חקירת אירוע הירי בשומרון בחודש שעבר מדשדשת בשל קשיים בגביית עדויות וקשיים טכניים. זאת משום שבמקביל לחקירת מח"ש, מתנהלת חקירה גם במצ"ח, כיוון שגם חייל בסדיר נכח באירוע, וכן חקירה של היחידה המרכזית במחוז שי, כיוון שלאירוע הירי של השוטר, קדמו התפרעויות של מתנחלים בכפר פונדוק.
עד כה עצרה המשטרה חשוד אחד בהתפרעויות בפונדוק, והוא שוחרר על ידי בית המשפט. מח"ש מתקשה לגבות עדויות, כיוון שהעדים לאירוע הירי של השוטר, אשר התרחש לא הרחק מפונדוק, ברמת גלעד, עלולים גם להיות חשודים פוטנציאלים בחקירת המשטרה, ועדותם במח"ש יכולה להפליל אותם. בין הראיות שנאספו, גם מצלמת הגוף של השוטר, אך קיים קושי בזיהוי כיוון שהמשתתפים בהתפרעויות בפונדוק היו רעולי פנים.
השוטר שנחקר במח"ש, הוא תושב השומרון ובשל הרגישות, הוא הועבר בינתיים לתפקיד אחר, שאינו במחוז שי. בחקירתו טען כי חש שהוא בסכנת חיים לאחר שרוסס לעברו גז פלפל על ידי כמה מהמתפרעים. בינתיים, בבית החולים מאושפזים עדיין שניים מהפצועים בתקרית הירי, אחד מהם מוגדר עדיין במצב אנוש וככל הנראה סובל מנזק מוחי.
בעקבות הדשדוש בחקירה, פנו בארגון "חוננו" למפכ"ל המשטרה דני לוי ולמ"מ השר לביטחון לאומי, חיים כץ, בדרישה להשעות את השוטר ואת רישיון הנשק שלו. עו"ד משה פולסקי כתב: "השוטר פתח בירי חסר אבחנה כלפי אזרחים ישראלים, בסמוך ליישוב רמת גלעד, ירי שהביא לכך ששלושה צעירים פונו לבתי החולים לקבלת טיפול מציל חיים".
פולסקי מתח ביקורת על אופן ניהול החקירה על ידי מח"ש: "נראה כי התנהלות מח"ש בחקירה זו, חוטאת למטרות הקמתה. בעוד שמח"ש אמורה להיות גוף עצמאי ובלתי תלוי, אשר אמור לחקור שוטרים החשודים בביצוען של עבירות, הרי שהיא משמשת כמחלקה לטיוח פשעי שוטרים תוך שהיא מסכלת בהתרשלותה המכוונת, את האפשרות לבצע חקירה מקצועית, אפקטיבית ונטולת פניות, לשם הגעה לחקר האמת". הוא טען שהסיבה ל"התנהלות הבלתי מקצועית" של מח"ש נובעת "מזהותם של נפגעי העבירה ומהשתייכותם המגזרית".