." כך כתב המנכ"ל.
הרקע למכתב החריף, הוא רצונו של הרב אליהו לשוב ולהתמנות לתפקיד עם הרבה כוח ועם הרבה השפעה וכסף - ראש שחיטת חו"ל. מדובר בתפקיד שיקנה לרב אליהו סמכות לקבוע איזה בשר ניתן לייבא מחו"ל ולקבוע שהוא כשר ואיזה בשר אינו כשר. כהן אף מאשים את הרב שמואל אליהו בהפצת פרוטוקול מזויף של ועדת שחיטת חו"ל.
בנוסף, הרב שמואל אליהו מגיש תוכנית רדיו ביחד עם הרב אבי ברמן מנכ"ל הארגון OU Israel, בעוד שארגון הבית שלו - OU הוא אחד מנותני הכשרות הגדולים בעולם. כך שלכאורה קיים ניגוד עניינים, הרב אליהו מגיש תוכנית רדיו עם אדם שהוא אמור לפקח עליו.
מלשכת הרב שמואל אליהו, חבר מועצת הרבנות הראשית לישראל נמסר לוואלה: "מנכ"ל הרבנות הראשית לישראל כפוף להוראות מועצת הרבנות הראשית לישראל, לצערנו בשנתיים האחרונות בחר המנכ"ל להפר את החלטות מועצת הרבנות הראשית בנושאים רבים". בלשכתו של הרב המשיכו וטענו כי הפוכים הדברים שעליהם כתב המנכ"ל: "אחד מהנושאים שהפר המנכ"ל זה הפרוטוקול שזויף ע"י המנכ"ל בניגוד להנחיות עו"ד הראל גולרדברג - היועץ המשפטי של הרבנות הראשית".
לפי דבריהם, היחיד שמוסמך לאשר פרוטוקול הוא יושב ראש ועדת שחיטת חו"ל - הרב שמואל אליהו. הפרוטוקול שאושר על ידו אושר גם על ידי הרב הראשי לישראל הרב קלמן בר שליט"א שהשתתף בוועדה ואישר את הפרוטוקול בשעת הוצאת הפרוטוקול וגם היום.
בענין ה-OU, מסרו לשכתו של הרב כי אין לרב אליהו שום שותפות עסקית או משפחתית עם הרב אבי ברמן. מלבד זאת הרב אליהו לא אישר כשרות למוצר ממוצרי של ה-OU. שלל מעלליו של המנכ"ל נמצאים תקופה ארוכה תחת חקירת משמעת בנציבות שירות המדינה, והם מקווים שהיא תושלם בקרוב.
הרב שמואל אליהו הוא רבה הראשי של צפת, בנו של הרב מרדכי אליהו שהיה הרב הראשי הספרדי לישראל בין השנים 1983-1993, בנו הוא חבר הכסת עמיחי אליהו שמכהן במפלגת עוצמה יהודית. הרב אליהו נמנה על הזרם החרדי לאומי הספרדי, זהו תת זרם בתוך הציונות הדתית שנחשב למחמיר יותר מבחינה הלכתית ומזוהה יותר עם הזרם החרדי אך יחד עם זאת שולח את בניו לשירות צבאי וכן תומך במגורים בהתנחלויות. מבחינה פוליטית, מדובר בזרם שתומך במפלגות הימין, כאשר מפלגת הציונות הדתית ועוצמה יהודית הם הבית הפוליטי שמזוהה עם זרם זה.